PDB-3p5m: Crystal structure of an enoyl-CoA hydratase/isomerase from Mycoba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p5m

タイトル

Crystal structure of an enoyl-CoA hydratase/isomerase from Mycobacterium avium

要素

Enoyl-CoA hydratase/isomerase

キーワード

ISOMERASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Coenzyme A / mycobacterium / tuberculosis / non-pathogenic species / ortholog

機能・相同性

機能・相同性情報

isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium avium (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2010年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年3月11日	Group: Database references
改定 1.3	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p5m.cif.gz	561 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p5m.ent.gz	462.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3p5m_validation.pdf.gz	475.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3p5m_full_validation.pdf.gz	485.4 KB	表示
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CIF形式データ	3p5m_validation.cif.gz	89.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/3p5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/3p5m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC 3gow PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2i5i-1 2p2l-2 2czc-d 1i7l-2 6v8h-d 1cf2-d 5ltp-d 5ona-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MyavA.01381.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

C: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

D: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

E: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

F: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

ヘテロ分子

160 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.730, 105.180, 130.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase/isomerase 分子量: 26597.219 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium avium (バクテリア) 株: 104 / 遺伝子: MAV_2601 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QFV4, UniProt: A0A0H2ZZ96*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 972 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 19.25 mg/mL protein, 0.2 M K/Na Tartrate, 20% PEG 3350 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 89524 / Num. obs: 85894 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 20.775 Å² / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 11.25

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.05-2.1		0.414	3.1	12945	5596	85.3
2.1-2.16		0.34	3.9	18236	6099	95.7
2.16-2.22		0.326	4.3	19781	6127	98.9
2.22-2.29		0.303	5.1	16874	5538	91.5
2.29-2.37		0.229	5.7	19023	5815	99.6
2.37-2.45		0.221	5.8	18510	5649	99.5
2.45-2.54		0.187	6.8	17956	5447	99.6
2.54-2.65		0.171	7.2	17330	5236	99.4
2.65-2.76		0.164	7.7	16617	5026	98.4
2.76-2.9		0.129	8.7	15938	4760	98.9
2.9-3.06		0.105	10	15418	4563	98.4
3.06-3.24		0.087	11.4	14612	4288	98.1
3.24-3.47		0.078	14.9	13446	3978	96.5
3.47-3.74		0.062	20.2	12315	3683	95.1
3.74-4.1		0.051	25.1	11027	3320	93.2
4.1-4.58		0.035	32.6	10667	3085	95.7
4.58-5.29		0.037	29.8	9432	2709	94.4
5.29-6.48		0.046	23.2	8045	2299	93.7
6.48-9.17		0.03	33.5	6200	1781	92.1
	9.17	0.021	49.7	3012	895	79

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 58.84 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	19.93 Å
Translation	3 Å	19.93 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3gow

3gow
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / WR_factor R_free: 0.1952 / WR_factor R_work: 0.1463 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8523 / SU B: 9.934 / SU ML: 0.121 / SU R Cruickshank DPI: 0.2211 / SU R_free: 0.1891 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2341	4306	5 %	RANDOM
R_work	0.1769	-	-	-
obs	0.1797	85638	95.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.36 Å² / B_iso mean: 16.4799 Å² / B_iso min: 6.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10761	0	8	972	11741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	11068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.505	1.968	15096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.732	5	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.097	23.123	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.688	15	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.029	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8406
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.695	1.5	7489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.232	2	11848
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.339	3	3579
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.893	4.5	3222

