PDB-4cru: Complex of human CNOT9 and CNOT1 including one tryptophan

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cru

タイトル

Complex of human CNOT9 and CNOT1 including one tryptophan

要素

CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1
CELL DIFFERENTIATION PROTEIN RCD1 HOMOLOG

キーワード

GENE REGULATION / TNRC6 BINDING / MIRISC / MRNA SILENCING / MRNA DEADENYLATION / ARGONAUTE / TRANSCRIPTION

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding / CCR4-NOT complex / regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / sex differentiation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Chen, Y. / Boland, A. / Izaurralde, E. / Weichenrieder, O.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: A Ddx6-Cnot1 Complex and W-Binding Pockets in Cnot9 Reveal Direct Links between Mirna Target Recognition and Silencing
著者: Chen, Y. / Boland, A. / Kuzuoglu-Ozturk, D. / Bawankar, P. / Loh, B. / Chang, C.T. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.

履歴

登録	2014年3月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月28日	Group: Atomic model
改定 1.2	2014年6月18日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cru.cif.gz	318 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cru.ent.gz	264 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cru.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4cru_validation.pdf.gz	437 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cru_full_validation.pdf.gz	438 KB	表示
XML形式データ	4cru_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	4cru_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/4cru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/4cru	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4crvC 4crwC 2fv2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ct7-d 4ct6-d 5ona-1 4crv-d 5ugf-2 1u5v-1 1a9t-1 2qv2-d 6x3j-2 1z6k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1

B: CELL DIFFERENTIATION PROTEIN RCD1 HOMOLOG

ヘテロ分子

60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.800, 67.240, 72.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.64, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2011- HOH

#1: タンパク質	CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1 / CNOT1 / CCR4-ASSOCIATED FACTOR 1 / NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1 HOMOLOG / NOT1H / HNOT1 分子量: 29174.605 Da / 分子数: 1 / 断片: CNOT1 CN9BD DOMAIN, DUF3819, RESIDUES 1356-1607 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETMCN(PNYC) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: A5YKK6
#2: タンパク質	CELL DIFFERENTIATION PROTEIN RCD1 HOMOLOG / CNOT9 / CAF40 HOMOLOGG / RCD-1 / CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 9 / RCD-1 分子量: 31072.189 Da / 分子数: 1 / 断片: CNOT9 ARM DOMAIN, RESIDUES 19-285 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETMCN(PNEA) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q92600
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SIX N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG OF CHAIN A. THE SIX N-TERMINAL RESIDUES ...THE SIX N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG OF CHAIN A. THE SIX N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG OF CHAIN B.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 / 詳細: 0.1M MES (PH=6.0), 8% PEG6000, 0.08M MG-CHLORIDE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月20日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→76.3 Å / Num. obs: 87658 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 26.7 Å² / R_sym value: 0.02 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.64 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FV2 CHAIN A

2fv2

解像度: 1.65→76.307 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.17 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS WERE REFINED IN THE RIDING POSITIONS. TLS PARAMETERS WERE REFINED. SIDE CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES HAVE DOUBLE CONFORMATIONS. CHAIN A, RESIDUES 1360, 1497, 1532, 1539, 1552, ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1788	4388	5 %
R_work	0.1596	-	-
obs	0.1606	87644	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→76.307 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4054	0	12	474	4540

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4200
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.266	5699
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.361	1610
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	660
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	732

