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- PDB-3d85: Crystal structure of IL-23 in complex with neutralizing FAB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d85
タイトルCrystal structure of IL-23 in complex with neutralizing FAB
要素
  • (FAB of antibody 7G10, ...) x 2
  • Interleukin-12 subunit p40
  • Interleukin-23 subunit p19
キーワードIMMUNE SYSTEM/CYTOKINE / Interleukin-23 / FAB / IMMUNE SYSTEM-CYTOKINE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


late endosome lumen / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...late endosome lumen / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / tissue remodeling / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / sexual reproduction / positive regulation of mononuclear cell proliferation / interleukin-12 receptor binding / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / positive regulation of NK T cell proliferation / Fc-gamma receptor I complex binding / T-helper cell differentiation / positive regulation of memory T cell differentiation / Interleukin-12 signaling / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / cell surface receptor signaling pathway via STAT / IgG immunoglobulin complex / cytokine receptor activity / natural killer cell activation / response to UV-B / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / antibody-dependent cellular cytotoxicity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / T-helper 1 type immune response / Initial triggering of complement / negative regulation of interleukin-10 production / defense response to protozoan / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / FCGR activation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / complement activation, classical pathway / negative regulation of protein secretion / Role of phospholipids in phagocytosis / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / antigen binding / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of cell adhesion / regulation of cytokine production / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / cytokine activity / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to type II interferon / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / antibacterial humoral response / cell migration / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / blood microparticle / adaptive immune response / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / protein heterodimerization activity / innate immune response / protein-containing complex binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-23 alpha / Interleukin 23 subunit alpha / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core ...Interleukin-23 alpha / Interleukin 23 subunit alpha / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Interleukin-12 subunit beta / Interleukin-23 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Beyer, B.M. / Ingram, R. / Ramanathan, L. / Reichert, P. / Le, H. / Madison, V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of the pro-inflammatory cytokine interleukin-23 and its complex with a high-affinity neutralizing antibody
著者: Beyer, B.M. / Ingram, R. / Ramanathan, L. / Reichert, P. / Le, H.V. / Madison, V. / Orth, P.
履歴
登録2008年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAB of antibody 7G10, light chain
B: FAB of antibody 7G10, heavy chain
C: Interleukin-23 subunit p19
D: Interleukin-12 subunit p40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,0277
ポリマ－101,7224
非ポリマー3053
水16,322906
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area39710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.386, 62.091, 107.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a hetero-tetramer with chains A and B representing the FAB, chain C is IL-23 subunit p19 and chain D is IL-23 subunit p40. One hetero-tetramer is located within the asymmetric unit.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Interleukin-23 subunit p19 / Interleukin-23 subunit alpha / IL-23 subunit alpha / IL-23p19


分子量: 19669.137 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit p19 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL23A, SGRF, UNQ2498/PRO5798
Plasmid details: accordining to Invitrogen Bac-to-Bac manual
プラスミド: pFastBac Dual / 細胞株 (発現宿主): Hi-Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NPF7

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抗体 , 3種, 3分子 ABD

#1: 抗体 FAB of antibody 7G10, light chain


分子量: 23454.979 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 FAB of antibody 7G10, heavy chain


分子量: 23843.705 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857*PLUS
#4: 抗体 Interleukin-12 subunit p40 / IL-12B / IL-12 subunit p40 / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / NK ...IL-12B / IL-12 subunit p40 / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / NK cell stimulatory factor chain 2 / NKSF2


分子量: 34753.973 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit p40 / Mutation: N200Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL12B, NKSF2
Plasmid details: accordining to Invitrogen Bac-to-Bac manual
プラスミド: pFastBac Dual / 細胞株 (発現宿主): Hi-Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P29460

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非ポリマー , 3種, 909分子

#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 906 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% MPD, 7% PEG 6000, 100mM Imidazole, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月24日
放射モノクロメーター: cryogenically-cooled Si(111) double-crystal system
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→106.6 Å / Num. all: 77469 / Num. obs: 77159 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 30.449 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 7636 / Rsym value: 0.466 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
BUSTER-TNT2.1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ngy

1ngy


解像度: 1.9→106.6 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2145 1541 2 %RANDOM
Rwork0.1713 ---
all0.1721 77469 --
obs0.1721 77149 99.02 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.258539 Å20 Å22.55984752 Å2
2---2.88611823 Å20 Å2
3----2.37242078 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→106.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6582 0 5 922 7509
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0167682
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.25491602
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d18.2212960
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0111522
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.029685
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.67676820
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0531045
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 225 1.87 %
Rwork0.2184 11839 -
all21.89 12064 -
obs--99.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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