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- PDB-7k7y: Crystal structure of BoNT/E LC-HN domain in complex with VHH JLE-E9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k7y
タイトルCrystal structure of BoNT/E LC-HN domain in complex with VHH JLE-E9
要素
  • Botulinum neurotoxin type E
  • JLE-E9
キーワードANTITOXIN / Botulinum neurotoxin (BoNT) / VHH / receptor-binding domain / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding ...Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain / Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal ...Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain / Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type E / Botulinum neurotoxin type E
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Lam, K. / Jin, R.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI139087 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI139690 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI123920 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI125704 米国
引用ジャーナル: Toxins / 年: 2020
タイトル: Two VHH Antibodies Neutralize Botulinum Neurotoxin E1 by Blocking Its Membrane Translocation in Host Cells.
著者: Lam, K.H. / Perry, K. / Shoemaker, C.B. / Jin, R.
履歴
登録2020年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type E
D: JLE-E9
E: Botulinum neurotoxin type E
G: Botulinum neurotoxin type E
B: Botulinum neurotoxin type E
C: JLE-E9
F: JLE-E9
H: JLE-E9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)443,2698
ポリマ－443,2698
非ポリマー00
水00
1
A: Botulinum neurotoxin type E
D: JLE-E9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8172
ポリマ－110,8172
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Botulinum neurotoxin type E
F: JLE-E9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8172
ポリマ－110,8172
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Botulinum neurotoxin type E
H: JLE-E9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8172
ポリマ－110,8172
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: Botulinum neurotoxin type E
C: JLE-E9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8172
ポリマ－110,8172
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.035, 208.650, 210.505
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PROPROTHRTHR(chain 'A' and (resid 2 through 15 or (resid 16...AA2 - 4577 - 462
121TYRTYRASNASN(chain 'A' and (resid 2 through 15 or (resid 16...AA501 - 504506 - 509
131THRTHRILEILE(chain 'A' and (resid 2 through 15 or (resid 16...AA506 - 650511 - 655
141LYSLYSGLNGLN(chain 'A' and (resid 2 through 15 or (resid 16...AA660 - 799665 - 804
151SERSERTYRTYR(chain 'A' and (resid 2 through 15 or (resid 16...AA807 - 830812 - 835
211PROPROTHRTHR(chain 'B' and (resid 2 through 15 or (resid 16...BE2 - 4577 - 462
221TYRTYRASNASN(chain 'B' and (resid 2 through 15 or (resid 16...BE501 - 504506 - 509
231THRTHRILEILE(chain 'B' and (resid 2 through 15 or (resid 16...BE506 - 650511 - 655
241LYSLYSGLNGLN(chain 'B' and (resid 2 through 15 or (resid 16...BE660 - 799665 - 804
251SERSERTYRTYR(chain 'B' and (resid 2 through 15 or (resid 16...BE807 - 830812 - 835
311PROPROTHRTHR(chain 'E' and (resid 2 through 134 or (resid 135...EC2 - 4577 - 462
321TYRTYRASNASN(chain 'E' and (resid 2 through 134 or (resid 135...EC501 - 504506 - 509
331THRTHRILEILE(chain 'E' and (resid 2 through 134 or (resid 135...EC506 - 650511 - 655
341LYSLYSGLNGLN(chain 'E' and (resid 2 through 134 or (resid 135...EC660 - 799665 - 804
351SERSERTYRTYR(chain 'E' and (resid 2 through 134 or (resid 135...EC807 - 830812 - 835
411PROPROTHRTHR(chain 'G' and (resid 2 through 15 or (resid 16...GD2 - 4577 - 462
421TYRTYRASNASN(chain 'G' and (resid 2 through 15 or (resid 16...GD501 - 504506 - 509
431THRTHRILEILE(chain 'G' and (resid 2 through 15 or (resid 16...GD506 - 650511 - 655
441LYSLYSGLNGLN(chain 'G' and (resid 2 through 15 or (resid 16...GD660 - 799665 - 804
451SERSERTYRTYR(chain 'G' and (resid 2 through 15 or (resid 16...GD807 - 830812 - 835
112GLNGLNGLYGLY(chain 'C' and (resid 1 through 9 or (resid 12...CF1 - 86 - 13
122VALVALVALVAL(chain 'C' and (resid 1 through 9 or (resid 12...CF12 - 12017 - 125
212GLNGLNGLYGLY(chain 'D' and ((resid 1 and (name N or name...DB1 - 86 - 13
222VALVALVALVAL(chain 'D' and ((resid 1 and (name N or name...DB12 - 12017 - 125
312GLNGLNGLYGLYchain 'F'FG1 - 86 - 13
322VALVALVALVALchain 'F'FG12 - 12017 - 125
412GLNGLNGLYGLY(chain 'H' and (resid 1 through 9 or (resid 12...HH1 - 86 - 13
422VALVALVALVAL(chain 'H' and (resid 1 through 9 or (resid 12...HH12 - 12017 - 125