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6688	0.3089	146	0.2731	2708	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6688-1.6884	0.2878	143	0.2626	2745	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6884-1.709	0.3144	146	0.2488	2750	X-RAY DIFFRACTION	99
1.709-1.7306	0.2607	143	0.2292	2789	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7306-1.7534	0.2736	149	0.2205	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7534-1.7774	0.2231	143	0.218	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7774-1.8028	0.2118	147	0.204	2785	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8028-1.8297	0.2305	146	0.1988	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8297-1.8583	0.202	146	0.1947	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8583-1.8888	0.2069	142	0.1911	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8888-1.9214	0.202	148	0.1873	2778	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9214-1.9563	0.2183	146	0.1813	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9563-1.9939	0.2074	145	0.1752	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9939-2.0346	0.1819	146	0.167	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0346-2.0789	0.1854	147	0.1615	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0789-2.1272	0.1977	147	0.1593	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1272-2.1804	0.1645	147	0.159	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1804-2.2394	0.197	145	0.1528	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2394-2.3053	0.1705	146	0.1529	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3053-2.3797	0.1613	145	0.1456	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3797-2.4648	0.1654	147	0.1415	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4648-2.5634	0.1782	147	0.1442	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5634-2.6801	0.1489	148	0.1468	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6801-2.8214	0.1675	147	0.1509	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8214-2.9982	0.1779	147	0.1563	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9982-3.2297	0.1747	146	0.1613	2775	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2297-3.5547	0.2122	147	0.1556	2793	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5547-4.0691	0.1635	147	0.1528	2782	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0691-5.1264	0.1373	148	0.1373	2815	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1264-76.389	0.1761	151	0.1629	2869	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6307	-0.0692	-0.2442	0.8122	-0.1979	0.4007	0.0657	0.3369	-0.4558	-0.1155	-0.0355	-0.284	0.1802	0.1518	0	0.4685	0.0495	-0.0989	0.3567	-0.0423	0.4725	45.6746	-11.8078	35.3131
2	1.4358	-0.1731	1.0625	1.0909	0.0257	1.084	0.0411	0.0262	0.1791	0.0803	-0.0184	-0.267	0.0668	0.1796	0.0035	0.2267	0.0195	-0.0312	0.2289	0.0005	0.2673	34.2356	0.9758	35.4551
3	1.2592	0.4561	1.376	1.8601	0.0731	1.5451	0.0844	0.5085	-0.2109	-0.0658	-0.0886	-0.4565	0.1679	0.3497	0.001	0.2547	0.0555	-0.051	0.296	0.0149	0.3199	45.4647	-2.6698	32.3027
4	0.1018	0.0279	0.0323	0.1362	-0.0887	0.1026	0.1354	-0.8781	0.6857	0.3259	0.0674	-0.0531	-0.2182	-0.1978	-0.0005	0.2853	-0.0291	0.0212	0.5943	-0.0776	0.4051	4.3517	8.0689	46.9966
5	0.0166	0.0244	0.0166	0.0403	0.0393	0.0276	0.0932	0.2911	0.1951	-0.0812	-0.1053	0.228	-0.1017	-0.3352	0.0004	0.1669	0.0272	0.0239	0.3786	0.0452	0.2855	-2.6348	7.3738	29.3582
6	0.5183	0.2822	0.0972	0.267	-0.0981	0.4858	-0.0167	-0.0823	-0.9013	0.2589	0.0957	0.3302	0.3248	-0.2039	-0.019	0.3222	-0.0762	0.009	0.2952	0.0161	0.3814	12.2471	-8.3722	33.4255
7	0.0408	0.0089	-0.0024	0.0121	-0.008	0.0069	0.0951	-0.0366	0.0558	0.0726	0.2044	-0.1617	-0.0937	0.1601	-0.0002	0.9196	-0.1504	-0.0425	0.7092	0.275	1.3247	41.7998	31.8685	14.715
8	1.6679	-0.0636	-0.2715	1.7995	-0.0313	1.4465	-0.0214	0.2173	-0.1281	-0.1596	0.0067	0.1376	0.2061	-0.1264	-0.0017	0.214	-0.0227	-0.0215	0.1949	-0.034	0.1717	17.3735	-1.982	18.6209
9	2.1771	0.9101	-1.0806	2.7121	-1.1104	2.768	-0.0104	0.2152	0.1467	-0.0546	0.0495	0.0359	-0.1035	0.0241	0	0.3046	-0.0236	0.0176	0.272	0.0322	0.2555	30.2697	20.0055	4.6239

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 1351 THROUGH 1386 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 1387 THROUGH 1476 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 1477 THROUGH 1522 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 1523 THROUGH 1542 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 1543 THROUGH 1552 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 1553 THROUGH 1588 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 1601 THROUGH 1604 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 16 THROUGH 147 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 148 THROUGH 285 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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