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- PDB-2qr0: Structure of VEGF complexed to a Fab containing TYR and SER in th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qr0
タイトルStructure of VEGF complexed to a Fab containing TYR and SER in the CDRs
要素
  • Fab-Fragment Heavy Chain
  • Fab-Fragment Light Chain
  • Vascular endothelial growth factor A
キーワードIMMUNE SYSTEM / VEGF / Antibody Recognition / Specificity / Phage Display
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / lymph vessel morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / coronary vein morphogenesis / lung vasculature development / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / endothelial cell chemotaxis / positive regulation of trophoblast cell migration / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / positive regulation of epithelial tube formation / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / motor neuron migration / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of protein localization to early endosome / eye photoreceptor cell development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / vascular wound healing / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / neuropilin binding / coronary artery morphogenesis / induction of positive chemotaxis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / tube formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of blood vessel branching / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / endothelial cell proliferation / extracellular matrix binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / epithelial cell maturation / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of positive chemotaxis / cardiac muscle cell development / sprouting angiogenesis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / artery morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of DNA biosynthetic process / retinal ganglion cell axon guidance / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of fat cell differentiation / positive chemotaxis / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / mesoderm development / outflow tract morphogenesis / positive regulation of protein autophosphorylation / monocyte differentiation / macrophage differentiation / fibronectin binding / positive regulation of cell division / positive regulation of receptor internalization / mammary gland alveolus development / neuroblast proliferation / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / heart morphogenesis / cell maturation / ovarian follicle development / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of endothelial cell proliferation / lactation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / epithelial cell differentiation / positive regulation of endothelial cell migration
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wiesmann, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: High-throughput generation of synthetic antibodies from highly functional minimalist phage-displayed libraries
著者: Fellouse, F.A. / Esaki, K. / Birtalan, S. / Raptis, D. / Cancasci, V.J. / Koide, A. / Jhurani, P. / Vasser, M. / Wiesmann, C. / Kossiakoff, A.A. / Koide, S. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2007年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fab-Fragment Light Chain
B: Fab-Fragment Heavy Chain
C: Vascular endothelial growth factor A
D: Vascular endothelial growth factor A
E: Fab-Fragment Light Chain
F: Fab-Fragment Heavy Chain
G: Fab-Fragment Light Chain
H: Fab-Fragment Heavy Chain
I: Vascular endothelial growth factor A
J: Vascular endothelial growth factor A
K: Fab-Fragment Light Chain
L: Fab-Fragment Heavy Chain
M: Fab-Fragment Light Chain
N: Fab-Fragment Heavy Chain
O: Vascular endothelial growth factor A
P: Vascular endothelial growth factor A
Q: Fab-Fragment Light Chain
R: Fab-Fragment Heavy Chain
S: Fab-Fragment Light Chain
T: Fab-Fragment Heavy Chain
U: Vascular endothelial growth factor A
V: Vascular endothelial growth factor A
W: Fab-Fragment Light Chain
X: Fab-Fragment Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,85824
ポリマ－465,85824
非ポリマー00
水00
1
A: Fab-Fragment Light Chain
B: Fab-Fragment Heavy Chain
C: Vascular endothelial growth factor A
D: Vascular endothelial growth factor A
E: Fab-Fragment Light Chain
F: Fab-Fragment Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4646
ポリマ－116,4646
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Fab-Fragment Light Chain
H: Fab-Fragment Heavy Chain
I: Vascular endothelial growth factor A
