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- PDB-1h3p: STRUCTURAL CHARACTERISATION OF A MONOCLONAL ANTIBODY SPECIFIC FOR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h3p
タイトルSTRUCTURAL CHARACTERISATION OF A MONOCLONAL ANTIBODY SPECIFIC FOR THE PRES1 REGION OF THE HEPATITIS B VIRUS
要素(ANTIBODY FAB FRAGMENT) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN / ANTIBODY FAB FRAGMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ENSMUSG00000076577 protein / VH7183-DSP2-JH3-CH1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Pizarro, J.C. / Vulliez-Le-normand, B. / Riottot, M.M. / Budkowska, A. / Bentley, G.A.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2001
タイトル: Structural and Functional Characterisation of a Monoclonal Antibody Specific for the Pres1 Region of Hepatitis B Virus
著者: Pizarro, J.C. / Vulliez-Le-Normand, B. / Riottot, M.M. / Budkowska, A. / Bentley, G.A.
履歴
置き換え2002年9月12日ID: 1GM3
登録2002年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: ANTIBODY FAB FRAGMENT
L: ANTIBODY FAB FRAGMENT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8112
ポリマ－49,8112
非ポリマー00
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)47.010, 88.460, 111.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE DIMER IS A HETERODIMER FORMED BY ONE FAB LIGHTCHAIN AND ONE FAB HEAVY CHAIN.

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要素

#1: 抗体 ANTIBODY FAB FRAGMENT


分子量: 23505.330 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株: 5A19 HYBRIDOME / 株: BALB/C / 参照: UniProt: Q65ZL8*PLUS
#2: 抗体 ANTIBODY FAB FRAGMENT


分子量: 26305.312 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株: 5A19 HYBRIDOME / 株: BALB/C / 参照: UniProt: Q52L64*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.1M CYSTEINE, 15% PEG6000, 110MM MGCL2, 60MM TRISHCL PH8.5, 15% GLYCEROL, pH 8.50
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.1 Mcysteine1reservoir
215 %(w/v)PEG60001reservoir
3110 mM1reservoirMgCl2
460 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
515 %glycerol1reservoir
64.7 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: D41A / 波長: 1.375
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.375 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→15 Å / Num. obs: 14823 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 88
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Rmerge(I) obs: 0.077

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.581精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H1L

1h1l


解像度: 2.6→15 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: RESIDUE NUMBERING FOLLOWS THE KABAT CONVENTION (E.A.KABAT,T.T.WU, M.REID-MILLER, H.M.PERRY, A K.S.GOTTESMAN (1991) SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGIC INTEREST, 5TH ED., NATIONAL INSTITUTES ...詳細: RESIDUE NUMBERING FOLLOWS THE KABAT CONVENTION (E.A.KABAT,T.T.WU, M.REID-MILLER, H.M.PERRY, A K.S.GOTTESMAN (1991) SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGIC INTEREST, 5TH ED., NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH BETHESDA RESIDUES H129-H132 AND THE LAST TWO RESIDUES OF BOTH HEAVY AND LIGHT CHAINS WERE MODELLED USING STEREOCHEMICAL RESTRAINTS ONLY. RESIDUE H98 HAS MULTIPLE CONFORMATIONS. RESIDUES WITH WEAK DENSITY INDICATION HAVE 0 OCCUPANCY. THESE RESIDUES HAVE BEEN LISTED IN REMARK 465 AND REMARK 470
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2908 741 5 %RANDOM
Rwork0.2126 ---
obs0.2126 14559 98 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3308 0 0 132 3440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d29.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.474 74 4.99 %
Rwork0.324 1134 -
obs--97 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3TOPH19.PEP
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg29.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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