PDB-2ydf: HUMAN SERUM ALBUMIN COMPLEXED WITH IOPHENOXIC ACID

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ydf

タイトル

HUMAN SERUM ALBUMIN COMPLEXED WITH IOPHENOXIC ACID

要素

SERUM ALBUMIN

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Ryan, A.J. / Curry, S.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystallographic Analysis Reveals the Structural Basis of the High-Affinity Binding of Iophenoxic Acid to Human Serum Albumin.
著者: Ryan, A.J. / Chung, C.W. / Curry, S.

履歴

登録	2011年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ydf.cif.gz	398.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ydf.ent.gz	326 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ydf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/2ydf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/2ydf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bxaS 1ao6 1bj5 1bke 1bm0 1e78 1e7a 1e7b 1e7c 1e7e 1e7f 1e7g 1e7h 1e7i 1gni 1gnj 1h9z 1ha2 1hk1 1hk2 1hk3 1hk4 1hk5 1n5u 1o9x 1tf0 1uor 1ysx 2bx8 2bxb 2bxc 2bxd 2bxe 2bxf 2bxg 2bxh 2bxi 2bxk 2bxl 2bxm 2bxn 2bxo 2bxp 2bxq 2esg 2vdb 2vue 2vuf 2xsi 2xvq 2xvu 2xvv 2xvw 2xw0 2xw1 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hoz-d 4zbq-d 2xvq-2 5id9-d 5dby-d 2bxd-1 3lu8-2 6u5a-d 2bxe-2 5okl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (15)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
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胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
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S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SERUM ALBUMIN

B: SERUM ALBUMIN

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
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1

A: SERUM ALBUMIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
68.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: SERUM ALBUMIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
68.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.072, 55.440, 119.845
Angle α, β, γ (deg.)	81.00, 90.83, 64.52
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	SERUM ALBUMIN 分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: BLOOD SERUM / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物	ChemComp-IO3 / IOPHENOXIC ACID 分子量: 571.917 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₁I₃O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: SEE PAPER, pH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→59 Å / Num. obs: 31655 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 65.63 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BXA

2bxa

解像度: 2.75→35.124 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2393	1468	4.7 %
R_work	0.2066	-	-
obs	0.2081	30955	94.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.648 Å² / k_sol: 0.311 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	43.0395 Å²	-7.2816 Å²	5.4319 Å²
2-	-	45.6746 Å²	-3.1258 Å²
3-	-	-	32.5483 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→35.124 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8283	0	136	23	8442

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8611
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.599	11699
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.109	2992
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1365
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1529