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Botulinum neurotoxin type E


分子量: 96816.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: bont, FDB75_10755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B4PXW0, UniProt: Q00496*PLUS
#2: 抗体
JLE-E9


分子量: 14000.442 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 12 % PEG 20K, 0.1 M sodium citrate pH 5.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→148.19 Å / Num. obs: 55326 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 125.48 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3.6→3.7 Å / Num. unique obs: 4534 / CC1/2: 0.309 / Rpim(I) all: 0.96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
REFMACv5.7精密化
MOSFLMdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ffz

3ffz


解像度: 3.6→74.09 Å / SU ML: 0.625 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.8104
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2877 4992 4.91 %
Rwork0.2614 96714 -
obs0.2627 55219 94.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 123.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→74.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28699 0 0 0 28699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002229252
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.518439646
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04214449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035156
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.354110758
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.640.43251410.40073213X-RAY DIFFRACTION93.58
3.64-3.680.41471310.3863227X-RAY DIFFRACTION93.64
3.68-3.730.36141860.37553155X-RAY DIFFRACTION94.25
3.73-3.780.31611790.37083217X-RAY DIFFRACTION94.78
3.78-3.830.40811440.3633261X-RAY DIFFRACTION94.53
3.83-3.880.41691680.37073225X-RAY DIFFRACTION93.96
3.88-3.930.34651930.36423114X-RAY DIFFRACTION93.39
3.93-3.990.38441670.35113192X-RAY DIFFRACTION92.59
3.99-4.050.36091280.33593139X-RAY DIFFRACTION91.21
4.05-4.120.34031380.31533094X-RAY DIFFRACTION92.11
4.12-4.190.351690.31313339X-RAY DIFFRACTION96.75
4.19-4.270.31681700.30613319X-RAY DIFFRACTION97.57
4.27-4.350.31641780.29733323X-RAY DIFFRACTION97.25
4.35-4.440.32761610.29593312X-RAY DIFFRACTION96.77
4.44-4.540.3191890.2923274X-RAY DIFFRACTION97
4.54-4.640.31531940.27833260X-RAY DIFFRACTION96.4
4.64-4.760.27211700.25753252X-RAY DIFFRACTION96.34
4.76-4.890.2851340.25563309X-RAY DIFFRACTION96.04
4.89-5.030.28571600.25583365X-RAY DIFFRACTION97.21
5.03-5.190.30761640.26853283X-RAY DIFFRACTION96.64
5.19-5.380.28621760.26643241X-RAY DIFFRACTION95.55
5.38-5.590.26491900.27073110X-RAY DIFFRACTION92.7
5.59-5.850.24631870.26513061X-RAY DIFFRACTION90.37
5.85-6.160.30612040.26083052X-RAY DIFFRACTION90.7
6.16-6.540.25971570.25843318X-RAY DIFFRACTION96.82
6.54-7.050.25751740.24483277X-RAY DIFFRACTION96.78
7.05-7.750.23741950.22943246X-RAY DIFFRACTION95.56
7.75-8.870.21811230.19223280X-RAY DIFFRACTION95.43
8.87-11.170.20121620.16543167X-RAY DIFFRACTION92.78
11.17-74.090.26961600.20973089X-RAY DIFFRACTION90.58

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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