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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a4a | ||||||
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タイトル | Deoxyribose-phosphate aldolase from P. yoelii | ||||||
要素 | deoxyribose-phosphate aldolase | ||||||
キーワード | LYASE / ALDOLASE / TIM BETA/ALPHA BARREL / DEOC / DERA / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxyribose phosphate catabolic process / deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium yoelii yoelii (ヨーエリマラリア原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Walker, J.R. / Amani, M. / Lew, J. / Wiegelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Vedadi, M. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2007 タイトル: Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms. 著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. ...著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2a4a.cif.gz | 113 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2a4a.ent.gz | 87.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2a4a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2a4a_validation.pdf.gz | 440.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2a4a_full_validation.pdf.gz | 444.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2a4a_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2a4a_validation.cif.gz | 29.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/2a4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/2a4a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1txjC 1xccC 1y6zC 1z6gC 1z7dC 1z81C 1zo2C 2a22C 2aifC 2amxC 2aqwC 2av4C 2awpC 2ayvC 2b71C 2bddC 2f4zC 2fdsC 2ffcC 2fo3C 2fu0C 2ghiC 2h1rC 2h2yC 2h66C 2hjrC 2hteC 2hvgC 3pggC 3tb2C 1jclS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a monomer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31264.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium yoelii yoelii (ヨーエリマラリア原虫) 生物種: Plasmodium yoelii / プラスミド: PET28-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q7RMC9, deoxyribose-phosphate aldolase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.83 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 8.5 詳細: PEG4K, Tris pH 8.5, NaCl 0.2 M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→34.68 Å / Num. obs: 41400 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / % possible all: 87.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JCL 解像度: 1.84→34.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 7.079 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.875 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→34.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.837→1.885 Å / Total num. of bins used: 20
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