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Yorodumi- PDB-6wng: Crystal structure of an aspartate ammonia-lyase from Elizabethkin... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6wng | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of an aspartate ammonia-lyase from Elizabethkingia anophelis NUHP1 | |||||||||
Components | Aspartate ammonia-lyase | |||||||||
Keywords | LYASE / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Disease / emergent pathogen / bacterium / flavobacteriales / asparate / fumarate / alanine and asparate metabolism / nitrogen metabolism / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationaspartate ammonia-lyase / aspartate ammonia-lyase activity / aspartate metabolic process / tricarboxylic acid cycle Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Elizabethkingia anophelis NUH1 (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.55 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Crystal structure of an aspartate ammonia-lyase from Elizabethkingia anophelis NUHP1 Authors: Edwards, T.E. / Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6wng.cif.gz | 759.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6wng.ent.gz | 625.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6wng.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6wng_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6wng_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
| Data in XML | 6wng_validation.xml.gz | 100.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 6wng_validation.cif.gz | 143.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/6wng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/6wng | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3oceS S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
| ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 52529.125 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Elizabethkingia anophelis NUH1 (bacteria)Strain: NUHP1 / Gene: BD94_1127 / Production host: ![]() References: UniProt: X5KSV5, UniProt: A0A077EBQ3*PLUS, aspartate ammonia-lyase |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 2131 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-TRS / #3: Chemical | ChemComp-FUM / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.87 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: ElanA.00047.a.B1.PW38143 at 13.07 mg/mL with 2.5 mM aspartic acid against JCSG+ screen condition D1 25% PEG 1500, 20% glycerol, unique puck ID aue0-7, crystal tracking ID 314597d1 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Feb 20, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.55→46.06 Å / Num. obs: 275981 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.043 % / Biso Wilson estimate: 21.591 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 1.072 / Net I/σ(I): 14.36 / Num. measured all: 1667799 / Scaling rejects: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3oce Resolution: 1.55→46.06 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 13.36
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 75.2 Å2 / Biso mean: 18.4133 Å2 / Biso min: 5.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.55→46.06 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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