+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4crw | ||||||
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Title | Complex of human DDX6 (RECA-C) and CNOT1 (MIF4G) | ||||||
Components |
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Keywords | GENE REGULATION / CCR4-NOT / TRANSLATIONAL REPRESSION / MRNA DECAPPING / DEAD-BOX PROTEIN / P54 / RCK / HELICASE / MRNA SILENCING / MRNA DEADENYLATION / EIF4A / TRANSLATION / MIRNA / P-BODIES | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding / CCR4-NOT complex / regulation of stem cell population maintenance / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway ...positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding / CCR4-NOT complex / regulation of stem cell population maintenance / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / trophectodermal cell differentiation / viral RNA genome packaging / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / Deadenylation of mRNA / P-body assembly / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / nuclear retinoic acid receptor binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / RISC complex / peroxisomal membrane / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / stem cell population maintenance / negative regulation of neuron differentiation / stress granule assembly / helicase activity / nuclear estrogen receptor binding / P-body / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / negative regulation of translation / RNA helicase activity / molecular adaptor activity / RNA helicase / cadherin binding / protein domain specific binding / mRNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / extracellular space / RNA binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Chen, Y. / Boland, A. / Izaurralde, E. / Weichenrieder, O. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2014 Title: A Ddx6-Cnot1 Complex and W-Binding Pockets in Cnot9 Reveal Direct Links between Mirna Target Recognition and Silencing Authors: Chen, Y. / Boland, A. / Kuzuoglu-Ozturk, D. / Bawankar, P. / Loh, B. / Chang, C.T. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E. | ||||||
History |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4crw.cif.gz | 247 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4crw.ent.gz | 202.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4crw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/4crw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/4crw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4cruC 4crvC 2waxS 4gmlS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26783.146 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: CNOT1 MIF4G DOMAIN, RESIDUES 1093-1317 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Plasmid: PETMCN (PNEA) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): ROSETTA2 / References: UniProt: A5YKK6 | ||||
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#2: Protein | Mass: 21126.096 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: DDX6 RECA-C DOMAIN, RESIDUES 307-483 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Plasmid: PRSFDUET-1 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): ROSETTA2 References: UniProt: P26196, Hydrolases; Acting on acid anhydrides; In phosphorus-containing anhydrides | ||||
#3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE SIX N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG OF CHAIN A. THE FIVE N-TERMINAL RESIDUES ...THE SIX N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.9 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 8 / Details: 0.1M TRIS-CL PH=8, 16% PEG6000,, pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 27, 2013 / Details: DYNAMICALLY BENDABLE MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→65.9 Å / Num. obs: 39120 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 17.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.8 Å / Redundancy: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.79 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRIES 2WAX (CHAIN A), 4GML (CHAIN A) Resolution: 1.75→47.885 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.21 / Stereochemistry target values: ML Details: HYDROGENS WERE REFINED IN THE RIDING POSITIONS. TLS PARAMETERS WERE REFINED. SIDE CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES HAVE DOUBLE CONFORMATIONS. CHAIN A, RESIDUES 1127, 1140. CHAIN B, RESIDUES ...Details: HYDROGENS WERE REFINED IN THE RIDING POSITIONS. TLS PARAMETERS WERE REFINED. SIDE CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES HAVE DOUBLE CONFORMATIONS. CHAIN A, RESIDUES 1127, 1140. CHAIN B, RESIDUES 374. THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED. CHAIN A, RESIDUES 1087 TO 1091. CHAIN B, RESIDUES 291 TO 295, 454 TO 472.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→47.885 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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