PDB-2x5h: Crystal structure of the ORF131 L26M L51M double mutant from Sulf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x5h

タイトル

Crystal structure of the ORF131 L26M L51M double mutant from Sulfolobus islandicus rudivirus 1

要素

ORF 131

キーワード

VIRAL PROTEIN

機能・相同性

Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #60 / : / PHA01746-like protein / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein 131

機能・相同性情報

生物種

SULFOLOBUS ISLANDICUS RUDIVIRUS 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Naismith, J.H. / White, M.F.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...

履歴

登録	2010年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x5h.cif.gz	168.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x5h.ent.gz	136.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x5h_validation.pdf.gz	463 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x5h_full_validation.pdf.gz	466.9 KB	表示
XML形式データ	2x5h_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	2x5h_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ivyC 2jg5C 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3dC 2x3eC 2x3fC 2x3gC 2x3lC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x48C 2x4gC 2x4hC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x4lC 2x5cC 2x5dC 2x5fC 2x5gSC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x5tC 2x7bC 2x7iC 2xu2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2lq8-d 6ere-2 2wpt-d 6dnm-d 4qao-2 4ifi-d 5t20-1 4cso-1 4cso-3 4gao-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ORF 131

B: ORF 131

C: ORF 131

D: ORF 131

ヘテロ分子

44.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ORF 131

D: ORF 131

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ORF 131

C: ORF 131

ソフトウェアが定義した集合体
22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.940, 46.971, 48.976
Angle α, β, γ (deg.)	90.22, 95.05, 91.78
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	D
1	3	A
2	3	D
1	4	A
2	4	D
1	5	A
2	5	D
1	6	A
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	ALA	ALA	5	A	A	13 - 40	14 - 41
2	1	1	LYS	LYS	ALA	ALA	5	B	B	13 - 40	14 - 41
3	1	1	LYS	LYS	ALA	ALA	5	C	C	13 - 40	14 - 41
1	2	1	TYR	TYR	THR	THR	5	A	A	49 - 52	50 - 53
2	2	1	TYR	TYR	THR	THR	5	B	B	49 - 52	50 - 53
3	2	1	TYR	TYR	THR	THR	5	C	C	49 - 52	50 - 53
1	3	1	ILE	ILE	SER	SER	5	A	A	63 - 84	64 - 85
2	3	1	ILE	ILE	SER	SER	5	B	B	63 - 84	64 - 85
3	3	1	ILE	ILE	SER	SER	5	C	C	63 - 84	64 - 85
1	1	2	VAL	VAL	ARG	ARG	6	A	A	41 - 48	42 - 49
2	1	2	VAL	VAL	ARG	ARG	6	B	B	41 - 48	42 - 49
3	1	2	VAL	VAL	ARG	ARG	6	D	D	41 - 48	42 - 49
1	2	2	ILE	ILE	GLN	GLN	6	A	A	53 - 62	54 - 63
2	2	2	ILE	ILE	GLN	GLN	6	B	B	53 - 62	54 - 63
3	2	2	ILE	ILE	GLN	GLN	6	D	D	53 - 62	54 - 63
1	3	2	ASP	ASP	TYR	TYR	6	A	A	85 - 90	86 - 91
2	3	2	ASP	ASP	TYR	TYR	6	B	B	85 - 90	86 - 91
3	3	2	ASP	ASP	TYR	TYR	6	D	D	85 - 90	86 - 91
1	1	3	GLN	GLN	ARG	ARG	5	A	A	14 - 24	15 - 25
2	1	3	GLN	GLN	ARG	ARG	5	D	D	14 - 24	15 - 25
1	2	3	ASP	ASP	LEU	LEU	5	A	A	69 - 80	70 - 81
2	2	3	ASP	ASP	LEU	LEU	5	D	D	69 - 80	70 - 81
1	1	4	ILE	ILE	PRO	PRO	6	A	A	25 - 42	26 - 43
2	1	4	ILE	ILE	PRO	PRO	6	D	D	25 - 42	26 - 43
1	1	5	LYS	LYS	GLN	GLN	6	A	A	46 - 68	47 - 69
2	1	5	LYS	LYS	GLN	GLN	6	D	D	46 - 68	47 - 69
1	1	6	GLU	GLU	TYR	TYR	6	A	A	81 - 90	82 - 91
2	1	6	GLU	GLU	TYR	TYR	6	D	D	81 - 90	82 - 91

