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- PDB-1b2w: COMPARISON OF THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF A HUMANIZED AND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b2w
タイトルCOMPARISON OF THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF A HUMANIZED AND A CHIMERIC FAB OF AN ANTI-GAMMA-INTERFERON ANTIBODY
要素
  • PROTEIN (ANTIBODY (HEAVY CHAIN))
  • PROTEIN (ANTIBODY (LIGHT CHAIN))
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY ENGINEERING / HUMANIZED AND CHIMERIC ANTIBODY / FAB / THREE-DIMENSIONAL STRYCTURE / GAMMA-INTERFERON
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fan, Z. / Shan, L. / Goldsteen, B.Z. / Guddat, L.W. / Thakur, A. / Landolfi, N.F. / Co, M.S. / Vasquez, M. / Queen, C. / Ramsland, P.A. / Edmundson, A.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Recog. / 年: 1999
タイトル: Comparison of the three-dimensional structures of a humanized and a chimeric Fab of an anti-gamma-interferon antibody.
著者: Fan, Z.C. / Shan, L. / Goldsteen, B.Z. / Guddat, L.W. / Thakur, A. / Landolfi, N.F. / Co, M.S. / Vasquez, M. / Queen, C. / Ramsland, P.A. / Edmundson, A.B.
履歴
登録1998年12月1日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年2月5日Group: Source and taxonomy
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: PROTEIN (ANTIBODY (LIGHT CHAIN))
H: PROTEIN (ANTIBODY (HEAVY CHAIN))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2322
ポリマ－47,2322
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.100, 74.600, 104.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 PROTEIN (ANTIBODY (LIGHT CHAIN)) / IMMUNOGLOBULIN


分子量: 23430.879 Da / 分子数: 1 / 断片: V DOMAIN AND C DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens
#2: 抗体 PROTEIN (ANTIBODY (HEAVY CHAIN)) / IMMUNOGLOBULIN


分子量: 23800.799 Da / 分子数: 1 / 断片: V DOMAIN AND C DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 6.2
詳細: 6.6% PEG 8000(W/V), IN 0.05 M NACL AND 0.05% SODIUM AZIDE., pH 6.2
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
16.6% PEG 8000(W/V)12
20.05 M NACL12
30.05% SODIUM AZIDE12
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 18-20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
135-45 mg/mlprotein1drop
26.6 %(w/v)PEG80001reservoir
30.05 M1reservoirNaCl
40.05 %sodium azide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 286 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年7月1日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→20 Å / Num. obs: 11491 / % possible obs: 81.7 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 38.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.79→2.96 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 0.28
反射
*PLUS
% possible obs: 67.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-GENデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.8精密化
X-GENデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DFB

1dfb


解像度: 2.9→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33 897 10 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs-9440 67.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3325 0 0 0 3325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.36
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.052 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 51 3.6 %
Rwork0.26 372 -
obs--29.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PCA.PARPCA.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.188 / Rfactor Rfree: 0.331
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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