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- PDB-6c5j: S25-23 Fab in complex with Chlamydiaceae LPS (Crystal form 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c5j
タイトルS25-23 Fab in complex with Chlamydiaceae LPS (Crystal form 1)
要素
  • IgG1 Fab Heavy Chain
  • IgG1 Fab Light Chain (Kappa)
キーワードIMMUNE SYSTEM / SUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate / Lipopolysaccharide / Antibody / Antigen / Complex / Chlamydia
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MAb 110 light chain / Igh protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Haji-Ghassemi, O. / Evans, S.V.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)Discovery Grant 171356-2013 カナダ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Subtle Changes in the Combining Site of the Chlamydiaceae-Specific mAb S25-23 Increase the Antibody-Carbohydrate Binding Affinity by an Order of Magnitude.
著者: Haji-Ghassemi, O. / Muller-Loennies, S. / Brooks, C.L. / MacKenzie, C.R. / Caveney, N. / Van Petegem, F. / Brade, L. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.
履歴
登録2018年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: IgG1 Fab Heavy Chain
L: IgG1 Fab Light Chain (Kappa)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0384
ポリマ－47,6562
非ポリマー1,3822
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.233, 45.453, 75.671
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.310, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 IgG1 Fab Heavy Chain


分子量: 23475.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q99LC4
#2: 抗体 IgG1 Fab Light Chain (Kappa)


分子量: 24180.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A0A0F7R5U8
#3: 多糖 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-8)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic ...3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-8)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1160.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1a_1-5_1*OPO/3O/3=O_2*N][a2122h-1b_1-5_2*N_4*OPO/3O/3=O][Aad1122h-2a_2-6]/1-2-3-3-3/a6-b1_b6-c2_c4-d2_d8-e2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][P]{[(0+1)][a-D-GlcpN]{[(6+1)][b-D-GlcpN]{[(4+0)][P]{}[(6+2)][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{[(8+2)][a-D-Kdop]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.19 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, 20% [w/v] polyethylene glycol [PEG] 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月5日 / 詳細: DCM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→25 Å / Num. obs: 16502 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.29-2.373.30.51917000.96196.7
2.37-2.473.30.42716650.99196.5
2.47-2.583.30.32116820.965196.9
2.58-2.713.40.21617111.011197.4
2.71-2.883.40.15416991.012197.5
2.88-3.113.40.10216631.067195
3.11-3.423.40.07116371.078193.9
3.42-3.913.40.05116170.999191
3.91-4.923.40.04115821189.5
4.92-253.50.05115461.165184.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M7J

4m7j


解像度: 2.29→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 8.46 / SU ML: 0.2 / SU R Cruickshank DPI: 0.6504 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.65 / ESU R Free: 0.268
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2391 806 4.9 %RANDOM
Rwork0.1933 ---
obs0.1955 15554 93.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.78 Å2 / Biso mean: 53.065 Å2 / Biso min: 31.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å23.36 Å2
2---1.95 Å2-0 Å2
3---0.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3332 0 90 34 3456
Biso mean--66.7 48.65 -
残基数----435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.023515
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4471.9694808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9233.0097259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3035433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.55424.167132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.26515540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4451513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02688
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.349 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 76 -
Rwork0.274 1126 -
all-1202 -
obs--96.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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