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Yorodumi- PDB-6c4c: Crystal structure of 3-nitropropionate modified isocitrate lyase ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6c4c | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of 3-nitropropionate modified isocitrate lyase from Mycobacterium tuberculosis with glyoxylate and pyruvate | ||||||||||||
Components | Isocitrate lyase 1 | ||||||||||||
Keywords | LYASE | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information methylisocitrate lyase / methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||||||||
Authors | Kreitler, D.F. / Ray, S. / Murkin, A.S. / Gulick, A.M. | ||||||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: ACS Chem. Biol. / Year: 2018 Title: The Nitro Group as a Masked Electrophile in Covalent Enzyme Inhibition. Authors: Ray, S. / Kreitler, D.F. / Gulick, A.M. / Murkin, A.S. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6c4c.cif.gz | 1.8 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6c4c.ent.gz | 1.6 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6c4c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6c4c_validation.pdf.gz | 522.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6c4c_full_validation.pdf.gz | 535 KB | Display | |
Data in XML | 6c4c_validation.xml.gz | 129.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6c4c_validation.cif.gz | 179.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/6c4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/6c4c | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6c4aSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 48944.398 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman) (bacteria) Strain: ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman / Gene: icl1, ERDMAN_0512, Q643_00485 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: H8EVV4, isocitrate lyase, methylisocitrate lyase |
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-Non-polymers , 5 types, 1622 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-PYR / #5: Chemical | ChemComp-3NP / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 50 mM EPPS, 100 mM MgCl2, 17.5%(w/v) PEG4000 (well solution); 10 mg/mL MtICL in 50 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 5 mM MgSO4, 3 mM 3-nitropropionate, and 1 mM DTT (protein solution); 2 uL ...Details: 50 mM EPPS, 100 mM MgCl2, 17.5%(w/v) PEG4000 (well solution); 10 mg/mL MtICL in 50 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 5 mM MgSO4, 3 mM 3-nitropropionate, and 1 mM DTT (protein solution); 2 uL total drop volume, 1:1 well solution:protein solution |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.97946 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 29, 2017 |
Radiation | Monochromator: 0.97946 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→47.393 Å / Num. obs: 169258 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 33.86 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rrim(I) all: 0.2316 / Net I/σ(I): 5.86 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.279 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.63 / Mean I/σ(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 16914 / CC1/2: 0.377 / Rrim(I) all: 1.903 / % possible all: 99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6C4A Resolution: 2.2→47.393 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.11 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 160.68 Å2 / Biso mean: 47.5217 Å2 / Biso min: 17.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→47.393 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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