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	ORF 131 / UNCHARACTERIZED PROTEIN 131 / CAG38830 分子量: 11199.035 Da / 分子数: 4 / 断片: TRUNCATED VERSION, RESIDUES 1-96 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SULFOLOBUS ISLANDICUS RUDIVIRUS 1 (ウイルス) Variant: XX / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8QL44
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 26 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 51 TO MET ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 26 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 51 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 26 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 51 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 26 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 51 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 26 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 51 TO MET

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 2.1 M SODIUM MALONATE AND CRYOPROTECTED WITH 2.4 M MALONATE.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月26日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→14 Å / Num. obs: 28543 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 0 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X5G

2x5g

解像度: 1.8→14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 6.297 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25715	1521	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19996	-	-	-
obs	0.20282	28543	96.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.173 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	-0.33 Å²	-0.08 Å²
2-	-	0.2 Å²	0.19 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2998	0	5	380	3383

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3078
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.149	1.979	4121
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.772	3	5434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.658	5	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.429	25.664	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.229	15	663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.823	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	463
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3312
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	556
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	599
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	2281
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.154	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.225	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.159	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.902	1.5	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.16	1.5	755
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.995	2	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.787	3	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.451	4.5	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	317	medium positional	0.21	0.5
1	2	B	317	medium positional	0.14	0.5
1	3	C	317	medium positional	0.2	0.5
3	1	A	136	medium positional	0.15	0.5
3	2	D	136	medium positional	0.15	0.5
1	1	A	412	loose positional	0.86	5
1	2	B	412	loose positional	0.71	5
1	3	C	412	loose positional	0.79	5
2	1	A	351	loose positional	0.98	5
2	2	B	351	loose positional	0.99	5
2	3	D	351	loose positional	1.49	5
3	1	A	173	loose positional	0.8	5
3	2	D	173	loose positional	0.8	5
4	1	A	226	loose positional	0.81	5
4	2	D	226	loose positional	0.81	5
5	1	A	317	loose positional	1	5
5	2	D	317	loose positional	1	5
6	1	A	156	loose positional	0.84	5
6	2	D	156	loose positional	0.84	5
1	1	A	317	medium thermal	0.67	2
1	2	B	317	medium thermal	0.65	2
1	3	C	317	medium thermal	0.73	2
3	1	A	136	medium thermal	0.6	2
3	2	D	136	medium thermal	0.6	2
1	1	A	412	loose thermal	1.22	10
1	2	B	412	loose thermal	1.02	10
1	3	C	412	loose thermal	1.37	10
2	1	A	351	loose thermal	2.29	10
2	2	B	351	loose thermal	1.99	10
2	3	D	351	loose thermal	2.16	10
3	1	A	173	loose thermal	1.19	10
3	2	D	173	loose thermal	1.19	10
4	1	A	226	loose thermal	1.16	10
4	2	D	226	loose thermal	1.16	10
5	1	A	317	loose thermal	1.76	10
5	2	D	317	loose thermal	1.76	10
6	1	A	156	loose thermal	2.03	10
6	2	D	156	loose thermal	2.03	10

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	117	-
R_work	0.195	1989	-
obs	-	-	95.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6706	-0.3702	1.1783	0.743	-0.4057	3.7868	-0.0202	-0.0389	0.0056	0.0754	0.018	0.0116	0.0631	0.0453	0.0022	-0.1991	0.0332	0.022	-0.1811	0.0014	-0.1424	39.565	0.561	6.396
2	0.6372	-0.8156	-0.3248	3.0417	3.4488	4.7706	0.0391	0.0338	0.0083	-0.2488	-0.0338	-0.0028	-0.3085	-0.0005	-0.0053	-0.1483	-0.0024	0.0197	-0.1926	-0.0044	-0.121	18.04	22.338	-8.091
3	1.6615	0.9227	1.9065	2.1024	0.9367	5.862	0.14	-0.1778	-0.2409	0.1817	-0.0699	-0.1304	0.2138	-0.1	-0.0702	-0.1559	0.0315	0.0521	-0.1596	-0.0026	-0.0522	18.055	23.062	7.57
4	0.6663	0.025	-0.3008	1.0166	1.378	5.1278	0.005	-0.0208	-0.0899	-0.062	0.0792	-0.1134	-0.0692	0.101	-0.0842	-0.1633	0.0117	0.0088	-0.1734	0.0148	-0.1143	39.492	0.84	-8.687

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 91
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 94
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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