[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7c18: Crystal structure of FumaraseC from Mannheimia succiniciproducens... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7c18 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of FumaraseC from Mannheimia succiniciproducens in complex with Fumarate | |||||||||
![]() | Fumarate hydratase class II | |||||||||
![]() | LYASE / FumaraseC / Mannheimia succiniciproducens / succinate production / TCA cycle | |||||||||
Function / homology | ![]() tricarboxylic acid cycle heteromeric enzyme complex / fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / malate metabolic process / tricarboxylic acid cycle Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kim, B. / Lee, S.H. / Kim, K.-J. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural studies reveal the molecular mechanism of isocitrate lyase from Chloroflexus aurantiacus Authors: Kim, B. / Lee, S.H. / Kim, K.-J. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 348.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 283.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 62.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 89 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6lrpC ![]() 6lrtC ![]() 1yfeS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 50290.328 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: S319C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: MBEL55E / Gene: fumC, MS0760 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-FUM / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 20% polyethylene glycol 3350, 0.2M Potassium fluoride |
---|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 83884 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 4.204 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 403604 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1YFE Resolution: 2.12→32.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 6.758 / SU ML: 0.175 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.321 / ESU R Free: 0.222 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 78.04 Å2 / Biso mean: 20.324 Å2 / Biso min: 10.91 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.12→32.57 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.12→2.17 Å / Rfactor Rfree error: 0
|