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- PDB-3khp: Crystal structure of a possible dehydrogenase from Mycobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3khp
タイトルCrystal structure of a possible dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis at 2.3A resolution
要素MaoC family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / mycobacterium tuberculosis / dehydrogenase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / cell wall / 酸化還元酵素 / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / lyase activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / 3-hydroxyacyl-thioester dehydratase Y / 3-hydroxyacyl-thioester dehydratase HtdY
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2009年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MaoC family protein
B: MaoC family protein
C: MaoC family protein
D: MaoC family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,86112
ポリマ－130,4634
非ポリマー3988
水10,016556
1
A: MaoC family protein
C: MaoC family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3385
ポリマ－65,2312
非ポリマー1063
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area23280 Å2
手法PISA
2
B: MaoC family protein
D: MaoC family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5237
ポリマ－65,2312
非ポリマー2925
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area23470 Å2
手法PISA
3
B: MaoC family protein
D: MaoC family protein
ヘテロ分子

A: MaoC family protein
C: MaoC family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,86112
ポリマ－130,4634
非ポリマー3988
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x+1/2,-y+1,z+1/21
Buried area9080 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area44760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.290, 135.170, 162.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A8 - 68
2115B8 - 68
3115C8 - 68
4115D8 - 68
1215A78 - 105
2215B78 - 105
3215C78 - 105
4215D78 - 105
1315A118 - 124
2315B118 - 124
3315C118 - 124
4315D118 - 124
1415A130 - 140
2415B130 - 140
3415C130 - 140
4415D130 - 140
1515A153 - 195
2515B153 - 195
3515C153 - 195
4515D153 - 195
1614A207 - 290
2614B207 - 290
3614C207 - 290
4614D207 - 290

-
要素

#1: タンパク質
MaoC family protein / possible dehydrogenase / Putative uncharacterized protein / MYTUD.00504.A


分子量: 32615.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37RV / 遺伝子: MT3496, Rv3389c / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q11198, UniProt: I6YBZ8*PLUS, 酸化還元酵素
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Wizard screen condition g12, 1M Na/K tartrate, 100mM MES pH 6.0, MYTUD.00504.A AT 56MG/ml, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 63818 / Num. obs: 62471 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 35.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 18.74
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 4627 / % possible all: 80.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0104精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1s9c modified with ccp4 program chainsaw

1s9c


解像度: 2.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 6.079 / SU ML: 0.151 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 3166 5.1 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.209 63818 --
obs0.209 62387 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.52 Å20 Å2
3----1.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8064 0 17 556 8637
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0228326
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.96811376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.906313446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.41551106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.76722.783327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.197151196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9441570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8191.55481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2641.52254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49628765
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.05632845
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2444.52602
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1840medium positional0.340.5
B1840medium positional0.330.5
C1840medium positional0.340.5
D1840medium positional0.320.5
A919loose positional0.545
B919loose positional0.655
C919loose positional0.495
D919loose positional0.495
A1840medium thermal1.072
B1840medium thermal1.662
C1840medium thermal0.992
D1840medium thermal1.832
A919loose thermal1.1310
B919loose thermal1.4410
C919loose thermal0.9510
D919loose thermal1.5910
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 196 -
Rwork0.26 3525 -
obs--80.37 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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