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- PDB-6uip: DYRK1A Kinase Domain in Complex with a 6-azaindole Derivative, GN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uip
タイトルDYRK1A Kinase Domain in Complex with a 6-azaindole Derivative, GNF2133.
要素Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of heterochromatin formation / regulation of neurofibrillary tangle assembly / histone H3T45 kinase activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / dual-specificity kinase / splicing factor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / negative regulation of microtubule polymerization ...regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of heterochromatin formation / regulation of neurofibrillary tangle assembly / histone H3T45 kinase activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / dual-specificity kinase / splicing factor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / negative regulation of microtubule polymerization / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / G0 and Early G1 / cytoskeletal protein binding / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / tubulin binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of RNA splicing / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / circadian rhythm / tau protein binding / nervous system development / actin binding / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / transcription coactivator activity / protein phosphorylation / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / centrosome / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q8J / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者DiDonato, M. / Spraggon, G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Selective DYRK1A Inhibitor for the Treatment of Type 1 Diabetes: Discovery of 6-Azaindole Derivative GNF2133.
著者: Liu, Y.A. / Jin, Q. / Zou, Y. / Ding, Q. / Yan, S. / Wang, Z. / Hao, X. / Nguyen, B. / Zhang, X. / Pan, J. / Mo, T. / Jacobsen, K. / Lam, T. / Wu, T.Y. / Petrassi, H.M. / Bursulaya, B. / ...著者: Liu, Y.A. / Jin, Q. / Zou, Y. / Ding, Q. / Yan, S. / Wang, Z. / Hao, X. / Nguyen, B. / Zhang, X. / Pan, J. / Mo, T. / Jacobsen, K. / Lam, T. / Wu, T.Y. / Petrassi, H.M. / Bursulaya, B. / DiDonato, M. / Gordon, W.P. / Liu, B. / Baaten, J. / Hill, R. / Nguyen-Tran, V. / Qiu, M. / Zhang, Y.Q. / Kamireddy, A. / Espinola, S. / Deaton, L. / Ha, S. / Harb, G. / Jia, Y. / Li, J. / Shen, W. / Schumacher, A.M. / Colman, K. / Glynne, R. / Pan, S. / McNamara, P. / Laffitte, B. / Meeusen, S. / Molteni, V. / Loren, J.
履歴
登録2019年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,5486
ポリマ－126,2453
非ポリマー1,3043
水00
1
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5162
ポリマ－42,0821
非ポリマー4351
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5162
ポリマ－42,0821
非ポリマー4351
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5162
ポリマ－42,0821
非ポリマー4351
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.884, 112.884, 304.651
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Space group name HallP312(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: -y,-x,-z+2/3
#5: -x+y,y,-z+1/3
#6: x,x-y,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 136 through 154 or resid 159...A136 - 153
121(chain 'A' and (resid 136 through 154 or resid 159...A159 - 177
131(chain 'A' and (resid 136 through 154 or resid 159...A184 - 212
141(chain 'A' and (resid 136 through 154 or resid 159...A221 - 222
151(chain 'A' and (resid 136 through 154 or resid 159...A226 - 278
161(chain 'A' and (resid 136 through 154 or resid 159...A283 - 297
171(chain 'A' and (resid 136 through 154 or resid 159...A301 - 308
181(chain 'A' and (resid 136 through 154 or resid 159...A321 - 407
191(chain 'A' and (resid 136 through 154 or resid 159...A413 - 438
1101(chain 'A' and (resid 136 through 154 or resid 159...A446 - 476
211(chain 'B' and (resid 136 through 154 or resid 159...B136 - 153
221(chain 'B' and (resid 136 through 154 or resid 159...B159 - 177
231(chain 'B' and (resid 136 through 154 or resid 159...B184 - 212
241(chain 'B' and (resid 136 through 154 or resid 159...B221 - 222
251(chain 'B' and (resid 136 through 154 or resid 159...B226 - 278
261(chain 'B' and (resid 136 through 154 or resid 159...B283 - 297
271(chain 'B' and (resid 136 through 154 or resid 159...B301 - 308
281(chain 'B' and (resid 136 through 154 or resid 159...B321 - 407
291(chain 'B' and (resid 136 through 154 or resid 159...B413 - 438
2101(chain 'B' and (resid 136 through 154 or resid 159...B446 - 476
311(chain 'C' and (resid 136 through 298 or resid 301 through 477))C136 - 153
321(chain 'C' and (resid 136 through 298 or resid 301 through 477))C159 - 177
331(chain 'C' and (resid 136 through 298 or resid 301 through 477))C184 - 212
341(chain 'C' and (resid 136 through 298 or resid 301 through 477))C221 - 222
351(chain 'C' and (resid 136 through 298 or resid 301 through 477))C226 - 278
361(chain 'C' and (resid 136 through 298 or resid 301 through 477))C283 - 297
371(chain 'C' and (resid 136 through 298 or resid 301 through 477))C301 - 308
381(chain 'C' and (resid 136 through 298 or resid 301 through 477))C321 - 407
391(chain 'C' and (resid 136 through 298 or resid 301 through 477))C413 - 438
3101(chain 'C' and (resid 136 through 298 or resid 301 through 477))C446 - 476
112chain 'L'L1
212chain 'M'M1
312chain 'N'N1

