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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6q1k | |||||||||
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Title | Inferred intermediate I-7 of the human antibody lineage 652 | |||||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / antibody | |||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | McCarthy, K.R. / Harrison, S.C. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Affinity maturation in a human humoral response to influenza hemagglutinin. Authors: McCarthy, K.R. / Raymond, D.D. / Do, K.T. / Schmidt, A.G. / Harrison, S.C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 177.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 145.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 442.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 443.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6q0eC ![]() 6q0hC ![]() 6q0iC ![]() 6q0lC ![]() 6q0oC ![]() 6q18C ![]() 6q19C ![]() 6q1aC ![]() 6q1eC ![]() 6q1gC ![]() 6q1jC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 25731.740 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 22930.193 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-GOL / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 200mM sodium acetate, 30% (w/v) PEG 400, 100mM Tris-HCl pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 18, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→46.334 Å / Num. obs: 20469 / % possible obs: 99.54 % / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.0946 / Net I/σ(I): 12 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.279 Å / Num. unique obs: 2025 / CC1/2: 0.827 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 83.04 Å2 / Biso mean: 26.6117 Å2 / Biso min: 9.08 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→46.334 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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