PDB-3rrp: Crystal structure of fumarate hydratase Fum from Mycobacterium ab...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rrp

タイトル

Crystal structure of fumarate hydratase Fum from Mycobacterium abscessus with malate bound

要素

Probable fumarate hydratase Fum

キーワード

LYASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Mycobacterium / tuberculosis / fumerate / malic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

tricarboxylic acid cycle heteromeric enzyme complex / fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / tricarboxylic acid cycle
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2011年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rrp.cif.gz	340.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rrp.ent.gz	275 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rrp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/3rrp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/3rrp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8SC 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4apb-d 3rd8-1 7c18-d 7c1a-d 5c8e-2 6u4o-2 7luf-1 4a0g-1 7k7y-2 6wwf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MyabA.01507.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (11) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable fumarate hydratase Fum

B: Probable fumarate hydratase Fum

ヘテロ分子

99.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable fumarate hydratase Fum

B: Probable fumarate hydratase Fum

ヘテロ分子

A: Probable fumarate hydratase Fum

B: Probable fumarate hydratase Fum

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
200 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.800, 156.920, 57.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-540- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 8 - 463 / Label seq-ID: 12 - 467

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Probable fumarate hydratase Fum 分子量: 49683.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 株: ATCC 19977 / DSM 44196 / 遺伝子: MAB_1250c / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MKP6
#2: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.85 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: MyabA.01507.a.A1 PW30392 at 29.54 mg/mL against Wizard III/IV screen condition G8, 2.1 M DL Malic acid, pH 7.0 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 220029g8, VAPOR ...詳細: MyabA.01507.a.A1 PW30392 at 29.54 mg/mL against Wizard III/IV screen condition G8, 2.1 M DL Malic acid, pH 7.0 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 220029g8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.85 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: MyabA.01507.a.A1 PW30392 at 29.54 mg/mL against Wizard III/IV screen condition G8, 2.1 M DL Malic acid, pH 7.0 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 220029g8, VAPOR ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 40352 / Num. obs: 39296 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 24.91 Å² / R_merge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 11.37

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
2.3-2.36		4.8	0.527	3.19	12943	2719	2719	93.1
2.36-2.42			0.509	3.52	14458		2746	95.1
2.42-2.49			0.433	4.19	14315		2640	95.5
2.49-2.57			0.387	4.72	14090		2641	97.1
2.57-2.66			0.373	5.01	14082		2571	97.1
2.66-2.75			0.32	5.92	13558		2475	97
2.75-2.85			0.248	7.28	13608		2405	98.5
2.85-2.97			0.218	8.21	13442		2343	98.8
2.97-3.1			0.185	9.44	13007		2248	98.9
3.1-3.25			0.155	11.27	12459		2176	98.7
3.25-3.43			0.126	13.82	11701		2047	98.5
3.43-3.64			0.109	15.79	10969		1916	96.6
3.64-3.89			0.085	19.61	9565		1776	95.9
3.89-4.2			0.072	22.1	9763		1696	97.6
4.2-4.6			0.061	24.2	9396		1597	99.3
4.6-5.14			0.063	22.66	8573		1465	99.8
5.14-5.94			0.075	18.83	7575		1304	100
5.94-7.27			0.064	20.68	6340		1125	99.9
7.27-10.29			0.037	31.36	5057		884	99.8
	10.29		0.033	32.16	2737		522	98.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 36.97 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	47.41 Å
Translation	3 Å	47.41 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RD8

3rd8

解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / WR_factor R_free: 0.1759 / WR_factor R_work: 0.1381 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8895 / SU B: 11.986 / SU ML: 0.133 / SU R Cruickshank DPI: 0.3667 / SU R_free: 0.2174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.367 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.207	1950	5 %	RANDOM
R_work	0.1601	-	-	-
obs	0.1624	39144	97.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.54 Å² / B_iso mean: 17.2985 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6761	0	30	538	7329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6892
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.38	1.977	9377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.557	5	927
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.474	25.373	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.514	15	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.183	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.471	1.5	4594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.835	2	7338
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.707	3	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.744	4.5	2037

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3307 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
MEDIUM THERMAL	0.59	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	129	-
R_work	0.186	2577	-
all	-	2706	-
obs	-	-	92.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4182	-0.0762	-0.1384	0.7485	0.0519	0.7609	-0.0068	0.0224	0.078	-0.0083	0.0033	0.0431	-0.083	-0.1614	0.0035	0.0261	0.0321	0.0073	0.0454	0.0079	0.0679	-14.1713	31.627	-20.2422
2	0.3187	-0.0977	-0.0393	0.7819	0.0818	0.4875	0.0073	-0.0271	0.0525	0.0247	0.0177	0.0481	-0.0349	-0.0706	-0.0251	0.0387	0.0264	0.0071	0.0425	-0.0036	0.0312	-12.2225	28.9393	-6.004
3	0.0063	0.0342	-0.0103	0.2141	-0.0273	0.0993	0.0022	-0.0174	0.0023	0.0169	-0.0161	0.0193	0.0049	-0.0159	0.0139	0.0422	0.0016	0.0054	0.0476	0.0012	0.0486	-11.0224	-0.476	-9.4018
4	0.8804	-0.7733	-0.036	2.0715	0.0905	0.376	-0.0277	-0.0824	-0.1736	0.065	0.0403	0.1166	0.0954	-0.0438	-0.0126	0.0601	-0.036	0.0059	0.043	0.0144	0.0353	-14.2933	-36.642	-8.889
5	3.7703	-1.2749	-2.9495	8.7989	-2.1416	3.3587	0.1534	-0.0416	0.2395	0.1438	-0.0186	-0.2943	-0.1792	-0.0456	-0.1348	0.0203	-0.0195	-0.0243	0.1532	-0.0173	0.1196	-43.0627	0.0032	-21.7184
6	0.5932	0.0702	0.1662	0.3179	-0.003	0.7559	-0.043	0.0089	0.0372	-0.0087	0.0029	0.0354	-0.0572	-0.0713	0.0401	0.0117	0.0051	-0.0051	0.0358	0.0094	0.0614	-32.7904	3.6362	-34.4327
7	0.0844	0.0661	0.0302	0.1068	0.0125	0.0724	-0.0162	0.0131	0.0149	-0.0004	0.0045	0.021	-0.0243	-0.0154	0.0117	0.045	-0.0009	0.0021	0.0354	0.0035	0.043	1.2615	12.6263	-35.0704
8	5.1993	0.4995	-0.787	1.059	-0.0337	2.4081	-0.0422	0.3242	0.0412	-0.0355	-0.0418	-0.0862	-0.1498	0.0675	0.084	0.0282	-0.0112	0.0188	0.0239	0.008	0.0715	39.9917	24.6849	-36.8983

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	52 - 158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	159 - 379
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	380 - 467
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	6 - 18
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	19 - 142
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	143 - 426
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	427 - 465

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)