PDB-5ugh: Crystal structure of Mat2a bound to the allosteric inhibitor PF-0...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ugh

タイトル

Crystal structure of Mat2a bound to the allosteric inhibitor PF-02929366

要素

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Mat2A / SAM /

methionine adenosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase complex /

methionine adenosyltransferase /

methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process /

メチル化 / protein heterooligomerization / protein hexamerization /

small molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.062 Å

データ登録者

Kaiser, S.E. / Feng, J. / Stewart, A.E.

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Targeting S-adenosylmethionine biosynthesis with a novel allosteric inhibitor of Mat2A.
著者: Quinlan, C.L. / Kaiser, S.E. / Bolanos, B. / Nowlin, D. / Grantner, R. / Karlicek-Bryant, S. / Feng, J.L. / Jenkinson, S. / Freeman-Cook, K. / Dann, S.G. / Wang, X. / Wells, P.A. / Fantin, V. ...

履歴

登録	2017年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2017年7月12日	Group: Non-polymer description / Structure summary / カテゴリ: entity Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description
改定 2.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ugh.cif.gz	577.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ugh.ent.gz	478.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ugh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/5ugh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/5ugh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2p02S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4iky-d 5t8s-d 6fbn-d 4ikx-d 4ikv-d 6fwb-2 3n9y-2 7kqz-d 7bhs-1 5a19-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

B: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

C: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

D: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

177 kDa, 4 ポリマー
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1

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

C: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

D: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.731, 109.100, 149.012
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.04, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II 分子量: 43864.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-8AJ / 2-(7-chloro-5-phenyl[1,2,4]triazolo[4,3-a]quinolin-1-yl)-N,N-dimethylethan-1-amine / PF-02929366 分子量: 350.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₉ClN₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.93 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 4% v/v Tacsimate pH 6.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.062→38.14 Å / Num. obs: 96483 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.03252 / Net I/σ(I): 13.92
反射シェル	解像度: 2.062→2.135 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.3049 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / CC_1/2: 0.903 / % possible all: 99.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P02

2p02

解像度: 2.062→38.136 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 23.27

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2032	4639	4.81 %	1
R_work	0.1761	-	-	-
obs	0.1774	96357	99.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.062→38.136 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11147	0	100	385	11632

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11502
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.798	15613
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.286	4141
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	1760
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1994

