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- PDB-6bx7: Crystal Structure of Human Protocadherin-1 EC1-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bx7
タイトルCrystal Structure of Human Protocadherin-1 EC1-4
要素Protocadherin-1
キーワードCELL ADHESION / cadherins / adhesion / calcium-binding protein / asthma
機能・相同性
機能・相同性情報


homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / cell junction / nervous system development / cell-cell junction / cell-cell signaling / cell adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / nucleolus / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protocadherin / Protocadherin / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / : / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain ...Protocadherin / Protocadherin / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / : / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Modak, D. / Sotomayor, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other privateAlfred P. Sloan FR-2015-65794 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Identification of an adhesive interface for the non-clustered delta 1 protocadherin-1 involved in respiratory diseases.
著者: Modak, D. / Sotomayor, M.
履歴
登録2017年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protocadherin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,48113
ポリマ－49,8021
非ポリマー67912
水45025
1
A: Protocadherin-1
ヘテロ分子

A: Protocadherin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,96226
ポリマ－99,6042
非ポリマー1,35824
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area46740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.981, 146.981, 147.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Protocadherin-1 / Cadherin-like protein 1 / Protocadherin-42 / PC42


分子量: 49801.922 Da / 分子数: 1 / 断片: Cadherin domains 1-4, residues 58-503 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCDH1 / プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08174
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Calcium Chloride, 0.1 M HEPES Sodium Salt pH 7.5, 15% PEG 400 + 15% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 22567 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 1.627 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique obs: 1103 / CC1/2: 0.716 / Rpim(I) all: 0.521 / Rrim(I) all: 1.71 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DZV

5dzv


解像度: 2.85→48.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 26.155 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.413 / ESU R Free: 0.279 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24336 1120 5 %RANDOM
Rwork0.22097 ---
obs0.22213 21392 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 75.792 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.04 Å20.52 Å20 Å2
2--1.04 Å2-0 Å2
3----3.36 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.85→48.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3288 0 26 25 3339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0143354
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.6664569
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8861.6417065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7485426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.97624.098183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.94415557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.4431521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0964.4741713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0684.471712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6086.72136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6116.7062137
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9144.7491640
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9134.751640
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2577.0342434
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.7384.15613155
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.72984.15213146
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.851→2.925 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 91 -
Rwork0.338 1517 -
obs--99.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4115-1.1832-2.76724.11574.68556.60410.3065-0.3730.56790.10340.0894-0.0897-0.52570.0926-0.39580.69680.1459-0.09990.6092-0.06750.475557.682221.597760.3586
20.49970.35261.10570.41341.65828.21350.0233-0.02540.01250.03370.0215-0.09680.03620.1392-0.04480.17140.0207-0.0740.011-0.02060.287865.5707-0.406722.8339
32.4852.56153.08813.08324.10666.2596-0.06480.1388-0.0107-0.2620.07040.0197-0.3143-0.0704-0.00560.170.00110.01960.03720.01470.133448.3599-18.5947-19.7646
40.4853-0.1094-0.66740.82230.85737.55910.07420.441-0.0077-0.59860.020.0776-0.14560.0721-0.09420.5939-0.0613-0.04430.5364-0.05590.353238.6049-37.4569-62.2438
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 106
2X-RAY DIFFRACTION1A502 - 503
3X-RAY DIFFRACTION2A107 - 218
4X-RAY DIFFRACTION2A504 - 506
5X-RAY DIFFRACTION3A219 - 325
6X-RAY DIFFRACTION3A507 - 509
7X-RAY DIFFRACTION4A326 - 439
8X-RAY DIFFRACTION4A510 - 511

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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