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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dql | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of 2-vinyl glyoxylate modified isocitrate lyase from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 | Isocitrate lyase 1 | ||||||
キーワード | LYASE/LYASE INHIBITOR / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 メチルイソクエン酸リアーゼ / methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / isocitrate metabolic process / response to host immune response / zymogen binding / グリオキシル酸回路 / クエン酸回路 / cellular response to hypoxia ...メチルイソクエン酸リアーゼ / methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / isocitrate metabolic process / response to host immune response / zymogen binding / グリオキシル酸回路 / クエン酸回路 / cellular response to hypoxia / extracellular region / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.782 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, H.-L. / Meek, T.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 タイトル: Mechanism-based inactivator of isocitrate lyases 1 and 2 from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Pham, T.V. / Murkin, A.S. / Moynihan, M.M. / Harris, L. / Tyler, P.C. / Shetty, N. / Sacchettini, J.C. / Huang, H.L. / Meek, T.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dql.cif.gz | 360.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dql.ent.gz | 291.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dql.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dql ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dql | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1f8mS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47134.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman) (結核菌) 株: ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman / 遺伝子: icl1, ERDMAN_0512, Q643_00485 / プラスミド: pET30(b) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: H8EVV4, UniProt: P9WKK7*PLUS, isocitrate lyase, メチルイソクエン酸リアーゼ #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-VGX / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 4000, Sodium acetate, Tris-HCl / PH範囲: 7.5-8.5 / Temp details: Varies between 289-291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid N2 cryo stream |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月20日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→42.31 Å / Num. obs: 155652 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.7 % / Rsym value: 0.0408 / Net I/σ(I): 14.01 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 0.45 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1F8M 解像度: 1.782→34.274 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.782→34.274 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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