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- PDB-2x7l: Implications of the HIV-1 Rev dimer structure at 3.2A resolution ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x7l
タイトルImplications of the HIV-1 Rev dimer structure at 3.2A resolution for multimeric binding to the Rev response element
要素
  • FAB HEAVY CHAIN
  • FAB LIGHT CHAIN
  • PROTEIN REV
キーワードIMMUNE SYSTEM / NUCLEAR EXPORT / POST-TRANSCRIPTIONAL REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleolus / mRNA transport / viral process / protein export from nucleus / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #630 / Anti-repression trans-activator protein, REV protein / REV protein (anti-repression trans-activator protein) / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種synthetic construct (人工物)
HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者DiMattia, M.A. / Watts, N.R. / Stahl, S.J. / Rader, C. / Wingfield, P.T. / Stuart, D.I. / Steven, A.C. / Grimes, J.M.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Implications of the HIV-1 Rev Dimer Structure at 3. 2 A Resolution for Multimeric Binding to the Rev Response Element.
著者: Dimattia, M.A. / Watts, N.R. / Stahl, S.J. / Rader, C. / Wingfield, P.T. / Stuart, D.I. / Steven, A.C. / Grimes, J.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Generation and Characterization of a Chimeric Rabbit/Human Fab for Co-Crystallization of HIV-1 Rev.
著者: Stahl, S.J. / Watts, N.R. / Rader, C. / Dimattia, M.A. / Mage, R.G. / Palmer, I. / Kaufman, J.D. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Steven, A.C. / Wingfield, P.T.
履歴
登録2010年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FAB HEAVY CHAIN
B: FAB LIGHT CHAIN
C: FAB HEAVY CHAIN
D: FAB LIGHT CHAIN
E: FAB HEAVY CHAIN
F: FAB LIGHT CHAIN
G: FAB HEAVY CHAIN
H: FAB HEAVY CHAIN
I: FAB LIGHT CHAIN
J: FAB HEAVY CHAIN
K: FAB LIGHT CHAIN
L: FAB LIGHT CHAIN
M: PROTEIN REV
N: PROTEIN REV
O: PROTEIN REV
P: PROTEIN REV
Q: PROTEIN REV
R: PROTEIN REV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,00318
ポリマ－365,00318
非ポリマー00
水00
1
E: FAB HEAVY CHAIN
F: FAB LIGHT CHAIN
R: PROTEIN REV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8343
ポリマ－60,8343
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-47.8 kcal/mol
Surface area27060 Å2
手法PQS
2
C: FAB HEAVY CHAIN
D: FAB LIGHT CHAIN
P: PROTEIN REV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8343
ポリマ－60,8343
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-47.3 kcal/mol
Surface area27030 Å2
手法PQS
3
G: FAB HEAVY CHAIN
I: FAB LIGHT CHAIN
M: PROTEIN REV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8343
ポリマ－60,8343
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-47.8 kcal/mol
Surface area26970 Å2
手法PQS
4
J: FAB HEAVY CHAIN
K: FAB LIGHT CHAIN
Q: PROTEIN REV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8343
ポリマ－60,8343
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-47.4 kcal/mol
Surface area27020 Å2
手法PQS
5
H: FAB HEAVY CHAIN
L: FAB LIGHT CHAIN
N: PROTEIN REV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8343
ポリマ－60,8343
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-47.7 kcal/mol
Surface area27030 Å2
手法PQS
6
A: FAB HEAVY CHAIN
B: FAB LIGHT CHAIN
O: PROTEIN REV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8343
ポリマ－60,8343
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-48.4 kcal/mol
Surface area27080 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)87.678, 87.692, 176.334
Angle α, β, γ (deg.)94.86, 95.50, 104.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体
FAB HEAVY CHAIN


分子量: 24492.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODONPLUSRIL
#2: 抗体
FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23416.980 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODONPLUSRIL
#3: タンパク質
PROTEIN REV / ART/TRS / ANTI-REPRESSION TRANSACTIVATOR / REGULATOR OF EXPRESSION OF VIRAL PROTEINS


分子量: 12924.489 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODONPLUSRIL / 参照: UniProt: P04616
Has protein modificationY
配列の詳細THE C-TERMINAL DOMAIN OF REV IS DISORDERED IN THE CRYSTAL STRUCTURE. N-TERMINAL MET HAS BEEN ...THE C-TERMINAL DOMAIN OF REV IS DISORDERED IN THE CRYSTAL STRUCTURE. N-TERMINAL MET HAS BEEN CLEAVED OFF IN E. COLI AUTHOR PROVIDED GENBANK ACCESSION NUMBERS: CHAINS A,C,E,G,H,J GU223202 CHAINS B,D,F,I,K,L GU223201 CHAINS M,N,O,P,Q,R AAL29461

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.83 % / 解説: 18 DIFFERENT MODELS USED IN PHASER AS AN ENSEMBLE
結晶化pH: 8.5
詳細: 12% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 6000, 100 MM DI-AMMONIUM PHOSPHATE (DAP), AND 100 MM TRIS/HCL (PH 8.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→48.8 Å / Num. obs: 83664 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 77.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1JPS, 2QR0, 2R8S, 3BDY, 1TZH, 1ZA3, 2R0K 2V7N, 3DVG, 1B2W, 1BEY, 1TZI, 2FJF, 2QQN, 1B4J, 2FGW, 2FJH, 3D85