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.8482	0.3467	131	0.288	2868	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8482-2.9622	0.2847	142	0.2735	2905	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9622-3.097	0.3294	147	0.2752	2778	X-RAY DIFFRACTION	89
3.097-3.2601	0.278	141	0.2419	2929	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2601-3.4642	0.2624	162	0.2155	2985	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4642-3.7314	0.253	149	0.2103	2962	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7314-4.1064	0.2311	154	0.1916	2968	X-RAY DIFFRACTION	96
4.1064-4.6994	0.2008	148	0.1732	3028	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6994-5.9162	0.2255	151	0.1952	3036	X-RAY DIFFRACTION	97
5.9162-35.1271	0.2175	143	0.1984	3028	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.312	-0.1832	-0.0609	0.4445	0.5038	0.6639	-0.0475	-0.07	-0.0758	0.1484	-0.0145	0.071	0.1892	-0.0548	-0.3004	0.1228	0.0025	0.1238	0.1125	-0.0101	-0.0768	-14.2389	-2.4416	22.6418
2	0.6402	0.0855	-1.0455	0.7718	-0.3714	1.7788	-0.0051	-0.0015	-0.1324	0.2958	-0.1752	0.292	0.1706	-0.3718	0.0919	0.4003	-0.1002	0.1207	0.4155	-0.0875	0.3607	-22.6451	-2.7874	10.8986
3	0.4288	-0.3342	-0.2644	0.7665	-0.3149	0.6997	-0.0119	0.0574	0.09	-0.0895	-0.0863	0.0781	-0.3226	-0.1044	-0.0259	0.3006	0.0845	-0.03	0.123	-0.0194	0.0858	-6.081	14.7395	5.8498
4	0.222	0.0601	-0.0873	0.0712	0.015	0.3032	0.0454	-0.1044	0.1123	0.0507	-0.0326	-0.0356	-0.0878	0.0506	-1.0745	0.0564	-0.1186	0.0969	0.0557	-0.2968	-0.1389	2.3324	8.4535	14.4373
5	0.0119	0.0029	-0.001	0.0021	0.001	0.0025	0.0121	-0.0022	-0.017	0.0202	0.0082	-0.0161	0.0144	-0.0005	0.0246	-0.0255	-0.0633	-0.044	-0.0486	0.0371	-0.044	2.4004	-17.7916	1.7521
6	0.0183	-0.0209	-0.0043	0.1861	0.1221	0.0837	0.0495	-0.02	-0.05	0.1565	0.0355	-0.0861	0.1037	0.0131	0.9643	0.1166	-0.0314	-0.133	0.0188	-0.0497	-0.0073	6.9495	-17.7136	6.845
7	0.0086	-0.0026	0.0002	0.0014	-0.0005	0.0009	-0.0064	0.0107	-0.0142	-0.0008	-0.0088	0.006	0.013	0.002	-0.032	-0.066	-0.0844	-0.0809	-0.1108	-0.1151	-0.0245	6.1481	-23.012	-11.1546
8	0.0144	-0.0118	0.0152	0.0037	-0.0084	0.0092	-0.0695	0.0228	-0.0126	0.0047	-0.0062	-0.0578	-0.0267	-0.0192	-1.0548	-0.2102	-0.1972	-0.1948	-0.2478	-0.1332	-0.2437	4.7574	-1.0999	-14.9061
9	0.5183	0.0034	0.5935	-0.0011	0.0048	0.6752	-0.4106	-0.3852	0.3544	-0.42	0.0334	0.1753	-0.7676	-0.4347	0.5582	0.458	0.165	-0.1938	0.3149	-0.1467	0.3284	-2.4559	25.7656	-12.1814
10	1.6043	0.2095	1.3342	0.6514	0.651	2.1712	-0.1683	-0.0685	0.2299	-0.0666	-0.0667	0.0936	-0.218	-0.0885	0.1395	0.025	-0.0043	-0.0551	-0.0483	-0.0569	0.0386	0.5157	19.7144	-14.8472
11	3.3701	-0.0141	0.635	0.8888	-0.6498	2.4831	-0.1914	0.034	0.5209	0.2902	-0.1028	-0.221	-0.3376	0.1115	0.2663	0.2279	-0.1336	-0.152	0.1891	0.1328	0.2124	6.6796	25.6627	-19.6817
12	0.5921	-0.1895	0.3491	0.0673	-0.0986	0.23	-0.112	-0.2103	0.0072	0.0496	0.0552	0.0342	-0.0714	-0.1027	0.0434	1.5511	-0.1732	-0.2071	2.5442	0.8903	2.1544	0.2704	36.2063	-17.1574
13	0.4493	0.0147	-0.6804	0.2759	0.0543	1.0517	0.0109	0.1751	-0.0048	-0.0416	-0.0126	0.0741	-0.0423	-0.2636	-0.2277	0.0499	-0.0092	0.0326	0.1243	-0.0443	-0.029	44.1474	18.273	39.2884
14	0.2403	-0.0247	0.085	0.0024	-0.0015	0.4494	-0.064	0.4661	-0.2318	-0.0932	0.0284	0.0435	0.0521	-0.1858	0.0494	0.2234	-0.1095	0.0731	0.6291	-0.272	0.3264	44.7196	12.1891	34.3697
15	2.7874	-0.0133	1.4886	2.3529	0.3343	0.8445	0.2406	0.0446	-0.3022	-0.7178	0.3256	0.2472	0.216	-0.685	-0.5314	1.0835	-0.3981	-0.1208	1.2739	-0.0043	0.4113	34.9258	16.7769	25.984
16	0.5737	0.2026	0.1725	0.1965	0.183	0.1917	-0.2044	0.3726	-0.1069	-0.1317	0.0876	0.037	0.1181	-0.1794	-0.16	0.1712	-0.1353	0.0862	0.3269	-0.1139	0.1098	47.0428	13.6658	44.0011
17	0.0261	-0.0859	-0.0635	0.295	0.2861	0.6145	0.0237	0.0125	0.0681	-0.0974	0.0691	-0.1697	-0.1361	0.2138	-0.1963	0.0033	-0.0808	0.2497	0.1066	-0.1731	-0.0661	58.2507	27.2095	45.9083
18	0.6527	-0.0743	-0.2829	0.1352	0.1022	0.3763	0.0513	0.261	0.1475	-0.1026	-0.025	-0.0031	-0.0743	-0.0962	0.998	-0.0843	-0.0492	0.1337	0.0858	0.1052	-0.167	38.2426	36.8514	50.6056
19	0.7507	-0.0696	-0.5628	0.0225	0.041	0.4385	0.0036	0.051	0.0171	-0.0621	-0.005	-0.0583	0.0007	-0.0171	-0.3243	0.1452	-0.0276	0.1201	0.1332	0.0286	0.1794	30.802	49.3003	64.7875
20	0.0032	-0.0115	0.0017	-0.0027	-0.0202	-0.003	0.0356	0.0046	0.1014	0.0338	-0.0274	0.0273	0.0093	-0.0243	1.9531	-0.2982	-0.0752	0.2771	-0.1663	0.088	-0.2084	46.2926	35.0758	73.1215
21	0.4116	0.1208	0.2719	0.0813	0.1562	0.3055	0.1026	0.1041	-0.1035	-0.2636	-0.0688	-0.2388	-0.0029	0.2678	0.1078	0.496	0.1775	0.2649	0.4749	0.062	0.5773	71.9382	13.2771	72.6284
22	2.9249	-0.2705	-2.3006	0.6107	0.4453	2.2712	-0.0884	-0.127	-0.1595	-0.0096	-0.0525	-0.0266	0.134	0.1391	0.0808	0.0073	0.0533	0.0347	0.041	0.0253	0.0385	66.8708	19.7684	74.6396
23	0.9339	-0.7289	-0.8576	4.5002	0.6376	3.4925	0.2872	-0.1841	-0.0073	0.0138	-0.6393	-1.2998	-0.0649	0.5905	0.2025	0.3586	-0.1849	-0.0782	0.8076	0.3399	0.6359	75.7841	22.8288	79.3041
24	0.7778	0.5692	0.5948	1.6892	0.2648	0.4777	-0.0542	-0.837	-0.0028	0.3107	-0.2409	-1.0115	0.0426	-0.3594	0.2877	1.2888	-0.2126	-0.3364	2.4471	1.0003	2.2679	82.8745	12.7386	76.0171

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 5:63)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 64:106)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 107:119)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 120:201)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 202:240)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 241:321)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 322:364)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 365:497)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 498:519)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 520:536)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 537:560)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 561:582)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 5:38)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 39:50)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 51:56)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 57:133)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN B AND RESID 134:196)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN B AND RESID 197:289)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN B AND RESID 290:324)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN B AND RESID 325:497)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN B AND RESID 498:518)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN B AND RESID 519:537)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN B AND RESID 538:559)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN B AND RESID 560:582)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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