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- PDB-2x5q: Crystal Structure of Hypothetical protein sso1986 from Sulfolobus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x5q
タイトルCrystal Structure of Hypothetical protein sso1986 from Sulfolobus solfataricus P2
要素SSO1986
キーワードUNKNOWN FUNCTION
機能・相同性CRISPR system CMR subunit Cmr7 1 / CRISPR system CMR subunit Cmr7 1 / : / CRISPR-cas system / defense response to virus / cytoplasm / CRISPR system CMR subunit Cmr7 1
機能・相同性情報
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Oke, M. / Carter, L. / Johnson, K.A. / Kerou, M. / Liu, H. / Mcmahon, S. / Naismith, J.H. / White, M.F.
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genomics / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / Falconer, H. / Powers, H. / Overton, I.M. / Van Niekerk, C.A.J. / Peng, X. / Patel, P. / Garrett, R.A. / Prangishvili, D. / Botting, C.H. / Coote, P.J. / Dryden, D.T.F. / Barton, G.J. / Schwarz-Linek, U. / Challis, G.L. / Taylor, G.L. / White, M.F. / Naismith, J.H.
履歴
登録2010年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SSO1986
B: SSO1986


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4702
ポリマ－44,4702
非ポリマー00
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-15.8 kcal/mol
Surface area16480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.933, 46.183, 62.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2050-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A7 - 123
2115B7 - 123
1125A132 - 193
2125B132 - 193

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 SSO1986


分子量: 22235.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 株: P2 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97WX5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4
詳細: 19.2% PEG 6000, 0.1M NA-CITRATE, PH4.0, 0.93M LICL2, 9% ETHYLENE GLYCOL FREEZING SOLUTION: 21.0% PEG 6000, 0.1M NA-CITRATE, PH4.0, 0.5M LICL2, 25% ETHYLENE GLYCOL.DERIVATIVE CRYSTALS FOR SAD ...詳細: 19.2% PEG 6000, 0.1M NA-CITRATE, PH4.0, 0.93M LICL2, 9% ETHYLENE GLYCOL FREEZING SOLUTION: 21.0% PEG 6000, 0.1M NA-CITRATE, PH4.0, 0.5M LICL2, 25% ETHYLENE GLYCOL.DERIVATIVE CRYSTALS FOR SAD PHASING WERE OBTAINED BY SOAKING THE CRYSTALS IN 200 MM TRIMETHYLLEAD CHLORIDE, 500 MM POTASSIUM OSMATE AND 200 MM DIPOTASSIUM HEXACHLORO OSMATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→29.54 Å / Num. obs: 20562 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXCDESOLVE RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.05→29.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 9.469 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22682 1085 5 %RANDOM
Rwork0.18883 ---
obs0.19073 20562 98.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.249 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.92 Å20 Å20.55 Å2
2--1.84 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→29.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2906 0 0 190 3096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222969
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021999
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9614014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82434935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2475363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.25225.87138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.77715558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.29158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02545
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2533
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.21982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21599
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2830.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2470.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7211.52421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1281.5736
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84722953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4131454
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8294.51059
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A678medium positional0.150.5
12B678medium positional0.150.5
21A364medium positional0.20.5
22B364medium positional0.20.5
11A835loose positional0.525
12B835loose positional0.525
21A487loose positional0.735
22B487loose positional0.735
11A678medium thermal0.522
12B678medium thermal0.522
21A364medium thermal0.472
22B364medium thermal0.472
11A835loose thermal0.8910
12B835loose thermal0.8910
21A487loose thermal0.7710
22B487loose thermal0.7710
LS精密化 シェル解像度: 2.049→2.102 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 78 -
Rwork0.206 1443 -
obs--94.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.21860.8939-0.39882.79570.16761.8462-0.040.1753-0.0588-0.15020.00970.10340.1144-0.10290.0303-0.118-0.0047-0.0035-0.1238-0.0209-0.161425.931411.482312.7292
22.85580.92810.93631.9741-0.01342.1289-0.03250.2410.1242-0.2015-0.0178-0.0105-0.10280.10890.0503-0.1239-0.0021-0.002-0.12450.0023-0.169855.342516.563413.5962
34.45252.8048-0.68272.7579-0.76561.08050.2815-0.14420.73660.2582-0.10450.5103-0.1941-0.0513-0.1771-0.0491-0.00170.0244-0.1129-0.0573-0.01720.3721.148417.7903
45.35292.63451.98491.85131.05961.24070.15450.0463-0.5520.092-0.0142-0.20750.19260.0607-0.1403-0.08370.03090.0084-0.1386-0.0223-0.105760.54219.480620.6228
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3A132 - 196
4X-RAY DIFFRACTION4B130 - 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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