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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dzy | |||||||||
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Title | Protocadherin beta 8 extracellular cadherin domains 1-4 | |||||||||
![]() | Pcdhb8 protein | |||||||||
![]() | CELL ADHESION / Cadherin / Dimer / Extracellular | |||||||||
Function / homology | ![]() plasma membrane => GO:0005886 / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / membrane => GO:0016020 / cell adhesion / calcium ion binding / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Goodman, K.M. / Bahna, F. / Mannepalli, S. / Honig, B. / Shapiro, L. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis of Diverse Homophilic Recognition by Clustered alpha- and beta-Protocadherins. Authors: Goodman, K.M. / Rubinstein, R. / Thu, C.A. / Bahna, F. / Mannepalli, S. / Ahlsen, G. / Rittenhouse, C. / Maniatis, T. / Honig, B. / Shapiro, L. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 984.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 830.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 86.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 114.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5dzvC ![]() 5dzwC ![]() 5dzxSC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Details | Dimer by Analytical Ultracentrifugation |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 46732.941 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 29-446 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-Sugars , 6 types, 27 molecules ![](data/chem/img/MAN.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Sugar | ChemComp-MAN / #8: Sugar | |
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-Non-polymers , 2 types, 60 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: Chemical | ChemComp-CA / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.39 Å3/Da / Density % sol: 63.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: PEG550MME, PEG20000, calcium chloride, magnesium chloride, Tris, Bicine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 7, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→30 Å / Num. obs: 53465 / % possible obs: 93.6 % / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 5.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3.67 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 94.3 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5DZX Resolution: 2.9→29.986 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 36.37 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→29.986 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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