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- PDB-2ch2: Structure of the Anopheles gambiae 3-hydroxykynurenine transamina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ch2
タイトルStructure of the Anopheles gambiae 3-hydroxykynurenine transaminase in complex with inhibitor
要素3-HYDROXYKYNURENINE TRANSAMINASE
キーワードTRANSFERASE / PLP-ENZYME / KYNURENINE PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine-glyoxylate transaminase / L-kynurenine catabolic process / kynurenine-glyoxylate transaminase / kynurenine-glyoxylate transaminase activity / glycine biosynthetic process, by transamination of glyoxylate / L-serine-pyruvate transaminase activity / alanine-glyoxylate transaminase activity / glyoxylate catabolic process / pyridoxal phosphate binding / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Serine-pyruvate aminotransferase/2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Serine-pyruvate aminotransferase/2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(2-AMINOPHENYL)-4-OXOBUTANOIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 3-hydroxykynurenine transaminase / 3-hydroxykynurenine transaminase
類似検索 - 構成要素
生物種ANOPHELES GAMBIAE (ガンビエハマダラカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rossi, F. / Garavaglia, S. / Giovenzana, G.B. / Arca, B. / Li, J. / Rizzi, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the Anopheles Gambiae 3-Hydroxykynurenine Transaminase
著者: Rossi, F. / Garavaglia, S. / Giovenzana, G.B. / Arca, B. / Li, J. / Rizzi, M.
履歴
登録2006年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-HYDROXYKYNURENINE TRANSAMINASE
B: 3-HYDROXYKYNURENINE TRANSAMINASE
C: 3-HYDROXYKYNURENINE TRANSAMINASE
D: 3-HYDROXYKYNURENINE TRANSAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,16212
ポリマ－177,4004
非ポリマー1,7618
水2,270126
1
A: 3-HYDROXYKYNURENINE TRANSAMINASE
D: 3-HYDROXYKYNURENINE TRANSAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5816
ポリマ－88,7002
非ポリマー8814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8920 Å2
ΔGint-48.3 kcal/mol
Surface area26210 Å2
手法PISA
2
B: 3-HYDROXYKYNURENINE TRANSAMINASE
C: 3-HYDROXYKYNURENINE TRANSAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5816
ポリマ－88,7002
非ポリマー8814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9010 Å2
ΔGint-46.3 kcal/mol
Surface area26140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.940, 83.747, 118.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 389 / Label seq-ID: 3 - 389

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
3-HYDROXYKYNURENINE TRANSAMINASE


分子量: 44350.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ANOPHELES GAMBIAE (ガンビエハマダラカ)
株: GASUA / プラスミド: PET16B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4LAM2, UniProt: Q7PRG3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物
ChemComp-KY1 / 4-(2-AMINOPHENYL)-4-OXOBUTANOIC ACID / 4-(2-アミノフェニル)-4-オキソ酪酸


分子量: 193.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 45886 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.7 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 14.752 / SU ML: 0.292 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.379 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-2 AND 390-396 WERE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY AND NOT INCLUDED IN THE FINAL MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 979 2.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.214 44886 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å2-1.13 Å2
2--3.41 Å20 Å2
3----3.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12143 0 116 126 12385
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02212548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6021.97617017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.17151544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.11823.502534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.953152123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8651584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.25994
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.28703
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3550.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5610.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7511.57846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.202212430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.88735348
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2344.54587
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3033 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.080.05
2Btight positional0.070.05
3Ctight positional0.080.05
4Dtight positional0.090.05
1Atight thermal0.170.5
2Btight thermal0.180.5
3Ctight thermal0.160.5
4Dtight thermal0.220.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.483 63
Rwork0.336 3345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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