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Yorodumi- PDB-2ynm: Structure of the ADPxAlF3-Stabilized Transition State of the Nitr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2ynm | ||||||
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Title | Structure of the ADPxAlF3-Stabilized Transition State of the Nitrogenase-like Dark-Operative Protochlorophyllide Oxidoreductase Complex from Prochlorococcus marinus with Its Substrate Protochlorophyllide a | ||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE / IRON-SULFUR CLUSTER / METALLOENZYME / ELECTRON TRANSFER / CHLOROPHYLL SYNTHESIS / ATPASE / DYNAMIC SWITCH | ||||||
Function / homology | Function and homology information light-independent chlorophyll biosynthetic process / ferredoxin:protochlorophyllide reductase (ATP-dependent) / photosynthesis, dark reaction / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | PROCHLOROCOCCUS MARINUS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Krausze, J. / Lange, C. / Heinz, D.W. / Moser, J. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013 Title: Structure of Adp-Aluminium Fluoride-Stabilized Protochlorophyllide Oxidoreductase Complex. Authors: Moser, J. / Lange, C. / Krausze, J. / Rebelein, J. / Schubert, W. / Ribbe, M.W. / Heinz, D.W. / Jahn, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2ynm.cif.gz | 593 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2ynm.ent.gz | 485.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2ynm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2ynm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2ynm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.47548, -0.07883, 0.87619), Vector: |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 32845.430 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PROCHLOROCOCCUS MARINUS (bacteria) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): CODON PLUS RIL References: UniProt: Q7VD39, ferredoxin:protochlorophyllide reductase (ATP-dependent), EC: 1.18.-.- |
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-LIGHT-INDEPENDENT PROTOCHLOROPHYLLIDE REDUCTASE SUBUNIT ... , 2 types, 2 molecules CD
#2: Protein | Mass: 47040.328 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PROCHLOROCOCCUS MARINUS (bacteria) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): CODON PLUS RIL References: UniProt: Q7VD37, ferredoxin:protochlorophyllide reductase (ATP-dependent), EC: 1.18.-.- |
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#3: Protein | Mass: 58798.477 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PROCHLOROCOCCUS MARINUS (bacteria) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): CODON PLUS RIL References: UniProt: Q7VD38, ferredoxin:protochlorophyllide reductase (ATP-dependent), EC: 1.18.-.- |
-Non-polymers , 10 types, 401 molecules
#4: Chemical | ChemComp-1PE / | ||||||||||||||||
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#5: Chemical | ChemComp-EPE / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-GOL / #11: Chemical | ChemComp-PMR / | #12: Chemical | ChemComp-K / | #13: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.94 % Description: INCOMPLETE HIGH-RESOLUTION DATA WERE INCLUDED. DATA SHOW REASONABLE COMPLETENESS UP TO 2.6 A. |
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Crystal grow | pH: 7.5 Details: CRYSTALLIZED FROM 3% (W/V) PEG 6000, 100MM KCL, 100MM TRIS, PH 8.5; THEN SOAKED WITH 13% (W/V) PEG 8000, 100MM HEPES, PH 7.5, 15% (V/V) GLYCEROL, 5MM DTT, 0.01MM PCHLIDE, 24MM DMSO |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.91841 |
Detector | Type: RAYONIX / Detector: CCD / Date: Dec 17, 2010 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→34.51 Å / Num. obs: 81370 / % possible obs: 83.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 23.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.32 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Redundancy: 0.6 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 48.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRIES 3FWY AND 2XDQ Resolution: 2.1→34.51 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.99 / Phase error: 26.42 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→34.51 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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