J: Vascular endothelial growth factor A
K: Fab-Fragment Light Chain
L: Fab-Fragment Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4646
ポリマ－116,4646
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
M: Fab-Fragment Light Chain
N: Fab-Fragment Heavy Chain
O: Vascular endothelial growth factor A
P: Vascular endothelial growth factor A
Q: Fab-Fragment Light Chain
R: Fab-Fragment Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4646
ポリマ－116,4646
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
S: Fab-Fragment Light Chain
T: Fab-Fragment Heavy Chain
U: Vascular endothelial growth factor A
V: Vascular endothelial growth factor A
W: Fab-Fragment Light Chain
X: Fab-Fragment Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4646
ポリマ－116,4646
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.453, 90.218, 205.558
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
31G
41K
51M
61Q
71S
81W
91A
101E
111G
121K
131M
141Q
151S
161W
12B
22F
32H
42L
52N
62R
72T
82X
92B
102F
112H
122L
132N
142R
152T
162X
13C
23D
33I
43J
53O
63P
73U
83V

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPGLNGLNAA1 - 901 - 90
211ASPASPGLNGLNEE1 - 901 - 90
311ASPASPGLNGLNGG1 - 901 - 90
411ASPASPGLNGLNKK1 - 901 - 90
511ASPASPGLNGLNMM1 - 901 - 90
611ASPASPGLNGLNQQ1 - 901 - 90
711ASPASPGLNGLNSS1 - 901 - 90
811ASPASPGLNGLNWW1 - 901 - 90
921ILEILEARGARGAA106 - 211108 - 213
1021ILEILEARGARGEE106 - 211108 - 213
1121ILEILEARGARGGG106 - 211108 - 213
1221ILEILEARGARGKK106 - 211108 - 213
1321ILEILEARGARGMM106 - 211108 - 213
1421ILEILEARGARGQQ106 - 211108 - 213
1521ILEILEARGARGSS106 - 211108 - 213
1621ILEILEARGARGWW106 - 211108 - 213
112GLUGLUSERSERBB1 - 1131 - 118
212GLUGLUSERSERFF1 - 1131 - 118
312GLUGLUSERSERHH1 - 1131 - 118
412GLUGLUSERSERLL1 - 1131 - 118
512GLUGLUSERSERNN1 - 1131 - 118
612GLUGLUSERSERRR1 - 1131 - 118
712GLUGLUSERSERTT1 - 1131 - 118
812GLUGLUSERSERXX1 - 1131 - 118
922ALAALACYSCYSBB114 - 216119 - 221
1022ALAALACYSCYSFF114 - 216119 - 221
1122ALAALACYSCYSHH114 - 216119 - 221
1222ALAALACYSCYSLL114 - 216119 - 221
1322ALAALACYSCYSNN114 - 216119 - 221
1422ALAALACYSCYSRR114 - 216119 - 221
1522ALAALACYSCYSTT114 - 216119 - 221
1622ALAALACYSCYSXX114 - 216119 - 221
113GLUGLULYSLYSCC13 - 1071 - 95
213GLUGLUASPASPDD13 - 1091 - 97
313GLUGLULYSLYSII13 - 1071 - 95
413GLUGLUASPASPJJ13 - 1091 - 97
513GLUGLULYSLYSOO13 - 1071 - 95
613GLUGLUASPASPPP13 - 1091 - 97
713GLUGLULYSLYSUU13 - 1071 - 95
813GLUGLUASPASPVV13 - 1091 - 97

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体
Fab-Fragment Light Chain


分子量: 23497.047 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Fab-Fragment Heavy Chain


分子量: 23362.049 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質
Vascular endothelial growth factor A / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 11373.103 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15692
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.96 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 71940 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.1 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.5-3.632.90.44468730.947193.4
3.63-3.773.10.36969940.967193.6
3.77-3.943.10.27870291.061194.5
3.94-4.153.20.19270541.102194.5
4.15-4.413.20.12670601.196195.3
4.41-4.753.20.09271801.214196.1
4.75-5.233.30.08372941.21197.4
5.23-5.983.40.08373481.14197.8
5.98-7.533.40.06474261.126198.3
7.53-503.60.03776821.001199.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.84 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.821 / SU B: 95.462 / SU ML: 0.675 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.793 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.312 3496 5.1 %RANDOM
Rwork0.291 ---
all0.292 ---
obs0.292 68755 96.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.484 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.8 Å20 Å2-3.56 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----5.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32356 0 0 0 32356
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02233204
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0228664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0371.95545152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.712367260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.49454168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.47824.2181356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.479155340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.20515128
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.24976
