PDB-6q19: Inferred intermediate (I-6) of the human antibody lineage 652

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q19

タイトル

Inferred intermediate (I-6) of the human antibody lineage 652

要素

Fab heavy chain
Fab lambda chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

McCarthy, K.R. / Harrison, S.C.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI089618	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI117892	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Affinity maturation in a human humoral response to influenza hemagglutinin.
著者: McCarthy, K.R. / Raymond, D.D. / Do, K.T. / Schmidt, A.G. / Harrison, S.C.

履歴

登録	2019年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q19.cif.gz	192.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q19.ent.gz	151.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q19.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6q19_validation.pdf.gz	417.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6q19_full_validation.pdf.gz	419 KB	表示
XML形式データ	6q19_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	6q19_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q19	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6q0eC 6q0hC 6q0iC 6q0lC 6q0oC 6q18C 6q1aC 6q1eC 6q1gC 6q1jC 6q1kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bzw-4 1h3p-d 5ea0-d 5dlm-1 3g6j-4 1mjj-1 5mp1-3 5nb5-1 5uix-d 4m61-2 5mu2-7 5mv4-8 4yhi-1 6mns-1 3fo9-2 4yhi-2 6zvf-d 1kcr-d 2eh8-d 7c95-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab lambda chain

H: Fab heavy chain

48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.770, 70.030, 65.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.210, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Fab lambda chain 分子量: 22930.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 25731.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1M sodium chloride, 30% (w/v) PEG 8000, 100 mM HEPES pH7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9998 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→46.573 Å / Num. obs: 55518 / % possible obs: 98.55 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06087 / Net I/σ(I): 14.25
反射シェル	解像度: 1.58→1.637 Å / R_merge(I) obs: 0.6714 / Num. unique obs: 4982 / CC_1/2: 0.517 / % possible all: 89.19

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.58→46.573 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.03

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	2750	4.95 %
R_work	0.1639	-	-
obs	0.1652	55506	98.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.62 Å² / B_iso mean: 23.0535 Å² / B_iso min: 8.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.58→46.573 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3306	0	0	541	3847
B_iso mean	-	-	-	34.51	-
残基数	-	-	-	-	445

