[日本語] English
万見
- PDB-3rd5: Crystal structure of a putative uncharacterized protein from Myco... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rd5
タイトルCrystal structure of a putative uncharacterized protein from Mycobacterium Paratuberculosis
要素MYPAA.01249.C
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium paratuberculosis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MYPAA.01249.C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5213
ポリマ－31,2201
非ポリマー3002
水7,440413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.920, 78.100, 86.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 MYPAA.01249.C


分子量: 31220.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium paratuberculosis (バクテリア)
株: K-10 / 遺伝子: MAP_0980c / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q741V7
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.565
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2901蒸気拡散法, シッティングドロップ法7.5EMERALDBIOSYSTEMS JCSG+ SCREEN B4: 100MM HEPES PH 7.5, 10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, MYPAA.01249.CA1 PW29465 AT 29 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K.
2902蒸気拡散法, シッティングドロップ法7.5EMERALDBIOSYSTEMS JCSG+ SCREEN B4: 100MM HEPES PH 7.5, 10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, MYPAA.01249.CA1 PW29465 AT 29 MG/ML, FOR PHASING THIS CRYSTAL WAS TRANFERRED IN 100MM HEPES PH 7.5, 15% PEG 6000, 10% ETHYLENE GLYCOL, 400MM SODIUM IODIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-G10.97856
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT21.5418
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2011年3月4日
RIGAKU SATURN 944+2CCD2011年3月4日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1C(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Rigaku VariMaxSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978561
21.54181
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 70109 / Num. obs: 70109 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 22.61
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 5161 / Rsym value: 0.389 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: STRUCTURE SOLVED VIA IODIDE PHASING AT CUKALPHA, DATA SET 2 WAS USED FOR THIS

解像度: 1.5→49.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.375 / SU ML: 0.024 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15 3526 5 %RANDOM
Rwork0.133 ---
all0.134 70109 --
obs0.134 69906 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→49.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2031 0 19 413 2463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212187
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5391.9612985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01933665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5255292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.37721.5100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.65815351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0281530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02493
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9241.51369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2591.5561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56222189
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4913818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0284.5784
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 262 -
Rwork0.157 4878 -
obs-5161 99.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22680.2009-0.19260.63560.53611.3342-0.0395-0.10120.08020.0850.00870.0391-0.0309-0.14860.03080.05110.02360.00250.0592-0.01370.014214.00671.98119.342
21.3666-0.1892-1.67580.04190.18093.74690.02470.02220.15210.01140.0217-0.0632-0.3027-0.1916-0.04640.0950.0138-0.00420.0302-0.02790.067619.35583.23113.409
30.5287-0.15330.01550.4197-0.02731.04980.00670.0110.0341-0.01720.0086-0.03950.02470.0634-0.01530.01020.0047-0.00550.02390.0040.026224.47568.7392.45
40.9252-0.0913-0.11510.55630.10270.8634-0.0173-0.0467-0.0670.0123-0.00140.00030.1149-0.01040.01870.02150.0012-0.00590.00710.0050.020319.861.676.922
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2A35 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3A77 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4A199 - 289

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る