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- PDB-5eoc: Crystal structure of Fab C2 in complex with a Cyclic variant of H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eoc
タイトルCrystal structure of Fab C2 in complex with a Cyclic variant of Hepatitis C Virus E2 epitope I
要素
  • (Fab fragment (Heavy chain)) x 2
  • ALA-CYS-GLN-LEU-ILE-ASN-THR-ASN-GLY-SER-TRP-HIS-ILE-CYS
  • Fab fragment (Light chain)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / monoclonal antibodies / HCV
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hexokinase activity / symbiont-mediated perturbation of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / hepacivirin / TBC/RABGAPs / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet ...positive regulation of hexokinase activity / symbiont-mediated perturbation of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / hepacivirin / TBC/RABGAPs / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated transformation of host cell / positive regulation of cytokinesis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / negative regulation of protein secretion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / kinase binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : ...Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Berisio, R. / Ruggiero, A. / Sandomenico, A. / Patel, A.H. / Ruvo, M. / Vitagliano, L.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Universities and ResearchRBNE08NKH7_003 イタリア
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Generation and Characterization of Monoclonal Antibodies against a Cyclic Variant of Hepatitis C Virus E2 Epitope 412-422.
著者: Sandomenico, A. / Leonardi, A. / Berisio, R. / Sanguigno, L. / Foca, G. / Foca, A. / Ruggiero, A. / Doti, N. / Muscariello, L. / Barone, D. / Farina, C. / Owsianka, A. / Vitagliano, L. / Patel, A.H. / Ruvo, M.
履歴
登録2015年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab fragment (Heavy chain)
L: Fab fragment (Light chain)
J: Fab fragment (Heavy chain)
M: Fab fragment (Light chain)
P: ALA-CYS-GLN-LEU-ILE-ASN-THR-ASN-GLY-SER-TRP-HIS-ILE-CYS
Q: ALA-CYS-GLN-LEU-ILE-ASN-THR-ASN-GLY-SER-TRP-HIS-ILE-CYS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5426
ポリマ－97,5426
非ポリマー00
水8,575476
1
H: Fab fragment (Heavy chain)
L: Fab fragment (Light chain)
P: ALA-CYS-GLN-LEU-ILE-ASN-THR-ASN-GLY-SER-TRP-HIS-ILE-CYS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7623
ポリマ－48,7623
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
2
J: Fab fragment (Heavy chain)
M: Fab fragment (Light chain)
Q: ALA-CYS-GLN-LEU-ILE-ASN-THR-ASN-GLY-SER-TRP-HIS-ILE-CYS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7793
ポリマ－48,7793
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.972, 56.191, 77.153
Angle α, β, γ (deg.)90.35, 90.18, 94.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: 抗体 Fab fragment (Heavy chain)


分子量: 23395.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab fragment (Light chain)


分子量: 23806.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab fragment (Heavy chain)


分子量: 23412.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: タンパク質・ペプチド ALA-CYS-GLN-LEU-ILE-ASN-THR-ASN-GLY-SER-TRP-HIS-ILE-CYS


分子量: 1560.776 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hepatitis C virus (ウイルス) / 参照: UniProt: P27958*PLUS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium sulphate and 25% (w/v) PEG 3,350 / PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→25 Å / Num. obs: 59746 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / % possible all: 81.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y5T AND 2Y6S

2y5t

2y6s


解像度: 1.98→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 5.46 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.197
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26565 3000 5.1 %RANDOM
Rwork0.2343 ---
obs-56256 92.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.907 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6732 0 0 476 7208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226914
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5681.9489428
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.946311241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7895876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.73223.933267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.376151091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6621533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21063
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8791.54398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1641.51770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58727134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.04132516
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2534.52293
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.977→2.028 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 188 -
Rwork0.319 3528 -
obs--79.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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