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.58-1.6073	0.2845	120	0.2748	2288	86
1.6073-1.6365	0.2681	149	0.2611	2424	92
1.6365-1.668	0.2787	128	0.2538	2575	96
1.668-1.702	0.2544	148	0.2335	2654	100
1.702-1.739	0.2264	147	0.2215	2667	100
1.739-1.7795	0.2177	128	0.2025	2666	100
1.7795-1.824	0.2505	122	0.1919	2672	100
1.824-1.8733	0.1927	140	0.1761	2652	100
1.8733-1.9284	0.2043	146	0.1722	2677	100
1.9284-1.9907	0.1716	129	0.1629	2687	100
1.9907-2.0618	0.1999	136	0.16	2652	100
2.0618-2.1444	0.1679	149	0.1549	2634	100
2.1444-2.242	0.1973	163	0.1472	2647	100
2.242-2.3602	0.1997	141	0.1617	2679	100
2.3602-2.508	0.197	132	0.1613	2698	100
2.508-2.7017	0.2035	137	0.1734	2662	100
2.7017-2.9735	0.2033	120	0.154	2710	100
2.9735-3.4037	0.1736	157	0.1479	2667	100
3.4037-4.2878	0.1481	143	0.1331	2672	99
4.2878-46.5	0.1768	115	0.1551	2773	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3828	-0.828	-0.9526	2.8778	0.5438	3.0113	0.1315	-0.239	0.3866	0.1444	-0.0108	-0.3372	-0.1813	0.2678	-0.0878	0.1876	-0.0288	0.0239	0.1686	-0.0171	0.2193	78.3072	-1.0321	-22.4535
2	1.8161	0.0911	-0.6444	1.824	0.2265	2.0494	0.0299	0.0566	0.0347	-0.054	0.0053	-0.0615	-0.1012	-0.035	-0.0238	0.0862	0.0135	-0.0009	0.0944	0.0115	0.0837	73.6327	-8.056	-27.7583
3	1.0752	0.3075	-1.487	1.698	-0.8632	2.1477	0.0065	0.0813	-0.0769	0.0315	-0.0416	-0.126	-0.0448	-0.0454	0.0591	0.133	-0.0124	-0.0286	0.1375	0.0031	0.1289	48.3487	-9.0183	2.7004
4	1.5911	-0.0347	-1.243	1.9554	-0.2606	2.2619	-0.0192	-0.0054	0.0683	-0.0908	0.0253	-0.149	0.0358	0.0664	0.0138	0.1048	-0.0072	-0.0092	0.1125	0.0036	0.1107	54.1025	-5.6361	6.0572
5	8.0241	4.7723	-3.912	3.4509	-3.0794	4.5556	-0.0533	-0.0523	0.6072	-0.2707	0.0954	0.2258	0.0832	-0.0473	-0.068	0.1572	0.0039	0.0015	0.1211	0.0022	0.1741	48.9217	0.9457	7.4663
6	1.9188	-0.1281	-0.0073	2.3721	-1.3495	3.9773	-0.101	-0.1279	-0.1583	-0.0294	0.1967	0.2515	0.1432	-0.573	-0.1276	0.1452	-0.0152	0.0234	0.1662	-0.0062	0.2169	64.0266	-29.4175	-16.8351
7	1.1293	-0.2799	-0.2763	1.3356	-0.4568	1.2073	-0.0429	0.1051	-0.1736	-0.1472	-0.0188	0.0292	0.1287	0.0246	0.0557	0.1334	0.0022	0.004	0.1194	-0.0099	0.1385	71.1531	-27.4454	-25.4839
8	4.3757	0.0254	1.9342	1.6465	0.144	2.9923	-0.0419	0.132	-0.476	-0.221	0.0155	0.0187	0.2053	-0.0885	-0.0088	0.2219	-0.0031	0.0401	0.1536	-0.0262	0.2259	69.1807	-34.8078	-24.3174
9	0.8518	-0.5439	-0.2075	1.1497	-0.4315	1.5229	0.0371	0.1038	-0.1106	-0.1756	-0.074	-0.0159	0.0801	0.0788	0.0747	0.1281	0.0047	-0.0132	0.1325	-0.0098	0.1262	73.756	-21.8207	-29.5316
10	1.8838	0.3763	-1.5985	0.5555	0.4742	2.6539	-0.2206	-0.1553	-0.253	0.0501	-0.0612	-0.1448	0.124	0.0651	0.1052	0.097	0.0235	0.0108	0.1255	0.0287	0.1593	62.5817	-27.0898	-6.8128
11	1.6478	0.8707	0.0118	1.0713	-0.9266	1.4195	-0.1816	-0.2481	0.3291	0.3594	0.2339	0.3766	-0.5378	-0.2487	-0.0631	0.2631	0.0822	-0.0235	0.1743	-0.0333	0.2037	40.8313	-9.7741	0.4454
12	1.4652	-1.4297	-0.1578	1.6602	0.0617	0.7167	-0.007	0.1075	0.1603	-0.0779	-0.0505	0.0233	-0.0545	-0.0391	0.005	0.119	0.0071	-0.0248	0.1334	0.0118	0.1213	50.0672	-18.3091	-5.504
13	1.4687	-0.8864	-0.6035	3.3182	0.4632	0.2492	-0.1876	-0.039	0.2604	0.0991	0.1205	-0.2603	-0.272	-0.0282	0.071	0.1304	-0.0053	-0.0029	0.1577	-0.0062	0.1523	54.2111	-14.4272	-4.5061
14	2.9977	-1.9508	0.597	2.4108	-0.441	0.8318	0.0307	0.0854	-0.1086	-0.1538	-0.045	0.1876	-0.0198	-0.0907	0.0124	0.1192	0.0096	-0.0264	0.1621	-0.0158	0.1065	44.3795	-16.0163	-7.5161
15	3.0027	-0.2243	2.3424	3.8944	-1.6046	2.3503	-0.0199	-0.174	-0.0841	0.2568	-0.0919	0.5709	0.0383	-0.2994	0.1097	0.0985	-0.0314	0.0259	0.1364	-0.0327	0.1818	40.4827	-21.5476	-3.7502

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 1 through 24 )	L	1 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 25 through 110 )	L	25 - 110
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 111 through 133 )	L	111 - 133
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 134 through 201 )	L	134 - 201
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 202 through 213 )	L	202 - 213
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 1 through 17 )	H	1 - 17
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 18 through 64 )	H	18 - 64
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 65 through 83 )	H	65 - 83
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 84 through 120 )	H	84 - 120
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 121 through 136 )	H	121 - 136
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 137 through 151 )	H	137 - 151
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 152 through 174 )	H	152 - 174
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 175 through 192 )	H	175 - 192
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 193 through 220 )	H	193 - 220
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'H' and (resid 221 through 233 )	H	221 - 233

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)