1jps

2qr0

2r8s

3bdy

1tzh

1za3

2r0k

2v7n

3dvg

1b2w

1bey

1tzi

2fjf

2qqn

1b4j

2fgw

2fjh

3d85


解像度: 3.17→48.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 4187 5.01 %RANDOM
Rwork0.2337 ---
obs0.2346 83636 --
原子変位パラメータBiso mean: 143.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.228 Å213.1177 Å2-6.3827 Å2
2---15.9372 Å2-4.1363 Å2
3---34.1652 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.029 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.17→48.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22554 0 0 0 22554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0123112HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3231500HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7632SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes468HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3378HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it23112HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.05
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3102SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact25991SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.17→3.25 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2881 274 4.95 %
Rwork0.2777 5261 -
all0.2782 5535 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.91580.04770.59166.8328-0.49649.63310.0923-1.27610.70960.3069-0.0723-0.8380.22951.0624-0.01990.67430.00050.0076-0.42830.071-0.51732.7648-0.197686.3652
21.15490.43350.08852.58170.90644.8127-0.0971-0.06120.09840.17530.1702-0.05690.19070.0117-0.07310.69310.0438-0.0254-0.68550.011-0.299734.3512-26.191341.5481
314.23824.866-1.462512.17670.7738.424-0.02180.96380.4171-0.35840.0507-1.0680.57221.4061-0.02890.7217-0.1240.0275-0.10620.0999-0.596148.7523-23.82465.7872
40.91880.3054-0.01553.7436-1.15584.5393-0.2384-0.0185-0.06160.16980.41290.14150.3271-0.361-0.17450.67960.03740.0467-0.6821-0.0011-0.354838.9756-42.707945.3623
56.54630.95590.15487.1662-0.63013.56230.0359-0.39930.37540.17450.0911.0642-0.9036-0.7306-0.12690.1182-0.34180.05060.4739-0.0238-0.5659-22.7754-31.107482.4664
62.99922.03890.32054.0363-0.6118.1101-0.09390.39130.2908-0.98980.04780.0449-0.54510.45440.04610.2952-0.22360.1019-0.17690.0752-0.3612-6.9363-26.06347.2141
76.6693-0.4252-0.25456.5831.45938.7290.2440.5656-1.0402-1.14120.00960.05021.01590.2241-0.2536-0.1904-0.3140.02220.44290.0522-0.4364-9.1771-54.373988.32
82.43871.2525-0.19462.79211.37134.451-0.22320.2531-0.3464-1.25140.192-0.3362-0.18531.17610.03120.6162-0.11380.2961-0.2491-0.0058-0.5389-10.2274-41.798240.4657
97.83332.45221.564616.3961-0.92684.3412-0.0691-0.6668-1.31610.7780.27510.62771.08090.5975-0.2060.0442-0.38630.18270.44720.0177-0.579817.9219-64.7313168.9562
102.6170.0690.3440.67890.31183.85260.15090.262-0.09890.0776-0.17780.07860.1708-0.01460.0269-0.4466-0.45050.02550.4807-0.1802-0.301416.4529-49.6849133.1572
113.51750.4651-1.35981.10490.01153.91810.2370.45740.27280.0084-0.09990.022-0.42110.3786-0.1371-0.4649-0.403-0.03750.4783-0.0272-0.324633.5699-49.9481129.3281
121.70060.9929-0.01054.0970.18378.83250.1489-0.823-0.05580.3519-0.27230.38990.9019-0.88370.1234-0.1563-0.47110.06450.21420.0849-0.51325.7662-9.5231127.452
131.1612-0.2836-0.53242.21030.10197.67990.0578-0.0454-0.1226-0.54120.0109-0.27330.0410.0201-0.06870.6550.1282-0.0745-0.6391-0.0015-0.037727.6102-3.412147.9094
141.0253-0.04520.54212.326-0.96743.38450.3336-0.9351-0.10490.1532-0.3452-0.30481.14750.02710.0116-0.056-0.413-0.0680.39170.1523-0.557320.125-2.3292134.217
152.7913-0.10940.42211.4138-0.79296.24420.0978-0.4454-0.15190.04560.0617-0.1846-0.0520.1863-0.1595-0.5834-0.18050.00870.424-0.1759-0.0539-7.3501-48.7364126.7643
162.8194-0.2679-0.96620.3792-0.20917.02590.102-0.68440.11840.10930.0764-0.0998-0.4447-0.0552-0.1784-0.6004-0.1612-0.02250.6317-0.1309-0.1904-24.4142-49.928130.5796
171.0308-0.9758-0.12693.0835-0.53936.04420.14120.0951-0.058-0.59540.04950.0828-0.4143-0.5462-0.19060.63910.1562-0.062-0.618-0.0191-0.168524.51913.400544.119
186.8838-0.68380.23868.2266-0.39173.43970.26290.2120.7679-0.5329-0.08950.5459-0.3599-1.1952-0.17350.6226-0.1685-0.01320.01390.0003-0.57716.72457.155192.1848
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN N)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN O)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN P)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN C)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN Q)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN D)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN R)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN E)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN F)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN G)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN H)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN I)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN J)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN K)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN L)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN M)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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