+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h3p | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURAL CHARACTERISATION OF A MONOCLONAL ANTIBODY SPECIFIC FOR THE PRES1 REGION OF THE HEPATITIS B VIRUS | |||||||||
要素 | (ANTIBODY FAB FRAGMENT) x 2 | |||||||||
キーワード | IMMUNOGLOBULIN / ANTIBODY FAB FRAGMENT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Pizarro, J.C. / Vulliez-Le-normand, B. / Riottot, M.M. / Budkowska, A. / Bentley, G.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2001 タイトル: Structural and Functional Characterisation of a Monoclonal Antibody Specific for the Pres1 Region of Hepatitis B Virus 著者: Pizarro, J.C. / Vulliez-Le-Normand, B. / Riottot, M.M. / Budkowska, A. / Bentley, G.A. | |||||||||
履歴 |
| |||||||||
Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h3p.cif.gz | 95.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1h3p.ent.gz | 71.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h3p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1h3p_validation.pdf.gz | 437.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1h3p_full_validation.pdf.gz | 456.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1h3p_validation.xml.gz | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1h3p_validation.cif.gz | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/1h3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/1h3p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1h1lS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | THE DIMER IS A HETERODIMER FORMED BY ONE FAB LIGHTCHAIN AND ONE FAB HEAVY CHAIN. |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23505.330 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株: 5A19 HYBRIDOME / 株: BALB/C / 参照: UniProt: Q65ZL8*PLUS |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 26305.312 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株: 5A19 HYBRIDOME / 株: BALB/C / 参照: UniProt: Q52L64*PLUS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 8.5 詳細: 0.1M CYSTEINE, 15% PEG6000, 110MM MGCL2, 60MM TRISHCL PH8.5, 15% GLYCEROL, pH 8.50 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: D41A / 波長: 1.375 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.375 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→15 Å / Num. obs: 14823 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 88 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / Rmerge(I) obs: 0.077 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1H1L 解像度: 2.6→15 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: RESIDUE NUMBERING FOLLOWS THE KABAT CONVENTION (E.A.KABAT,T.T.WU, M.REID-MILLER, H.M.PERRY, A K.S.GOTTESMAN (1991) SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGIC INTEREST, 5TH ED., NATIONAL INSTITUTES ...詳細: RESIDUE NUMBERING FOLLOWS THE KABAT CONVENTION (E.A.KABAT,T.T.WU, M.REID-MILLER, H.M.PERRY, A K.S.GOTTESMAN (1991) SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGIC INTEREST, 5TH ED., NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH BETHESDA RESIDUES H129-H132 AND THE LAST TWO RESIDUES OF BOTH HEAVY AND LIGHT CHAINS WERE MODELLED USING STEREOCHEMICAL RESTRAINTS ONLY. RESIDUE H98 HAS MULTIPLE CONFORMATIONS. RESIDUES WITH WEAK DENSITY INDICATION HAVE 0 OCCUPANCY. THESE RESIDUES HAVE BEEN LISTED IN REMARK 465 AND REMARK 470
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|