+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ikv | ||||||
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Title | Crystal structure of peptide transporter POT | ||||||
Components | Di-tripeptide ABC transporter (Permease) | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / major facilitator superfamily | ||||||
Function / homology | Function and homology information oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Geobacillus kaustophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Doki, S. / Kato, H.E. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013 Title: Structural basis for dynamic mechanism of proton-coupled symport by the peptide transporter POT. Authors: Doki, S. / Kato, H.E. / Solcan, N. / Iwaki, M. / Koyama, M. / Hattori, M. / Iwase, N. / Tsukazaki, T. / Sugita, Y. / Kandori, H. / Newstead, S. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ikv.cif.gz | 202.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ikv.ent.gz | 161.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ikv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/4ikv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/4ikv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 54766.641 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacillus kaustophilus (bacteria) / Strain: BD53 / Gene: GK2020 / Plasmid: pCGFP-BC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(DE3)delta-acrB / References: UniProt: Q5KYD1*PLUS |
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-Non-polymers , 5 types, 154 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-OLA / #4: Chemical | ChemComp-OLB / ( | #5: Chemical | ChemComp-PG4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM STRAIN BD53 OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE ...AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM STRAIN BD53 OF GEOBACILLU |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.65 % / Mosaicity: 1.15 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 6.5 Details: 40% PEG 400, 100 mM ADA-NaOH, 160 mM Li2SO4, 4 mM SrCl2, pH 6.5, lipidic cubic phase, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL32XU / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Apr 22, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double-crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. all: 35439 / Num. obs: 35439 / % possible obs: 88.2 % / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.925 / Net I/σ(I): 15.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: SeM-substituted protein Resolution: 1.9→32.347 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.56 / Phase error: 19.22 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.063 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.25 Å2 / Biso mean: 32.1535 Å2 / Biso min: 15.14 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→32.347 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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