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	285	-
R_work	0.263	5285	-
all	-	5570	-
obs	-	-	85.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7888	-0.2135	0.0393	0.3985	0.1813	0.534	-0.0415	-0.0763	-0.0068	0.0785	0.0226	0.0212	0.0362	-0.0069	0.0188	0.0808	-0.0135	0.0001	0.087	-0.0011	0.0498	1.3001	12.2747	33.1463
2	0.1264	-0.43	-0.3986	2.3291	-0.0332	0.9298	-0.14	0.0474	-0.0694	0.392	0.078	0.0971	-0.184	0.0734	0.062	0.1677	-0.0037	0.0018	0.0785	-0.0096	0.0571	1.956	26.005	25.474
3	0.2351	-0.0437	0.1224	0.1569	-0.0201	0.1839	0.029	-0.0167	-0.0067	-0.0135	-0.0005	0.0077	0.0139	-0.0104	-0.0285	0.0796	-0.0093	0.0057	0.0849	-0.0113	0.0691	-1.7217	9.7878	17.1092
4	0.9279	-0.5116	0.2358	1.0346	-0.0394	0.2799	-0.0051	-0.0885	0.1107	0.1121	-0.0313	-0.0057	-0.0548	0.002	0.0364	0.0925	-0.0061	0.0186	0.0557	-0.0302	0.0481	-4.8688	29.0701	17.2229
5	5.7661	-1.8188	-5.8336	0.5852	2.3683	10.9974	0.1428	0.6897	0.6527	-0.1086	-0.2647	-0.1965	-0.7113	-1.5383	0.1219	0.0523	0.0866	-0.0317	0.1193	0.0061	0.2322	-14.9028	36.6924	-11.603
6	0.9912	-0.5575	-1.0919	0.2574	0.3967	3.9361	0.2243	0.206	0.5191	-0.2003	-0.1004	-0.1455	-0.2435	-0.1767	-0.124	0.0903	0.0163	0.0212	0.0078	0.0936	0.2386	-8.0065	34.154	-12.9392
7	0.2626	0.0589	0.0191	0.2618	0.1093	0.1176	-0.033	0.0283	0.0582	-0.0181	0.0137	0.0221	0.0169	-0.0025	0.0193	0.0739	-0.0053	-0.0079	0.0714	0.0082	0.0863	-5.1886	21.246	-6.9582
8	0.2982	0.1999	-0.4404	0.6515	0.1813	2.0922	-0.0307	0.0708	0.1175	-0.0836	0.1021	0.0252	-0.0638	-0.0147	-0.0714	0.0592	-0.0122	0.0109	0.063	0.0426	0.0815	10.5368	19.4339	-21.3072
9	0.8525	-1.2038	0.4	1.6245	-0.8532	1.3025	0.0313	-0.0127	0.0688	-0.1782	-0.019	-0.2465	0.138	0.1582	-0.0123	0.0452	0.0003	0.0606	0.0712	-0.0219	0.1268	26.4217	-3.871	-10.0642
10	0.1677	-0.0664	-0.0465	0.2679	-0.0158	0.3627	-0.0098	-0.0087	0.0181	-0.009	0.011	-0.0261	0.0312	0.0084	-0.0011	0.0681	-0.001	0.0091	0.077	-0.0032	0.0766	13.2429	0.9004	-2.7747
11	0.6949	-0.4495	0.59	2.2185	-2.4868	3.9742	0.0774	0.0717	0.0864	-0.1385	-0.1308	-0.0749	0.2642	0.4922	0.0534	0.0473	0.0633	-0.0181	0.1131	-0.0257	0.0447	24.3915	1.4538	15.3754
12	0.9245	-4.4753	0.0013	8.4731	-2.9901	3.9373	0.331	-0.1942	-0.0262	-0.6358	-0.0896	0.631	0.744	0.108	-0.2414	0.2	0.0143	-0.0871	0.0275	-0.0164	0.0412	19.2642	-10.0953	23.4361
13	0.8686	-0.4853	-0.1144	0.5189	-0.2082	1.2977	-0.0248	-0.173	-0.0089	0.1331	0.021	0.1219	-0.0364	-0.0147	0.0039	0.0678	-0.0198	0.0448	0.0832	-0.0177	0.067	-36.0797	-7.9073	24.4363
14	0.3443	-0.0823	0.0263	0.2232	-0.1835	0.1399	0.0321	-0.0066	0.0178	0.0224	-0.0235	0.0147	-0.0001	0.0059	-0.0087	0.0735	-0.009	0.0031	0.0831	-0.0044	0.0721	-26.9175	-9.5123	12.4124
15	2.2901	-0.3331	1.1123	0.5563	-0.5053	0.645	-0.056	-0.1373	-0.0345	0.0038	0.0633	0.0427	0.0343	-0.0977	-0.0073	0.0838	0.0056	0.0033	0.087	0.0147	0.0558	-23.6298	-29.0712	20.5015
16	1.6478	1.5022	0.6429	1.5113	1.3114	2.9864	-0.0448	0.0339	0.0771	-0.077	0.0581	-0.01	-0.0337	0.0565	-0.0132	0.0645	0.025	-0.0185	0.0798	0.024	0.0698	-10.1058	-28.8687	26.3408
