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- PDB-6c4a: Crystal structure of 3-nitropropionate modified isocitrate lyase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c4a
タイトルCrystal structure of 3-nitropropionate modified isocitrate lyase from Mycobacterium tuberculosis with pyruvate
要素Isocitrate lyase 1
キーワードLYASE (リアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


メチルイソクエン酸リアーゼ / methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / グリオキシル酸回路 / クエン酸回路 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Isocitrate lyase / Isocitrate lyase family / Isocitrate lyase/phosphorylmutase, conserved site / Isocitrate lyase signature. / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-NITROPROPANOIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ピルビン酸 / Isocitrate lyase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kreitler, D.F. / Ray, S. / Murkin, A.S. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1255136 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116957 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: The Nitro Group as a Masked Electrophile in Covalent Enzyme Inhibition.
著者: Ray, S. / Kreitler, D.F. / Gulick, A.M. / Murkin, A.S.
履歴
登録2018年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02022年3月16日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate lyase 1
B: Isocitrate lyase 1
C: Isocitrate lyase 1
D: Isocitrate lyase 1
E: Isocitrate lyase 1
F: Isocitrate lyase 1
G: Isocitrate lyase 1
H: Isocitrate lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,22848
ポリマ－391,5558
非ポリマー2,67340
水49,0192721
1
A: Isocitrate lyase 1
B: Isocitrate lyase 1
C: Isocitrate lyase 1
D: Isocitrate lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,90522
ポリマ－195,7784
非ポリマー1,12818
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35250 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area49250 Å2
手法PISA
2
E: Isocitrate lyase 1
F: Isocitrate lyase 1
G: Isocitrate lyase 1
H: Isocitrate lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,32326
ポリマ－195,7784
非ポリマー1,54522
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35760 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area49540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.670, 84.320, 156.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.590, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Isocitrate lyase 1 / / ICL1 / Isocitrase / Isocitratase / Methylisocitrate lyase / MICA


分子量: 48944.398 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman) (結核菌)
株: ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman / 遺伝子: icl1, ERDMAN_0512, Q643_00485 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: H8EVV4, isocitrate lyase, メチルイソクエン酸リアーゼ

-
非ポリマー , 6種, 2761分子

#2: 化合物
ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸 / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#3: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-3NP / 3-NITROPROPANOIC ACID / Beta-Nitropropionic acid


分子量: 119.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5NO4 / コメント: 阻害剤, アゴニスト, 毒素*YM
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 % / 解説: Plate-like shards
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50 mM EPPS, 100 mM MgCl2, 17.5%(w/v) PEG4000 (well solution); 10 mg/mL MtICL in 50 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 5 mM MgSO4, 3 mM 3-nitropropionate, and 1 mM DTT (protein solution); 2 uL total ...詳細: 50 mM EPPS, 100 mM MgCl2, 17.5%(w/v) PEG4000 (well solution); 10 mg/mL MtICL in 50 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 5 mM MgSO4, 3 mM 3-nitropropionate, and 1 mM DTT (protein solution); 2 uL total drop volume, 1:1 well solution:protein solution

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→72.183 Å / Num. obs: 306332 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 31.44 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1711 / Rrim(I) all: 0.1852 / Net I/σ(I): 7.19
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 2.637 / Mean I/σ(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 30466 / CC1/2: 0.265 / Rrim(I) all: 2.849 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F8I

