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万見
- PDB-6o1i: Alpha-L-fucosidase AlfC fucosyltransferase mutant E274A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o1i
タイトルAlpha-L-fucosidase AlfC fucosyltransferase mutant E274A
要素AlfC
キーワードHYDROLASE / Fucosidase / fucosyltransferase / AlfC
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-fucosidase / alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / : / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucosidase / alpha-L-fucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus casei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Klontz, E.H. / Sundberg, E.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure and dynamics of an alpha-fucosidase reveal a mechanism for highly efficient IgG transfucosylation.
著者: Klontz, E.H. / Li, C. / Kihn, K. / Fields, J.K. / Beckett, D. / Snyder, G.A. / Wintrode, P.L. / Deredge, D. / Wang, L.X. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2019年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AlfC
B: AlfC
C: AlfC
D: AlfC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,2474
ポリマ－157,2474
非ポリマー00
水00
1
A: AlfC
C: AlfC

A: AlfC
C: AlfC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,2474
ポリマ－157,2474
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
2
B: AlfC
D: AlfC

B: AlfC
D: AlfC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,2474
ポリマ－157,2474
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)87.753, 139.300, 265.586
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUAA2 - 3452 - 345
21LEULEUBB2 - 3452 - 345
12LEULEUAA2 - 3452 - 345
22LEULEUCC2 - 3452 - 345
13ARGARGAA2 - 3442 - 344
23ARGARGDD2 - 3442 - 344
14LEULEUBB2 - 3452 - 345
24LEULEUCC2 - 3452 - 345
15ARGARGBB2 - 3442 - 344
25ARGARGDD2 - 3442 - 344
16ARGARGCC2 - 3442 - 344
26ARGARGDD2 - 3442 - 344

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
AlfC


分子量: 39311.715 Da / 分子数: 4 / 変異: E274A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: K0NB39, UniProt: A0A422MHI3*PLUS, alpha-L-fucosidase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 250 nL 20 mg/mL AlfC + 250 nL mother liquor (18% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7, 20 mM sodium/potassium phosphate, 1% v/v glycerol), crystals appeared after five days

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920099 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920099 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.55→29.12 Å / Num. obs: 18262 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.222 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.55-3.8951.99343830.350.9132.293.6
8.7-29.125.10.03612560.9980.0170.0487.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6O18

6o18


解像度: 3.55→29.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 108.439 / SU ML: 0.662 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.747
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2614 914 5 %RANDOM
Rwork0.2463 ---
obs0.2471 17348 90.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1.2 Å / 減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso max: 243.13 Å2 / Biso mean: 94.67 Å2 / Biso min: 43.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.27 Å20 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.55→29.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10197 0 0 0 10197
残基数----1296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01310486
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0178934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1521.63714274
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1631.57620728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.39451288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.60924.021562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.667151557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.411532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0350.21319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022294
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A111330.01
12B111330.01
21A111080.03
22C111080.03
31A110490.04
32D110490.04
41B110490.03
42C110490.03
51B110240.04
52D110240.04
61C109640.04
62D109640.04
LS精密化 シェル解像度: 3.55→3.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.48 66 -
Rwork0.371 1289 -
all-1355 -
obs--93.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9636-1.7346-1.06233.0913-0.69955.17270.31220.36381.18740.03490.3020.1603-1.60670.2167-0.61421.0104-0.18250.27320.230.07220.556128.74924.223-5.705
23.1482-0.6521-1.37912.30890.94997.51090.4217-1.0503-0.33620.19940.1786-0.63470.3311.9554-0.60020.6078-0.1942-0.13420.82380.02590.320654.21415.045-43.735
32.61440.23680.05332.1266-0.21494.35240.0145-1.0239-0.1470.77730.49041.0059-0.0311-0.9805-0.50490.94440.36590.52620.92370.27140.84838.1376.19224.315
43.3678-0.4970.1623.2306-1.55735.32890.76110.03810.3509-0.11420.21180.7855-2.2107-2.4097-0.9731.68060.87430.54861.35470.23310.417321.636.172-55.612
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 345
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 345
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 345
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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