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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oaz | ||||||
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タイトル | IgE Fv SPE7 complexed with a recombinant thioredoxin | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY-COMPLEX / ANTIBODY / ALLERGY / IGE / CONFORMATIONAL DIVERSITY / MULTISPECFICITY / REDOX-ACTIVE CENTER / ELECTRON TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / immunoglobulin complex / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / adaptive immune response / oxidoreductase activity / immune response / extracellular space / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | James, L.C. / Roversi, P. / Tawfik, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Antibody Multispecificity Mediated by Conformational Diversity 著者: James, L.C. / Roversi, P. / Tawfik, D. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13466.326 Da / 分子数: 2 / 断片: TRX-SHEAR3, RESIDUES 1-123 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 13687.315 Da / 分子数: 2 / 断片: FV REGION, RESIDUES 1-122 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 11530.808 Da / 分子数: 2 / 断片: FV REGION, RESIDUES 1-110 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 詳細: 21% PEG 8K, 0.1M NA CACODYLATE, 0.2M NA ACETATE PH5.5, pH 5.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→35.8 Å / Num. obs: 26942 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | Rmerge(I) obs: 0.114 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 27717 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.086 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.3 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ANQ 解像度: 2.78→30.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 12.85 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.363 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.56 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.78→30.15 Å
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拘束条件 |
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