1f8i


解像度: 1.8→72.183 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1974 1996 6.5 %
Rwork0.1629 303828 -
obs0.1631 305824 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.24 Å2 / Biso mean: 39.7172 Å2 / Biso min: 15.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→72.183 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26498 0 299 2721 29518
Biso mean--61.51 37.83 -
残基数----3423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00827290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80137098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0484056
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064921
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1919761
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7999-1.84490.41951380.4087212272136598
1.8449-1.89480.39591370.35452156021697100
1.8948-1.95060.30471480.31442168121829100
1.9506-2.01360.32371450.2812163821783100
2.0136-2.08550.28071400.25032159221732100
2.0855-2.1690.27791410.23122168521826100
2.169-2.26780.25241490.20752169021839100
2.2678-2.38730.25061420.17412164221784100
2.3873-2.53690.19241440.16322171021854100
2.5369-2.73280.21861390.1552177921918100
2.7328-3.00780.19551440.1482177521919100
3.0078-3.4430.19261420.14572178021922100
3.443-4.33780.1551440.11612189222036100
4.3378-72.24140.11661430.11722217722320100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.04220.03890.01530.03940.00450.1368-0.1487-0.039-0.00040.12970.06950.08180.2954-0.030800.2960.00160.0450.2106-0.00390.229273.6962-39.5668200.1092
20.0214-0.00380.00780.01410.04870.0725-0.03850.046-0.00240.0092-0.00370.06150.0765-0.035600.1231-0.0324-0.00490.17670.0130.189767.0054-24.4778201.1765
30.0188-0.0135-0.01560.03720.03560.0423-0.04390.065-0.0067-0.01030.02350.05310.1419-0.0297-00.1786-0.0347-0.02220.21750.00040.183175.7615-26.9552184.7827
40.0064-0.0019-0.01340.00290.00630.01920.04060.07940.042-0.0782-0.03350.02680.0944-0.0275-00.2501-0.0522-0.02450.3116-0.01770.193376.943-26.5113171.4242
50.02610.010.00050.00180.0174-0.0028-0.21690.097-0.0418-0.04480.0937-0.00640.4232-0.32780-0.0976-0.3753-0.19330.2735-0.15460.140958.2949-32.4009180.9636
60.01270.00230.0076-0.00780.0128-0.0058-0.03030.09450.0148-0.05630.02020.13080.0369-0.1905-0-0.45080.065-0.01460.35960.06190.440643.9714-12.5552202.4644
70.00440.002-0.0065-0.0110.00180.0068-0.07090.0422-0.03750.1965-0.04280.12060.1289-0.1285-00.2306-0.04640.09950.2779-0.0020.327252.1185-22.562223.6077
80.0245-0.0024-0.02040.018-0.04850.08990.16450.2810.16730.00120.07660.0756-0.3241-0.1378-00.38280.04460.15190.08610.020.406364.090911.5285212.6007
90.13370.0036-0.0267-0.00960.0240.10560.0410.02370.07780.0688-0.02090.1189-0.0549-0.045800.20680.02070.08870.16570.00790.28257.6806-2.3896221.0964
100.0357-0.07110.13260.07940.05680.1027-0.03910.31140.1818-0.08070.14820.2268-0.0321-0.3994-00.12030.0489-0.00080.33220.06350.351850.5686-8.7941198.8961
110.07060.0206-0.07320.05060.05020.07180.145-0.07060.10690.02080.06240.0691-0.3660.130200.3335-0.07020.04680.21660.05530.266384.04419.7272195.9936
120.08460.0849-0.07560.04260.01070.09790.04770.01030.0579-0.00060.02590.0519-0.09160.1148-00.1603-0.0553-0.01560.2060.0110.156988.2777-5.069197.1587
130.0094-0.0033-0.00680.00090.00170.01190.03120.11990.0332-0.09690.0062-0.0199-0.07540.2318-00.2513-0.07060.0030.36880.02730.164497.3999-11.2144176.3137
140.0050.00750.00190.0017-0.00320.00560.0378-0.04010.0504-0.0930.14520.0224-0.14980.2099-00.1675-0.36110.17020.3720.07990.1178104.21941.8257186.6408
150.00680.00660.0033-0.0087-0.0135-0.01780.0519-0.02280.0323-0.02710.15850.0694-0.07160.29210-1.1933-0.84450.08140.1121-0.01330.173108.6304-2.5291198.0294
16-0.0133-0.00310.0045-0.0038-0.0002-0.00290.0182-0.03260.06090.04220.0157-0.0040.00690.2566-0-0.4538-0.2234-0.76280.4417-0.2462-0.7317103.2942-12.826223.1007
17-0.0001-0.00550.007-0.0080.01630.00020.0135-0.03560.03820.1306-0.00420.1079-0.13610.1734-00.336-0.09380.04870.3542-0.05360.230585.32441.823231.4968
180.0434-0.02050.05620.0510.01390.0978-0.132-0.0257-0.00420.03210.07580.08170.26840.154-00.27210.04610.04940.22260.0450.188679.1718-34.9499224.8483
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 82 )A0 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 174 )A83 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 175 through 242 )A175 - 242
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 243 through 278 )A243 - 278
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 279 through 348 )A279 - 348
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 349 through 386 )A349 - 386
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 387 through 427 )A387 - 427
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 82 )B1 - 82
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 83 through 302 )B83 - 302
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 303 through 428 )B303 - 428
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 82 )C1 - 82
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 83 through 242 )C83 - 242
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 243 through 278 )C243 - 278
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 279 through 309 )C279 - 309
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 310 through 348 )C310 - 348
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 349 through 386 )C349 - 386
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 387 through 428 )C387 - 428
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 1 through 82 )D1 - 82
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 83 through 174 )D83 - 174
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 175 through 242 )D175 - 242
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 243 through 278 )D243 - 278
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 279 through 309 )D279 - 309
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 310 through 348 )D310 - 348
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 349 through 428 )D349 - 428
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 1 through 46 )E1 - 46
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 47 through 82 )E47 - 82
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 83 through 242 )E83 - 242
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 243 through 278 )E243 - 278
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 279 through 319 )E279 - 319
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 320 through 348 )E320 - 348
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 349 through 386 )E349 - 386
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 387 through 428 )E387 - 428
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 1 through 46 )F1 - 46
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 47 through 82 )F47 - 82
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 83 through 242 )F83 - 242
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 243 through 278 )F243 - 278
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 279 through 319 )F279 - 319
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 320 through 348 )F320 - 348
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 349 through 386 )F349 - 386
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 387 through 409 )F387 - 409
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 410 through 428 )F410 - 428
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'G' and (resid 1 through 82 )G1 - 82
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'G' and (resid 83 through 242 )G83 - 242
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'G' and (resid 243 through 278 )G243 - 278
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'G' and (resid 279 through 319 )G279 - 319
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'G' and (resid 320 through 348 )G320 - 348
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'G' and (resid 349 through 386 )G349 - 386
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'G' and (resid 387 through 427 )G387 - 427
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'H' and (resid 1 through 82 )H1 - 82
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'H' and (resid 83 through 242 )H83 - 242
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'H' and (resid 243 through 278 )H243 - 278
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'H' and (resid 279 through 319 )H279 - 319
53X-RAY DIFFRACTION53chain 'H' and (resid 320 through 428 )H320 - 428

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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