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万見
- PDB-1rih: Crystal Structure of Fab 14F7, a unique anti-tumor antibody speci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rih
タイトルCrystal Structure of Fab 14F7, a unique anti-tumor antibody specific for N-glycolyl GM3
要素
  • heavy chain of antibody 14F7
  • light chain of antibody 14F7
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / carbohydrate-binding Fab / specific for NeuGc-GM3 / immunoglobulin / beta-sheet topology
機能・相同性
機能・相同性情報


humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding ...humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / B cell differentiation / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / blood microparticle / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type ...Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IgE L chain kappa / Immunoglobulin kappa constant / Ig gamma-1 chain C region secreted form / Anti-H5N1 hemagglutinin monoclonal anitbody H5M9 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Krengel, U. / Olsson, L.-L. / Martinez, C. / Talavera, A. / Rojas, G. / Mier, E. / Angstrom, J. / Moreno, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure and Molecular Interactions of a Unique Antitumor Antibody Specific for N-Glycolyl GM3.
著者: Krengel, U. / Olsson, L.-L. / Talavera, A. / Rojas, G. / Mier, E. / Moreno, E.
履歴
登録2003年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: diffrn_source / entity ...diffrn_source / entity / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_fragment ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_fragment / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: light chain of antibody 14F7
H: heavy chain of antibody 14F7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9562
ポリマ－48,9562
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.5, 78.9, 121.9
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 light chain of antibody 14F7


分子量: 23667.027 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab,Fab / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 14F7 mAb purified from 14F7 hybridoma cells / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: 14F7 hybridoma cells / 株: Balb/c / 参照: UniProt: A0A0D5ZY64, UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 heavy chain of antibody 14F7


分子量: 25289.395 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab,Fab / 由来タイプ: 天然
詳細: 14F7 mAb purified from 14F7 hybridoma cells; Fab fragment prepared using papain digestion
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: 14F7 hybridoma cells / 株: Balb/c / 参照: UniProt: U5LP42, UniProt: P01868*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% PEG 400, 100 mM Hepes, (25 mM Tris), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
225 mMTris1droppH8.8
315 %PEG4001reservoir
4100 mMHEPES1reservoirpH7.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22831
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンMAX II I71111.093
シンクロトロンMAX II I71120.968
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2001年6月26日
MARRESEARCH2CCD2001年11月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1single asymmetrically cut Si (111) crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0931
20.9681
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 17766 / Num. obs: 17766 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 56.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.367 / % possible all: 97.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1C5C

1c5c


解像度: 2.5→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Structure validated against composite simulated annealed OMIT maps from CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1055 -random
Rwork0.181 ---
all0.184 17766 --
obs0.184 17766 97.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3346 0 0 37 3383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.5-2.5400.297X-RAY DIFFRACTION798
2.54-2.580.3291310.269X-RAY DIFFRACTION834

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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