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万見
- PDB-3r4t: Crystal structure of 4-aminobutyrate aminotransferase GabT from M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r4t
タイトルCrystal structure of 4-aminobutyrate aminotransferase GabT from Mycobacterium marinum covalently bound to pyridoxal phosphate
要素4-aminobutyrate aminotransferase GabT
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Mycobacterium / tuberculosis / smegmatis / marinum / water contaminant / pyridoxal phosphate / PLP / LLP / gamma amino butyric acid / GABA / GABA transferase / Gabaculine / Phenelzine / Aminooxyacetic acid / Phenylethylidenehydrazine / Vigabatrin / Valproic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


4-aminobutyrate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
4-aminobutyrate aminotransferase, bacterial / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...4-aminobutyrate aminotransferase, bacterial / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-aminobutyrate aminotransferase GabT
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium marinum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-aminobutyrate aminotransferase GabT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0427
ポリマ－49,7591
非ポリマー2836
水3,711206
1
A: 4-aminobutyrate aminotransferase GabT
ヘテロ分子

A: 4-aminobutyrate aminotransferase GabT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,08514
ポリマ－99,5192
非ポリマー56612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/31
Buried area11420 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area26930 Å2
手法PISA
2
A: 4-aminobutyrate aminotransferase GabT
ヘテロ分子

A: 4-aminobutyrate aminotransferase GabT
ヘテロ分子

A: 4-aminobutyrate aminotransferase GabT
ヘテロ分子

A: 4-aminobutyrate aminotransferase GabT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,17028
ポリマ－199,0384
非ポリマー1,13224
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/31
Buried area27140 Å2
ΔGint-343 kcal/mol
Surface area49550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.620, 123.620, 157.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-472-

HOH

21A-510-

HOH

31A-571-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 4-aminobutyrate aminotransferase GabT


分子量: 49759.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア)
株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: gabT, MMAR_2118 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HN70
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.78 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MymaA.01026.b.A1 PW29968 at 27.8 mg/mL against JCSG+ screen condition D5, 70% MPD, 0.1 M Hepes pH 7.5, crystal tracking ID 220563d5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 26253 / Num. obs: 25245 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 37.813 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 15.33
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.5-2.579.10.5593.741676118341835100
2.57-2.640.4554.6164221793100
2.64-2.710.4025.23158401719100
2.71-2.80.3426.1315394167399.9
2.8-2.890.3096.85150681644100
2.89-2.990.2428.74144671586100
2.99-3.10.2119.86139711531100
3.1-3.230.17311.9134871478100
3.23-3.370.14714.04128371424100
3.37-3.540.11617.1122471363100
3.54-3.730.09719.68114821286100
3.73-3.950.08223.84109931248100
3.95-4.230.0726.67101831162100
4.23-4.560.06528.6695571102100
4.56-50.06129.28681100899.9
5-5.590.06726.687915927100
5.59-6.460.06325.757001828100
6.46-7.910.04631.386105715100
7.91-11.180.03239.494730574100
11.18-500.02738.41256734997.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 41.65 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å48.63 Å
Translation3 Å48.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BOSデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3oks

3oks


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.1639 / WRfactor Rwork: 0.1327 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9004 / SU B: 11.939 / SU ML: 0.119 / SU R Cruickshank DPI: 0.2314 / SU Rfree: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 1281 5.1 %RANDOM
Rwork0.1513 ---
obs0.1533 25110 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.63 Å2 / Biso mean: 28.8302 Å2 / Biso min: 6.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20.47 Å20 Å2
2--0.94 Å20 Å2
3----1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3293 0 13 206 3512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4531.984562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1065443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.89923.913138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.09515526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8411527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5411.52199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10723514
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.26731153
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8744.51048
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 80 -
Rwork0.217 1744 -
all-1824 -
obs--99.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2418-0.9722-0.47661.11120.20361.22740.0072-0.12810.040.13260.0368-0.0927-0.03370.1429-0.0440.07850.0351-0.0360.1073-0.03560.05266.372760.879345.5608
20.19430.02340.18810.38470.00690.3342-0.0210.0144-0.0443-0.07640.0385-0.02550.00350.0446-0.01750.1080.04750.02850.0844-0.02690.053-6.134259.957822.3457
32.0763-0.16070.98871.29-0.74621.0043-0.02040.0899-0.2035-0.16560.0942-0.10980.0950.0383-0.07370.14520.04490.02440.0599-0.04530.0785-12.862537.831717.7486
40.6476-0.25190.30420.4399-0.21520.4844-0.0030.1105-0.0681-0.14120.0251-0.0544-0.00740.1151-0.02210.13050.02370.04040.1201-0.03590.0525-0.515455.508816.7927
51.49670.5355-0.26511.83260.25570.651-0.0362-0.1087-0.17040.06380.1066-0.13150.19040.0885-0.07050.13760.1011-0.01530.10240.0070.07276.129340.39936.093
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2A45 - 180
3X-RAY DIFFRACTION3A181 - 257
4X-RAY DIFFRACTION4A258 - 357
5X-RAY DIFFRACTION5A358 - 445

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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