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0616-2.085	0.3341	150	0.2911	3039	X-RAY DIFFRACTION	100
2.085-2.1096	0.3116	128	0.2809	3093	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1096-2.1353	0.3052	181	0.2573	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1353-2.1623	0.2789	157	0.2603	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1623-2.1908	0.2635	163	0.2377	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1908-2.2208	0.2478	169	0.2363	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2208-2.2525	0.258	154	0.2153	3060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2525-2.2861	0.232	145	0.2102	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2861-2.3218	0.227	134	0.2034	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3218-2.3599	0.2328	181	0.2012	2972	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3599-2.4006	0.2373	144	0.1925	3087	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4006-2.4442	0.2378	158	0.1981	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4442-2.4912	0.2745	148	0.1957	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4912-2.5421	0.2514	152	0.1999	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5421-2.5973	0.2245	160	0.1911	3046	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5973-2.6577	0.2144	149	0.1936	3067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6577-2.7242	0.2219	149	0.183	3065	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7242-2.7978	0.211	159	0.1854	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7978-2.8801	0.2433	157	0.1781	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8801-2.973	0.1821	151	0.18	3063	X-RAY DIFFRACTION	100
2.973-3.0792	0.2138	154	0.1892	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0792-3.2025	0.2036	160	0.1831	3066	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2025-3.3481	0.1829	138	0.1687	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3481-3.5245	0.1942	162	0.1607	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5245-3.7452	0.2118	162	0.1625	3023	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7452-4.0341	0.177	153	0.1524	3057	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0341-4.4395	0.1613	150	0.1448	3067	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4395-5.0806	0.1723	151	0.1393	3061	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0806-6.3961	0.2018	152	0.1693	3092	X-RAY DIFFRACTION	99
6.3961-38.1423	0.1488	168	0.1565	3101	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.53	0.9762	3.0573	2.5475	2.7394	8.6564	0.1359	-0.2845	-0.0626	0.1503	-0.1039	-0.0603	0.2621	-0.0579	-0.0351	0.2048	-0.0319	-0.0306	0.2146	0.0627	0.2524	23.3915	-2.6267	35.1808
2	4.1186	-0.5792	0.6498	8.3931	8.2199	2.0617	0.1196	-0.7646	-0.3173	0.7184	0.2971	-0.06	0.5075	0.2056	-0.3655	0.5583	-0.0799	-0.0798	0.5383	0.1552	0.2769	28.5907	-5.1967	47.3169
3	5.1451	-1.4531	2.4856	4.6263	-0.3002	3.162	-0.3143	-0.6641	0.4084	1.0727	0.1908	-0.7654	0.0147	0.1056	0.0719	0.5202	-0.0241	-0.0862	0.606	0.0106	0.2948	30.5368	-1.8951	40.7849
4	5.8219	-4.9628	2.7681	4.4261	-1.9292	3.5854	0.3827	-0.3818	-0.6862	-0.1762	0.0015	0.4397	0.552	-0.3532	-0.3936	0.3184	-0.1126	-0.0634	0.2988	0.0332	0.295	12.7963	-12.2443	26.2261
5	4.4333	-1.5492	1.9803	4.6281	-0.942	3.6062	0.5819	0.4123	-0.8196	-0.2052	-0.0793	-0.0941	0.9878	0.4118	-0.5036	0.5432	0.0341	-0.1176	0.302	-0.0376	0.3378	21.3827	-20.6117	20.2261
6	7.2006	-1.4005	0.3339	4.8737	-1.0362	5.5413	0.4686	0.0978	-0.4922	-0.3444	0.0388	-0.1624	1.0556	0.4906	-0.4967	0.5743	0.089	-0.1121	0.2973	-0.0394	0.3816	22.471	-21.7658	19.0078
7	5.7254	0.342	2.1085	2.2443	-0.1226	4.4776	-0.1021	-0.5709	0.4179	0.0325	-0.1271	0.3832	-0.3156	-0.7634	0.2342	0.262	0.0077	-0.0605	0.3479	-0.0183	0.2982	7.7226	2.4305	27.4017
8	2.4744	1.1441	1.2019	1.3006	1.4572	7.66	-0.106	-1.1373	0.7055	0.0394	-0.2713	0.6603	-0.9074	-1.5625	0.4573	0.4328	0.1325	-0.0367	0.8849	-0.1687	0.6474	-2.3017	6.6366	32.9339
9	9.1726	0.9941	1.1528	2.7199	0.3543	3.4887	0.2741	-1.1662	-0.3349	0.463	-0.3435	0.4293	0.3485	-0.9802	0.0049	0.3615	-0.1476	-0.0021	0.5894	0.0252	0.3087	7.9371	-5.5537	36.9734
10	2.851	-0.2841	3.55	1.2564	-1.2345	7.8873	0.0044	0.1867	-0.0836	-0.0428	-0.0289	0.1187	-0.0599	-0.102	0.0021	0.261	0.0447	-0.0143	0.2276	-0.089	0.346	61.4385	3.4135	43.1292
11	5.823	1.6064	3.5444	1.9506	0.825	4.9454	-0.0564	0.4216	0.0259	-0.3942	0.0098	0.3615	0.0905	-0.3259	0.0449	0.297	0.0324	0.0099	0.4193	-0.0573	0.2835	57.1457	1.5164	36.8303
12	3.3032	2.8337	2.9599	4.4948	1.3887	3.3343	0.0717	0.4283	-0.4577	0.0323	0.1637	-0.249	0.427	0.3343	-0.2406	0.2915	0.0673	-0.0052	0.2539	-0.0443	0.3874	74.5665	-7.215	50.3303
13	2.102	1.2589	1.1856	4.4829	1.1653	3.074	0.5421	-0.1334	-0.9196	0.4002	-0.1483	-0.2855	1.0305	-0.1491	-0.4113	0.4788	0.0142	-0.0197	0.2362	0.0332	0.4523	69.2972	-14.0436	56.3461
14	4.4338	0.0902	1.0138	6.3543	-0.9976	4.5571	0.398	-0.1744	-0.9423	0.3797	-0.0554	-0.0976	1.0666	-0.2015	-0.3406	0.601	-0.0317	-0.0591	0.2447	0.0068	0.4997	68.8213	-15.6345	57.5038
15	4.5756	1.2146	0.9528	1.4405	0.2767	2.9273	-0.071	0.1973	0.4102	-0.1003	-0.1297	0.0589	-0.3472	-0.0045	0.213	0.2217	0.0463	-0.0212	0.1639	-0.0113	0.2508	74.7707	12.7874	51.5097
