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万見
- PDB-4l9x: Triazine hydrolase from Arthobacter aurescens modified for maximu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l9x
タイトルTriazine hydrolase from Arthobacter aurescens modified for maximum expression in E.coli
要素Triazine hydrolase
キーワードHYDROLASE / amidohydrolase / hydrolases triazine herbicides
機能・相同性
機能・相同性情報


amidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel ...: / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Triazine hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter aurescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Jackson, C.J. / Coppin, C.W. / Alexandrov, A. / Wilding, M. / Liu, J.-W. / Ubels, J. / Paks, M. / Carr, P.D. / Newman, J. / Russell, R.J. ...Jackson, C.J. / Coppin, C.W. / Alexandrov, A. / Wilding, M. / Liu, J.-W. / Ubels, J. / Paks, M. / Carr, P.D. / Newman, J. / Russell, R.J. / Field, M. / Weik, M. / Oakeshott, J.G. / Scott, C.
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: 300-Fold increase in production of the Zn2+-dependent dechlorinase TrzN in soluble form via apoenzyme stabilization.
著者: Jackson, C.J. / Coppin, C.W. / Carr, P.D. / Aleksandrov, A. / Wilding, M. / Sugrue, E. / Ubels, J. / Paks, M. / Newman, J. / Peat, T.S. / Russell, R.J. / Field, M. / Weik, M. / Oakeshott, J.G. / Scott, C.
履歴
登録2013年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triazine hydrolase
B: Triazine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,5503
ポリマ－102,4912
非ポリマー591
水10,431579
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area29680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.110, 101.270, 77.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 453 / Label seq-ID: 14 - 466

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Triazine hydrolase


分子量: 51245.262 Da / 分子数: 2 / 変異: D38N, L131P, A159V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter aurescens (バクテリア)
株: TC1 / 遺伝子: trzN / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6SJY7, atrazine chlorohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 30% PEG3350, 200mM ammonium sulfate, 100mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.2398 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月12日
詳細: undulator, double crystal monochromator, vertical and horizontal mirrors
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2398 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. all: 72046 / Num. obs: 72046 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LS9

3ls9


解像度: 1.85→19.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19141 3804 5.3 %RANDOM
Rwork0.18844 ---
all0.1886 68412 --
obs0.1886 68057 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.375 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20 Å2-1.55 Å2
2--2.18 Å20 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6987 0 4 579 7570
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0197163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1081.9649747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8035912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.0622.963324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.404151128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3921569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7772.633652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3493.9254562
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0632.9153511
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.40523.27511683
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 563 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 261 -
Rwork0.292 5022 -
obs--99.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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