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万見
- PDB-6q0h: Inferred intermediate I-7 (I-7-0) of the human antibody lineage 6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q0h
タイトルInferred intermediate I-7 (I-7-0) of the human antibody lineage 652 in complex with influenza hemagglutinin head domain of A/Beijing/262/95(H1N1)
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab lambda chain
  • Hemagglutinin
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like ...Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者McCarthy, K.R. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089618 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI117892 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Affinity maturation in a human humoral response to influenza hemagglutinin.
著者: McCarthy, K.R. / Raymond, D.D. / Do, K.T. / Schmidt, A.G. / Harrison, S.C.
履歴
登録2019年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
H: Fab heavy chain
L: Fab lambda chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9227
ポリマ－74,0003
非ポリマー9224
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: biolayer interferometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7310 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area28690 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)52.810, 70.580, 200.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 25731.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab lambda chain


分子量: 22930.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 25338.191 Da / 分子数: 1 / 断片: head domain, residues 65-280 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Beijing/262/1995(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Beijing/262/1995(H1N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): BTI-Tn-5B1-4 / 参照: UniProt: B4UPF7
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 5% (v/v) PEG 400, 1.1M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→48.585 Å / Num. obs: 20295 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06853 / Net I/σ(I): 23.15
反射 シェル解像度: 2.75→2.848 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.9509 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1980 / CC1/2: 0.78 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→48.585 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2692 981 4.83 %
Rwork0.2413 --
obs0.2426 20291 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 292.57 Å2 / Biso mean: 73.95 Å2 / Biso min: 41.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→48.585 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4996 0 137 0 5133
Biso mean--117.68 --
残基数----653
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.7502-2.89510.28461220.33792702
2.8951-3.07650.31171420.29612716
3.0765-3.3140.31921340.28282708
3.314-3.64740.26111270.27282750
3.6474-4.17490.29831600.23772726
4.1749-5.2590.23321370.19792790
5.259-48.5850.26291590.23342918
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1474-1.47320.15061.49691.64642.41160.2669-1.15080.57051.0486-0.30380.63880.109-0.47560.00210.8074-0.10550.06770.8216-0.04880.8092-13.597712.3291126.8848
24.89041.89832.54681.73520.2952.03150.04250.34530.0244-0.15620.3393-0.4012-0.2352-0.08330.00020.64310.0392-0.01060.81970.06140.6481-4.51596.9361114.5503
34.94192.00443.18041.25262.1092.84070.6940.2836-0.81730.60510.0881-0.38350.8457-0.07140.00630.7646-0.0322-0.13470.6170.12760.7842-9.9236-3.3208117.1467
41.2806-0.17891.62380.546-1.11592.72220.415-0.0364-0.5011-0.08610.0779-0.52052.64740.65740.13020.55740.26910.21250.9007-0.04450.672-10.7556-8.812171.7423
55.78212.54073.16791.10321.37394.1589-0.0670.862-1.66860.42470.81940.08330.58472.09730.42311.05350.20310.03340.75470.31620.9564-7.2887-10.050682.9124
63.46350.7977-0.87781.93611.63521.82970.1619-1.0035-0.49540.1266-0.07550.14121.4259-0.3979-0.00020.7752-0.09750.00190.77670.05190.6416-18.699-4.739981.6684
71.34330.216-0.69821.4221.72172.31380.1269-0.2829-0.43410.7648-0.3401-0.2951.4298-0.4424-0.00010.845-0.1660.01430.60310.09810.6594-15.8159-9.670877.393
80.2729-0.3546-0.49990.96830.19210.33060.0088-0.31030.34340.28820.2183-0.46361.0474-0.12110.00060.4313-0.0975-0.05550.86280.10160.5867-14.61431.753393.1945
91.5144-0.3945-0.16851.0091-0.19371.5865-0.19770.2536-0.09250.27660.257-0.4681-0.1504-0.12170.00030.6188-0.0941-0.01150.4063-0.03980.5099-1.52853.071554.3057
102.81330.0661-1.39374.0207-0.21073.1087-0.0256-0.089-0.00840.40740.0871-0.225-0.13060.03400.4986-0.04340.01940.311-0.02730.39353.21544.569555.0524
111.91340.3542-0.60333.8956-0.92132.95490.0475-0.4920.01580.1526-0.05610.1022-0.0289-0.13490.00010.4106-0.02510.05910.72310.00440.4508-16.579714.490184.3358
120.39640.2351-0.67890.31530.90851.27870.1328-0.01150.2454-0.20350.1704-0.06250.1117-0.4417-0.00010.66270.09660.04910.53390.04720.5562-7.324313.619157.2297
131.8776-0.5077-0.70414.7875-0.55511.5040.16350.0863-0.0235-0.1396-0.02790.3479-0.0911-0.013400.5222-0.05060.09770.40010.02840.6092-7.593617.052346.6662
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 53 through 110 )A53 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 146 )A111 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 147 through 263 )A147 - 263
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 1 through 17 )H1 - 17
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 18 through 32 )H18 - 32
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 33 through 64 )H33 - 64
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 65 through 100 )H65 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 101 through 123 )H101 - 123
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 124 through 174 )H124 - 174
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 175 through 232 )H175 - 232
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 2 through 97 )L2 - 97
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 98 through 132 )L98 - 132
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 133 through 213 )L133 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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