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- PDB-6c4a: Crystal structure of 3-nitropropionate modified isocitrate lyase ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6c4a | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of 3-nitropropionate modified isocitrate lyase from Mycobacterium tuberculosis with pyruvate | ||||||||||||
![]() | Isocitrate lyase 1 | ||||||||||||
![]() | LYASE | ||||||||||||
Function / homology | ![]() methylisocitrate lyase / methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase / glyoxysome / isocitrate lyase activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Kreitler, D.F. / Ray, S. / Murkin, A.S. / Gulick, A.M. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The Nitro Group as a Masked Electrophile in Covalent Enzyme Inhibition. Authors: Ray, S. / Kreitler, D.F. / Gulick, A.M. / Murkin, A.S. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.9 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 525.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 539.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 142.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 205 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6c4cC ![]() 1f8iS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 48944.398 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman / Gene: icl1, ERDMAN_0512, Q643_00485 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: H8EVV4, isocitrate lyase, methylisocitrate lyase |
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-Non-polymers , 6 types, 2761 molecules ![](data/chem/img/PYR.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/3NP.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/3NP.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-PYR / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.42 % / Description: Plate-like shards |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 50 mM EPPS, 100 mM MgCl2, 17.5%(w/v) PEG4000 (well solution); 10 mg/mL MtICL in 50 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 5 mM MgSO4, 3 mM 3-nitropropionate, and 1 mM DTT (protein solution); 2 uL ...Details: 50 mM EPPS, 100 mM MgCl2, 17.5%(w/v) PEG4000 (well solution); 10 mg/mL MtICL in 50 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 5 mM MgSO4, 3 mM 3-nitropropionate, and 1 mM DTT (protein solution); 2 uL total drop volume, 1:1 well solution:protein solution |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 22, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→72.183 Å / Num. obs: 306332 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 31.44 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1711 / Rrim(I) all: 0.1852 / Net I/σ(I): 7.19 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.864 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 2.637 / Mean I/σ(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 30466 / CC1/2: 0.265 / Rrim(I) all: 2.849 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1F8I Resolution: 1.8→72.183 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.25 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 109.24 Å2 / Biso mean: 39.7172 Å2 / Biso min: 15.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→72.183 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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