16	6.4144	2.0445	6.9237	6.7992	2.3133	7.4972	-0.7588	0.546	0.5847	-0.7439	0.0905	-0.183	-1.3064	0.547	0.6893	0.3448	-0.0153	-0.0311	0.4209	0.0701	0.4025	82.7235	20.3145	46.0952
17	4.4233	3.5504	-1.1581	4.7978	-0.9891	2.8347	-0.0128	0.5931	-0.561	-0.3146	0.0105	-0.6629	0.134	0.3115	0.0058	0.2665	0.0829	0.0355	0.3941	-0.0344	0.3188	76.9154	5.8175	41.2711
18	9.4146	-1.4205	2.3833	1.7083	-0.0391	2.6178	-0.0825	0.2407	0.3071	-0.0008	-0.0227	-0.2833	-0.1085	0.4988	0.0949	0.3089	-0.0576	-0.0313	0.2734	0.0492	0.2544	33.4788	9.1641	21.5672
19	6.5243	-6.1566	-0.5899	6.6761	1.1593	4.8919	-0.4175	-0.6681	0.9996	0.2819	0.4917	-0.8339	-0.7516	0.8001	-0.0864	0.4346	-0.1695	-0.096	0.4911	-0.0462	0.4741	39.8204	20.8162	28.8662
20	2.8751	0.473	1.2243	3.2835	0.912	2.741	0.2112	0.5044	-0.2226	-0.0653	-0.1188	-0.4237	0.2377	0.9343	-0.0502	0.3092	0.0031	0.0032	0.5251	0.0143	0.2231	28.7258	2.1377	14.2868
21	3.9101	1.2522	1.9573	2.9926	1.3137	3.047	-0.4825	-0.3825	1.2112	-0.1625	-0.1799	0.5332	-0.8742	-0.2579	0.6624	0.4967	0.0605	-0.1471	0.3182	-0.0619	0.5515	14.6884	25.6204	20.8484
22	3.5652	-0.2285	1.2375	3.268	0.5195	3.8013	0.0206	0.2204	-0.1113	-0.1837	0.0501	-0.0413	0.1253	0.2959	-0.094	0.2142	-0.0159	-0.0264	0.2151	0.0252	0.1798	21.1479	2.4404	11.6838
23	6.6635	1.3502	7.1057	2.1715	0.7131	7.8996	0.1593	1.2598	-0.7231	-0.606	0.1776	-0.1138	0.3053	0.9494	-0.3326	0.5593	0.1099	-0.0666	0.5266	-0.0903	0.3414	23.0029	-4.5231	-0.9836
24	3.3494	0.7067	2.3835	3.8828	2.5341	2.0673	-0.2529	0.8586	0.3137	-0.6504	0.1504	-0.285	-0.4468	0.789	0.1511	0.396	-0.0702	-0.0089	0.4934	0.0717	0.2897	28.8086	9.7337	6.179
25	9.7501	3.8488	1.898	3.5087	0.471	1.6134	0.0533	-0.3889	0.1548	-0.0885	-0.1535	0.2904	-0.0185	-0.318	0.0897	0.2741	0.0544	-0.0141	0.2826	-0.0825	0.2444	49.49	11.0545	56.9448
26	5.2088	3.7107	0.0656	5.6288	0.1727	1.8984	-0.2041	-0.1126	0.6513	-0.4319	0.1577	1.0473	-0.1887	-0.6245	0.0415	0.2983	0.0726	-0.124	0.5416	-0.0964	0.4899	37.7629	15.5068	51.2855
27	4.1267	-0.6659	1.4653	3.931	-1.0009	3.3419	-0.2453	-0.5347	0.3783	0.165	0.0508	0.0482	-0.2471	-0.4264	0.2196	0.2217	0.0097	0.0041	0.2902	-0.0797	0.2533	58.653	19.8485	63.8917
28	1.1024	1.0855	-0.4437	4.5069	-0.0158	1.7318	-0.6885	0.1207	1.2391	0.005	0.0501	0.1179	-1.0417	-0.1472	0.6277	0.4425	0.0364	-0.1267	0.3095	-0.0669	0.6399	61.1861	33.499	57.4673
29	3.3878	-0.2945	0.799	6.0497	0.3489	1.9766	-0.1864	0.0872	0.8787	-0.2392	-0.0803	-0.0876	-0.575	-0.0562	0.2809	0.3501	0.0281	-0.023	0.3182	-0.0351	0.3978	61.227	25.9167	58.3885
30	6.9736	-0.2894	2.1013	3.2366	-0.2702	4.0009	0.2146	-0.7383	-0.4515	0.2117	-0.1511	0.0841	0.3749	-0.6258	-0.0596	0.2565	-0.048	-0.0016	0.3444	0.0223	0.2017	63.0988	3.6499	71.4461
31	2.0173	1.7879	6.0798	3.7569	0.0348	7.8792	0.3526	-1.3085	-1.0875	0.3927	0.0385	-0.075	0.5035	-0.9387	-0.386	0.4833	-0.092	-0.0387	0.6082	0.065	0.3453	61.9814	-1.3774	78.6617
32	2.2713	-0.6262	2.2739	3.3143	-3.6761	2.0577	-0.2673	-1.0295	0.1409	0.6675	0.2314	0.1894	-0.3376	-0.8518	0.0267	0.4091	0.0632	0.0422	0.7503	-0.1333	0.3136	52.2651	11.1044	72.5604

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 15:72)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 73:90)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 91:135)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 136:169)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 170:224)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 225:259)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 260:341)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 342:364)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 365:395)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 15:72)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 73:143)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 144:169)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 170:224)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 225:259)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 260:341)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 342:364)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 365:395)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 15:78)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 79:104)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 105:151)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resseq 152:249)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resseq 250:341)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resseq 342:363)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resseq 364:395)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resseq 15:72)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resseq 73:110)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resseq 111:191)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resseq 192:222)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resseq 223:279)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resseq 280:341)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resseq 342:364)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resseq 365:395)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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