[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6lrt: Crystal structure of isocitrate lyase (Caur_3889) from Chloroflex... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6lrt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of isocitrate lyase (Caur_3889) from Chloroflexus aurantiacus in complex with isocitrate and manganese ion | ||||||
![]() | Isocitrate lyase | ||||||
![]() | LYASE / isocitrate lyase / manganese ion / TIM-barrel | ||||||
Function / homology | ![]() isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / carboxylic acid metabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, S.H. / Kim, K.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural studies reveal the molecular mechanism of isocitrate lyase from Chloroflexus aurantiacus Authors: Lee, S.H. / Kim, K.J. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 658.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 542.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 5.6 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 5.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 123.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 169.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6lrpC ![]() 7c18C ![]() 3e5bS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 48286.129 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: Caur_3889 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ICT / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-MN / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.66 Å3/Da / Density % sol: 66.36 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 35% MPD, 0.1M sodium acetate/acetic acid pH4.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Feb 25, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 115739 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 1.977 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 331936 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3E5B Resolution: 2.9→32.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 14.684 / SU ML: 0.271 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.361 / ESU R Free: 0.367 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 142.7 Å2 / Biso mean: 36.915 Å2 / Biso min: 5.5 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.9→32.05 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.905→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|