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- PDB-5ona: Drosophila Bag-of-marbles CBM peptide bound to human CAF40-CNOT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ona
タイトルDrosophila Bag-of-marbles CBM peptide bound to human CAF40-CNOT1
要素
  • CCR4-NOT transcription complex subunit 1
  • CCR4-NOT transcription complex subunit 9
  • Protein bag-of-marbles
キーワードGENE REGULATION / DEADENYLATION / CCR4-NOT / TRANSLATIONAL REPRESSION / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


male germline stem cell symmetric division / cystoblast division / spectrosome / fusome organization / germarium-derived female germ-line cyst formation / negative regulation of peptidoglycan recognition protein signaling pathway / fusome / germ-line stem cell division / positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / positive regulation of protein deubiquitination ...male germline stem cell symmetric division / cystoblast division / spectrosome / fusome organization / germarium-derived female germ-line cyst formation / negative regulation of peptidoglycan recognition protein signaling pathway / fusome / germ-line stem cell division / positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / positive regulation of protein deubiquitination / cell competition in a multicellular organism / CCR4-NOT core complex / spermatogonial cell division / armadillo repeat domain binding / female germ-line stem cell asymmetric division / CCR4-NOT complex / regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / germ-line stem cell population maintenance / gamete generation / sex differentiation / positive regulation of stem cell differentiation / trophectodermal cell differentiation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / Deadenylation of mRNA / nuclear retinoic acid receptor binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / positive regulation of protein K63-linked deubiquitination / positive regulation of smoothened signaling pathway / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / peroxisomal membrane / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / oogenesis / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ubiquitin binding / mRNA 3'-UTR binding / nuclear estrogen receptor binding / P-body / cytokine-mediated signaling pathway / kinase binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / spermatogenesis / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / negative regulation of translation / protein domain specific binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular space / RNA binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CCR4-NOT transcription complex subunit 9 / Cell differentiation family, Rcd1-like / : / : / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, N-terminal domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, NOT1_connector / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain ...CCR4-NOT transcription complex subunit 9 / Cell differentiation family, Rcd1-like / : / : / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, N-terminal domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, NOT1_connector / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-Not complex component, Not1 / CCR4-Not complex, Not1 subunit, domain of unknown function DUF3819 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / Protein bag of marbles / CCR4-NOT transcription complex subunit 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Raisch, T. / Sgromo, A. / Backhaus, C. / Izaurralde, E. / Weichenrieder, O.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2018
タイトル: DrosophilaBag-of-marbles directly interacts with the CAF40 subunit of the CCR4-NOT complex to elicit repression of mRNA targets.
著者: Sgromo, A. / Raisch, T. / Backhaus, C. / Keskeny, C. / Alva, V. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.
履歴
登録2017年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
B: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
C: Protein bag-of-marbles
D: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
E: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
F: Protein bag-of-marbles
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,25619
ポリマ－123,1286
非ポリマー1,12813
水00
1
A: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
B: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
C: Protein bag-of-marbles
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,40413
ポリマ－61,5643
非ポリマー83910
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area24340 Å2
手法PISA
2
D: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
E: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
F: Protein bag-of-marbles
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8526
ポリマ－61,5643
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area24250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.600, 106.600, 263.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1601-

SO4

21D-1601-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-associated factor 1 / Negative regulator of transcription subunit 1 homolog / hNOT1


分子量: 27617.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first 6 residues (GPHMLE) remain from the protease cleavage site and the linker.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNOT1, CDC39, KIAA1007, NOT1, AD-005 / プラスミド: PETMCN (PNYC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: A5YKK6
#2: タンパク質 CCR4-NOT transcription complex subunit 9 / Cell differentiation protein RQCD1 homolog / Rcd-1


分子量: 31072.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first 6 residues (GPHMLE) remain from the protease cleavage site and the linker.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNOT9, RCD1, RQCD1 / プラスミド: PETMCN (PNEA) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q92600
#3: タンパク質・ペプチド Protein bag-of-marbles


分子量: 2874.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P22745
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.95 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 1.5 M ammonium sulfate 20 mM MES (pH 6.0) 80 mM MES (pH 6.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月22日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 48613 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 72.4 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3529 / Rsym value: 2.224 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CRU

4cru


解像度: 2.7→49.408 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2373 2305 4.76 %
Rwork0.2088 --
obs0.2102 48454 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 97.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.408 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8424 0 57 0 8481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43711694
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4175343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041505
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7002-2.75890.42221680.38712806X-RAY DIFFRACTION99
2.7589-2.82310.35571180.34182862X-RAY DIFFRACTION99
2.8231-2.89370.34511260.31952850X-RAY DIFFRACTION99
2.8937-2.97190.38231840.29912794X-RAY DIFFRACTION100
2.9719-3.05940.31271540.28392821X-RAY DIFFRACTION100
3.0594-3.15810.32161100.28892859X-RAY DIFFRACTION100
3.1581-3.2710.34691370.2622848X-RAY DIFFRACTION100
3.271-3.40190.29831420.24262859X-RAY DIFFRACTION100
3.4019-3.55670.28071510.22512914X-RAY DIFFRACTION100
3.5567-3.74410.24531200.22112871X-RAY DIFFRACTION100
3.7441-3.97860.24441440.19842885X-RAY DIFFRACTION100
3.9786-4.28570.1831190.17752911X-RAY DIFFRACTION100
4.2857-4.71660.18971580.16892882X-RAY DIFFRACTION100
4.7166-5.39840.2091560.17642914X-RAY DIFFRACTION100
5.3984-6.79860.24241610.22172950X-RAY DIFFRACTION100
6.7986-49.41620.18391570.1693123X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.32711.6641.58231.83321.66221.5263-0.04220.2221-0.0393-0.1460.2073-0.1846-0.34490.236-0.17420.7057-0.17170.04060.60560.01420.572147.8829-17.8538-26.8417
21.4243-0.17560.36660.7579-0.11893.36410.0817-0.2793-0.00910.2096-0.04480.0534-0.08510.3494-0.03390.6266-0.210.03860.5169-0.00350.539436.9739-34.1725-7.9354
35.0491-1.63520.60617.2246-0.14884.20450.2495-0.9584-0.212-0.18080.05241.0251-0.3022-0.2886-0.36280.8643-0.21210.08710.8402-0.02240.753725.9586-25.6862-2.6467
43.50540.66820.28821.18780.7022.5346-0.1009-0.7387-0.15050.20350.0746-0.18290.21690.8512-0.0660.99280.08420.00781.390.02190.893261.7628-48.9136-23.3554
51.64340.2606-0.85522.0809-0.48911.32440.16130.1012-0.0091-0.3449-0.0216-0.225-0.18960.4504-0.12790.99760.03230.1151.2814-0.12570.848465.6717-35.662-47.0725
63.77680.83230.83521.5746-0.69894.8691-0.00450.8735-0.59470.2364-0.70980.09930.0051-0.38270.64361.17340.07620.11731.7334-0.28461.001773.2822-45.2728-54.9993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1353 through 1588)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 13 through 285)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 13 through 34)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1351 through 1588)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 15 through 285)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 14 through 34)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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