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- PDB-1lgy: LIPASE II FROM RHIZOPUS NIVEUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lgy
タイトルLIPASE II FROM RHIZOPUS NIVEUS
要素TRIACYLGLYCEROL LIPASE
キーワードHYDROLASE (CARBOXYLIC ESTER) / LIPASE
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rhizopus niveus (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kohno, M. / Funatsu, J. / Mikami, B. / Kugimiya, W. / Matsuo, T. / Morita, Y.
引用
ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1996
タイトル: The crystal structure of lipase II from Rhizopus niveus at 2.2 A resolution.
著者: Kohno, M. / Funatsu, J. / Mikami, B. / Kugimiya, W. / Matsuo, T. / Morita, Y.
#1: ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 1994
タイトル: Purification, Characterization and Crystallization of Two Types of Lipase from Rhizopus Niveus
著者: Kohno, M. / Kugimiya, W. / Hashimoto, Y. / Morita, Y.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Preliminary Investigation of Crystals of Lipase I from Rhizopus Niveus
著者: Kohno, M. / Kugimiya, W. / Hashimoto, Y. / Morita, Y.
履歴
登録1996年5月23日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIACYLGLYCEROL LIPASE
B: TRIACYLGLYCEROL LIPASE
C: TRIACYLGLYCEROL LIPASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8713
ポリマ－88,8713
非ポリマー00
水8,611478
1
A: TRIACYLGLYCEROL LIPASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6241
ポリマ－29,6241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TRIACYLGLYCEROL LIPASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6241
ポリマ－29,6241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TRIACYLGLYCEROL LIPASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6241
ポリマ－29,6241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.700, 83.700, 137.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999623, 0.025854, -0.009201), (-0.026266, -0.998509, 0.047852), (-0.007951, 0.048076, 0.998812)123.0281, 124.3696, -2.0961
2given(-0.071585, -0.69806, 0.712452), (-0.608659, 0.596448, 0.523244), (-0.790196, -0.396184, -0.467577)77.6261, 54.8681, 140.705

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要素

#1: タンパク質 TRIACYLGLYCEROL LIPASE / LIPASE


分子量: 29623.504 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhizopus niveus (菌類) / 参照: UniProt: P61871, triacylglycerol lipase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
114-18 %PEG80001reservoir
20.1 MHEPES1reservoir
318 mg/mlprotein1drop

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年1月16日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 53656 / % possible obs: 86.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 78 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
RIGAKUデータ収集
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-PLOR精密化
RIGAKUデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 2
詳細: CHARMM MEAN B VALUE 22.6 ANGSTROMS**2 ESD FROM LUZZATI PLOT 0.30 ANGSTROMS X-PLOR ALSO WAS USED.
Rfactor反射数
Rwork0.186 -
obs-40601
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6204 0 0 478 6682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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