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0236912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026608
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.25177
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.227180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.215655
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.219536
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2644
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0050.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3370.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.380.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2770.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9592.526696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1052.58488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.626533936
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6022.514698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.611511216
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2839TIGHT POSITIONAL0.010.05
12E2839TIGHT POSITIONAL0.010.05
13G2839TIGHT POSITIONAL0.010.05
14K2839TIGHT POSITIONAL0.010.05
15M2839TIGHT POSITIONAL0.010.05
16Q2839TIGHT POSITIONAL0.010.05
17S2839TIGHT POSITIONAL0.010.05
18W2839TIGHT POSITIONAL0.010.05
11A2839TIGHT THERMAL0.020.5
12E2839TIGHT THERMAL0.020.5
13G2839TIGHT THERMAL0.030.5
14K2839TIGHT THERMAL0.020.5
15M2839TIGHT THERMAL0.020.5
16Q2839TIGHT THERMAL0.030.5
17S2839TIGHT THERMAL0.030.5
18W2839TIGHT THERMAL0.030.5
21B3047TIGHT POSITIONAL0.010.05
22F3047TIGHT POSITIONAL0.010.05
23H3047TIGHT POSITIONAL0.020.05
24L3047TIGHT POSITIONAL0.010.05
25N3047TIGHT POSITIONAL0.010.05
26R3047TIGHT POSITIONAL0.020.05
27T3047TIGHT POSITIONAL0.010.05
28X3047TIGHT POSITIONAL0.010.05
21B3047TIGHT THERMAL0.020.5
22F3047TIGHT THERMAL0.020.5
23H3047TIGHT THERMAL0.030.5
24L3047TIGHT THERMAL0.020.5
25N3047TIGHT THERMAL0.020.5
26R3047TIGHT THERMAL0.030.5
27T3047TIGHT THERMAL0.030.5
28X3047TIGHT THERMAL0.030.5
31C1457TIGHT POSITIONAL0.010.05
32D1457TIGHT POSITIONAL0.010.05
33I1457TIGHT POSITIONAL0.010.05
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36P1457TIGHT POSITIONAL0.010.05
37U1457TIGHT POSITIONAL0.010.05
38V1457TIGHT POSITIONAL0.010.05
31C1457TIGHT THERMAL0.020.5
32D1457TIGHT THERMAL0.020.5
33I1457TIGHT THERMAL0.020.5
34J1457TIGHT THERMAL0.020.5
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36P1457TIGHT THERMAL0.020.5
37U1457TIGHT THERMAL0.020.5
38V1457TIGHT THERMAL0.020.5
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.57 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 187 -
Rwork0.341 3622 -
all-3809 -
obs--93.47 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -38.4554 Å / Origin y: 60.4287 Å / Origin z: 19.4604 Å
111213212223313233
T0 Å20 Å20 Å2-0 Å20 Å2--0 Å2
L0.0632 °20.0204 °20.0135 °2-0.0679 °20.0836 °2--0.1053 °2
S0.0196 Å °-0.0349 Å °-0.0028 Å °0.0537 Å °-0.0021 Å °0.0118 Å °0.053 Å °-0.0138 Å °-0.0175 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1051 - 107
2X-RAY DIFFRACTION1AA106 - 211108 - 213
3X-RAY DIFFRACTION1BB1 - 1131 - 118
4X-RAY DIFFRACTION1BB114 - 216119 - 221
5X-RAY DIFFRACTION1CC13 - 1071 - 95
6X-RAY DIFFRACTION1DD13 - 1071 - 95
7X-RAY DIFFRACTION1EE1 - 1051 - 107
8X-RAY DIFFRACTION1EE106 - 211108 - 213
9X-RAY DIFFRACTION1FF1 - 1131 - 118
10X-RAY DIFFRACTION1FF114 - 216119 - 221
11X-RAY DIFFRACTION1GG1 - 1051 - 107
12X-RAY DIFFRACTION1GG106 - 211108 - 213
13X-RAY DIFFRACTION1HH1 - 1131 - 118
14X-RAY DIFFRACTION1HH114 - 216119 - 221
15X-RAY DIFFRACTION1II13 - 1071 - 95
16X-RAY DIFFRACTION1JJ13 - 1071 - 95
17X-RAY DIFFRACTION1KK1 - 1051 - 107
18X-RAY DIFFRACTION1KK106 - 211108 - 213
19X-RAY DIFFRACTION1LL1 - 1131 - 118
20X-RAY DIFFRACTION1LL114 - 216119 - 221
21X-RAY DIFFRACTION1MM1 - 1051 - 107
22X-RAY DIFFRACTION1MM106 - 211108 - 213
23X-RAY DIFFRACTION1NN1 - 1131 - 118
24X-RAY DIFFRACTION1NN114 - 216119 - 221
25X-RAY DIFFRACTION1OO13 - 1071 - 95
26X-RAY DIFFRACTION1PP13 - 1071 - 95
27X-RAY DIFFRACTION1QQ1 - 1051 - 107
28X-RAY DIFFRACTION1QQ106 - 211108 - 213
29X-RAY DIFFRACTION1RR1 - 1131 - 118
30X-RAY DIFFRACTION1RR114 - 216119 - 221
31X-RAY DIFFRACTION1SS1 - 1051 - 107
32X-RAY DIFFRACTION1SS106 - 211108 - 213
33X-RAY DIFFRACTION1TT1 - 1131 - 118
34X-RAY DIFFRACTION1TT114 - 216119 - 221
35X-RAY DIFFRACTION1UU13 - 1071 - 95
36X-RAY DIFFRACTION1VV13 - 1071 - 95
37X-RAY DIFFRACTION1WW1 - 1051 - 107
38X-RAY DIFFRACTION1WW106 - 211108 - 213
39X-RAY DIFFRACTION1XX1 - 1131 - 118
40X-RAY DIFFRACTION1XX114 - 216119 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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