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / hMNB


分子量: 42081.535 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#2: 化合物 ChemComp-Q8J / 4-ethyl-N-{4-[1-(oxan-4-yl)-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-3-yl]pyridin-2-yl}piperazine-1-carboxamide


分子量: 434.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H30N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% PEG 20000, 3% Eextran Sulfate, 100 mM Bicine pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月17日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→48.26 Å / Num. obs: 23849 / % possible obs: 98.48 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 24.87 Å2 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 0.987 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 3.7→3.83 Å / 冗長度: 8.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2168 / CC1/2: 0.865 / Rpim(I) all: 0.58 / Χ2: 1.018 / % possible all: 86.14

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VX3

2vx3


解像度: 3.7→48.26 Å / SU ML: 0.2943 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.9137
詳細: NCS restraints were used in phenix along with grouped B factor refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2904 1155 4.87 %Random
Rwork0.2714 ---
obs0.2724 23736 98.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→48.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8107 0 96 0 8203
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64111321
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041495
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.13555098
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7-3.870.38331330.3632531X-RAY DIFFRACTION88.89
3.87-4.080.30741340.28682850X-RAY DIFFRACTION99.87
4.08-4.330.30481390.26172840X-RAY DIFFRACTION100
4.33-4.670.25371390.24412834X-RAY DIFFRACTION100
4.67-5.130.23231690.23912843X-RAY DIFFRACTION100
5.13-5.880.30351650.27552808X-RAY DIFFRACTION100
5.88-7.40.26631280.2672911X-RAY DIFFRACTION100
7.4-48.260.28411480.25232964X-RAY DIFFRACTION99.55
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1018721209630.00839605364470.03476444810460.138332343987-0.02341157217130.1163603543220.1822233570890.4298489854970.24519318829-0.2805755793710.03379835750450.249249711388-0.335071734007-0.3683796300220.09085162387530.4194648833590.373885430971-0.0388011345671-0.2425495163470.260548639270.25623834101349.8554111198-8.6805150290831.9615104145
20.1476720714560.0463440431518-0.04293436225870.0861516880916-0.02904447180530.180332762446-0.01942663037070.08096657336980.203965479992-0.08373115707980.219877277396-0.2084652257860.07673674511030.7234110344330.3539812856780.4874910196520.491996808757-0.3038260209360.708283949792-0.1133618662770.34755827999193.1069540684-44.808033906428.9478386569
30.01360547202550.00800265964371-0.04517804529550.0268049164237-0.02446910518590.01778366560660.0208825953594-0.168045993627-0.2116188439110.2858772767810.005271975645960.5393209654280.6145037944120.05854561312820.0648286902321.42182338510.8188087003710.133065014880.05781033318160.06926700789960.8096206733475.2695124174-61.951123649557.8761050918
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain L
2X-RAY DIFFRACTION2chain B or chain M
3X-RAY DIFFRACTION3chain C or chain N

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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