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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f6m | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THIOREDOXIN REDUCTASE, THIOREDOXIN, AND THE NADP+ ANALOG, AADP+ | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / ALTERNATE CONFORMATION / TERNARY COMPLEX / DOMAIN MOTION / redox-active center / NADP / FAD / electron transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() thioredoxin-disulfide reductase complex / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lennon, B.W. / Williams Jr., C.H. / Ludwig, M.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Twists in catalysis: alternating conformations of Escherichia coli thioredoxin reductase. 著者: Lennon, B.W. / Williams Jr., C.H. / Ludwig, M.L. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of Escherichia coli thioredoxin reductase refined at 2 A resolution. Implications for a large conformational change during catalysis. 著者: Waksman, G. / Krishna, T.S. / Sweet, R.M. / Williams Jr., C.H. / Kuriyan, J. #2: ![]() タイトル: Convergent evolution of similar function in two structurally divergent enzymes 著者: Kuriyan, J. / Krishna, T.S. / Wong, L. / Guenther, B. / Pahler, A. / Williams Jr., C.H. / Model, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 344.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 280.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 83.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 105.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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詳細 | The biological assembly of thioreodxin reductase is a dimer consisting of chains A and B (corresponding to thioredoxin reductase chains B and A in the primary citation). This structure includes one FAD cofactor and one pyridine nucleotide product analog (AADP+) molecule per enzyme chain. The corresponding covalently bound thioredoxin substrate molecules (one per enzyme monomer) are chains C and D (corresponding to thioredoxin chains B and A in the primary citation). / The biological assembly of thioredoxin reductase is a dimer consisting of chains E and F (corresponding to thioredoxin reductase chains D and C in the primary citation). This structure includes one FAD cofactor and one pyridine nucleotide product analog (AADP+) molecule per enzyme chain. The corresponding covalently bound thioredoxin substrate molecules (one per enzyme monomer) are chains G and H (corresponding to thioredoxin chains D and C in the primary citation). |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34513.703 Da / 分子数: 4 / 変異: C135S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 11671.322 Da / 分子数: 4 / 変異: C35S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-FAD / #4: 化合物 | ChemComp-3AA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.45 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: cacodylate, ammonium sulfate, PEG 3350, 3-aminopyridine adenine dinucleotide phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.95→31.38 Å / Num. all: 598907 / Num. obs: 45732 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3.4 / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 140.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4492 / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 598907 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1TRB, 2TRX 解像度: 2.95→31.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2194524.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: several solvent-exposed regions of the thioredoxin chains cannot be modeled from the density. These regions are apparent from B factors >100 A2 or atom occupancies of 0.5. They include ...詳細: several solvent-exposed regions of the thioredoxin chains cannot be modeled from the density. These regions are apparent from B factors >100 A2 or atom occupancies of 0.5. They include residues 1-20 in chains C,G; 1-22 in chains D,H; residues 61-62 and 81-85 in chains D,H and other side chains.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.11 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→31.38 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight Biso : 2 / Weight position: 150
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.95→3.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 6 % / Rfactor obs: 0.205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 46.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.369 / % reflection Rfree: 6.1 % / Rfactor Rwork: 0.323 |