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- PDB-2x7l: Implications of the HIV-1 Rev dimer structure at 3.2A resolution ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2x7l | ||||||
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Title | Implications of the HIV-1 Rev dimer structure at 3.2A resolution for multimeric binding to the Rev response element | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / NUCLEAR EXPORT / POST-TRANSCRIPTIONAL REGULATION | ||||||
Function / homology | ![]() host cell nucleolus / mRNA transport / viral process / protein export from nucleus / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | synthetic construct (others)![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | DiMattia, M.A. / Watts, N.R. / Stahl, S.J. / Rader, C. / Wingfield, P.T. / Stuart, D.I. / Steven, A.C. / Grimes, J.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Implications of the HIV-1 Rev Dimer Structure at 3. 2 A Resolution for Multimeric Binding to the Rev Response Element. Authors: Dimattia, M.A. / Watts, N.R. / Stahl, S.J. / Rader, C. / Wingfield, P.T. / Stuart, D.I. / Steven, A.C. / Grimes, J.M. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2010 Title: Generation and Characterization of a Chimeric Rabbit/Human Fab for Co-Crystallization of HIV-1 Rev. Authors: Stahl, S.J. / Watts, N.R. / Rader, C. / Dimattia, M.A. / Mage, R.G. / Palmer, I. / Kaufman, J.D. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Steven, A.C. / Wingfield, P.T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 976 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1b2wS ![]() 1b4jS ![]() 1beyS ![]() 1jpsS ![]() 1tzhS ![]() 1tziS ![]() 1za3S ![]() 2fgwS ![]() 2fjfS ![]() 2fjhS ![]() 2qqnS ![]() 2qr0S ![]() 2r0kS ![]() 2r8sS ![]() 2v7nS ![]() 3bdyS ![]() 3d85S ![]() 3dvgS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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6 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 24492.324 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23416.980 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 12924.489 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() ![]() Sequence details | THE C-TERMINAL DOMAIN OF REV IS DISORDERED IN THE CRYSTAL STRUCTURE. N-TERMINAL MET HAS BEEN ...THE C-TERMINAL DOMAIN OF REV IS DISORDERED | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.11 Å3/Da / Density % sol: 69.83 % Description: 18 DIFFERENT MODELS USED IN PHASER AS AN ENSEMBLE |
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Crystal grow | pH: 8.5 Details: 12% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 6000, 100 MM DI-AMMONIUM PHOSPHATE (DAP), AND 100 MM TRIS/HCL (PH 8.5) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→48.8 Å / Num. obs: 83664 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 77.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.26 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 98.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRIES 1JPS, 2QR0, 2R8S, 3BDY, 1TZH, 1ZA3, 2R0K 2V7N, 3DVG, 1B2W, 1BEY, 1TZI, 2FJF, 2QQN, 1B4J, 2FGW, 2FJH, 3D85 Resolution: 3.17→48.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 Details: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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Displacement parameters | Biso mean: 143.62 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 1.029 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.17→48.78 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.17→3.25 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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