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Yorodumi- PDB-3rq1: Crystal Structure of Aminotransferase Class I and II from Veillon... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rq1 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Aminotransferase Class I and II from Veillonella parvula | ||||||
Components | Aminotransferase class I and II | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta structure / cytosol | ||||||
Function / homology | Function and homology information amino acid metabolic process / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Veillonella parvula (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of Aminotransferase Class I and II from Veillonella parvula Authors: Kim, Y. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3rq1.cif.gz | 657.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3rq1.ent.gz | 567.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3rq1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/3rq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/3rq1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 46734.512 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Veillonella parvula (bacteria) / Strain: DSM 2008 / Gene: Vpar_1105 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BM21 magic / References: UniProt: D1BN29 |
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-Non-polymers , 5 types, 457 molecules
#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Chemical | ChemComp-AKG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2 M ammonium citrate, 20 % (w/v) PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 6, 2010 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. all: 84494 / Num. obs: 84494 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 39.74 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 8.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Redundancy: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3916 / Rsym value: 0.421 / % possible all: 88.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2→42.397 Å / SU ML: 0.35 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 31.21 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.574 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.4 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→42.397 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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