17	0.7263	0.071	-0.6448	0.593	-0.7512	2.5985	-0.0371	-0.0125	-0.1184	-0.0263	0.0098	-0.07	0.1449	0.0286	0.0273	0.0637	0.0132	-0.0041	0.0397	-0.017	0.0958	-4.3986	-36.557	-2.0592
18	2.1503	-0.8188	2.0856	0.2785	0.2578	3.6733	-0.0332	0.2129	0.1681	0.0297	-0.1313	0.1749	0.2566	0.2239	0.1645	0.1004	-0.0081	-0.0132	0.0829	-0.0169	0.1352	-4.9363	-29.0873	-14.6119
19	0.1622	-0.0997	-0.0722	0.1201	-0.0693	0.2314	0.0018	0.0017	-0.0189	-0.0142	-0.0094	0.0048	0.0014	0.0108	0.0077	0.0795	-0.0065	0.0011	0.0741	-0.0016	0.0797	-11.9416	-22.292	-3.2232
20	1.1494	-1.1632	-0.8296	1.1725	1.4382	1.2109	0.0263	0.0925	0.0131	0.0084	0.0498	-0.0337	0.3183	0.0751	-0.0761	0.1582	0.0005	-0.013	0.0542	-0.0279	0.0265	-16.0123	-24.8963	-25.3362
21	0.6227	-0.3032	-0.0547	0.9776	0.0565	0.5975	-0.0186	0.0957	0.0502	-0.0472	0.0033	0.0137	-0.0255	-0.0422	0.0153	0.0867	-0.0103	-0.0249	0.0743	0.0104	0.0507	-33.7963	-1.5259	-26.7463
22	0.1612	0.0814	-0.0937	0.1537	-0.097	0.3788	0.0104	0.0333	0.0412	-0.0111	0.0103	0.0327	-0.0116	-0.0313	-0.0208	0.0772	-0.0083	-0.0216	0.0785	0.0011	0.0824	-32.7366	-2.3056	-14.6773
23	0.0895	-0.0231	-0.0527	0.2469	0.0062	0.245	-0.002	0.0011	-0.0029	0.0011	0.0304	0.0077	-0.0053	0.0313	-0.0284	0.0751	-0.0068	-0.0167	0.0808	-0.0029	0.0729	-24.8087	-5.7688	-11.3022
24	0.6201	0.0349	-0.3212	2.5764	0.9588	1.1107	0.0095	0.0808	0.0955	-0.0989	0.0606	0.2061	-0.0367	-0.0458	-0.0702	0.0166	0.0082	0.0016	0.0643	0.0465	0.1127	-46.1979	3.7075	-1.9461

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	63 - 82
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	83 - 202
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	203 - 251
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	0 - 11
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	12 - 45
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	46 - 209
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	210 - 251
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	-3 - 45
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	46 - 211
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	212 - 240
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	241 - 251
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	0 - 69
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	70 - 211
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	212 - 241
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	242 - 251
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	1 - 56
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	57 - 70
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	71 - 211
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	212 - 251
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	-1 - 58
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	59 - 126
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	127 - 213
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	214 - 251

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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