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- PDB-5zl6: Histidine Racemase from Leuconostoc mesenteroides subsp. sake NBR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zl6
タイトルHistidine Racemase from Leuconostoc mesenteroides subsp. sake NBRC 102480
要素Histidine racemase
キーワードISOMERASE / Histidine / Racemase / Dimer / PLP
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel ...Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Alanine racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Leuconostoc mesenteroides subsp. sake (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Adachi, M. / Shimizu, R. / Oikawa, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP16KT0063 日本
引用ジャーナル: Amino Acids / 年: 2019
タイトル: The first identification and characterization of a histidine-specific amino acid racemase, histidine racemase from a lactic acid bacterium, Leuconostoc mesenteroides subsp. sake NBRC 102480.
著者: Adachi, M. / Shimizu, R. / Kato, S. / Oikawa, T.
履歴
登録2018年3月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine racemase
B: Histidine racemase
C: Histidine racemase
D: Histidine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,42010
ポリマ－165,9374
非ポリマー1,4836
水39,4712191
1
A: Histidine racemase
B: Histidine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7105
ポリマ－82,9692
非ポリマー7413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area26380 Å2
手法PISA
2
C: Histidine racemase
D: Histidine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7105
ポリマ－82,9692
非ポリマー7413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area26740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.048, 142.468, 78.701
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Histidine racemase


分子量: 41484.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leuconostoc mesenteroides subsp. sake (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03Z32*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% (w/v) polyethylene glycol 4000, 5% (w/v) glycerol, 200 mM magnesium chloride and a 100 mM Tris-HCl buffer (pH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→33.6 Å / Num. obs: 84173 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 8174 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CO8

3co8


解像度: 2.1→33.6 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 23.73
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 4207 5 %Random selecttion
Rwork0.174 ---
obs0.177 84128 97.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11324 0 90 2192 13606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03315860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8064220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041840
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052044
LS精密化 シェル解像度: 2.1008→2.1246 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3409 122 5 %
Rwork0.2444 --
obs-2320 84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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