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- PDB-6dcw: Crystal structure of human anti-tau antibody CBTAU-27.1 Fab in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dcw
タイトルCrystal structure of human anti-tau antibody CBTAU-27.1 Fab in complex with a human tau peptide
要素
  • Heavy chain of CBTAU27.1 Fab
  • Light chain of CBTAU27.1 Fab
  • tau peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Tau / Fab / naturally occurring human antibody / common motif
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / microtubule cytoskeleton organization / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / neuron projection development / antibacterial humoral response / microtubule binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / microtubule / Potential therapeutics for SARS / immune response / axon / dendrite / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / : / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / : / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein / Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhu, X. / Zhang, H. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Acta Neuropathol Commun / 年: 2018
タイトル: A common antigenic motif recognized by naturally occurring human VH5-51/VL4-1 anti-tau antibodies with distinct functionalities.
著者: Apetri, A. / Crespo, R. / Juraszek, J. / Pascual, G. / Janson, R. / Zhu, X. / Zhang, H. / Keogh, E. / Holland, T. / Wadia, J. / Verveen, H. / Siregar, B. / Mrosek, M. / Taggenbrock, R. / ...著者: Apetri, A. / Crespo, R. / Juraszek, J. / Pascual, G. / Janson, R. / Zhu, X. / Zhang, H. / Keogh, E. / Holland, T. / Wadia, J. / Verveen, H. / Siregar, B. / Mrosek, M. / Taggenbrock, R. / Ameijde, J. / Inganas, H. / van Winsen, M. / Koldijk, M.H. / Zuijdgeest, D. / Borgers, M. / Dockx, K. / Stoop, E.J.M. / Yu, W. / Brinkman-van der Linden, E.C. / Ummenthum, K. / van Kolen, K. / Mercken, M. / Steinbacher, S. / de Marco, D. / Hoozemans, J.J. / Wilson, I.A. / Koudstaal, W. / Goudsmit, J.
履歴
登録2018年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Light chain of CBTAU27.1 Fab
H: Heavy chain of CBTAU27.1 Fab
T: tau peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4873
ポリマ－51,4873
非ポリマー00
水7,782432
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.308, 59.670, 82.331
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-371-

HOH

21H-301-

HOH

31H-303-

HOH

41H-400-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Light chain of CBTAU27.1 Fab


分子量: 24432.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01834*PLUS
#2: 抗体 Heavy chain of CBTAU27.1 Fab


分子量: 24971.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド tau peptide


分子量: 2082.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2K5IAM2*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.0, 0.1 M KCl, 15% PEG5000 MME.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 27347 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1223 / CC1/2: 0.784 / Rpim(I) all: 0.25 / Rsym value: 0.38

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QOS

3qos
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→43.771 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 1384 5.07 %
Rwork0.168 --
obs0.1705 27307 91.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.771 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3471 0 0 432 3903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053559
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9374834
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6221271
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033538
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004617
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9907-2.06190.2511760.21361728X-RAY DIFFRACTION61
2.0619-2.14440.2568980.20382155X-RAY DIFFRACTION76
2.1444-2.2420.25241380.20252634X-RAY DIFFRACTION93
2.242-2.36020.27661620.2142782X-RAY DIFFRACTION98
2.3602-2.50810.27191390.19052762X-RAY DIFFRACTION97
2.5081-2.70170.24871580.19362724X-RAY DIFFRACTION97
2.7017-2.97350.24481580.18952773X-RAY DIFFRACTION98
2.9735-3.40370.2561510.16972750X-RAY DIFFRACTION97
3.4037-4.28770.16871500.13632770X-RAY DIFFRACTION96
4.2877-43.78160.14691540.12622845X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.18525.2945-5.14697.1031-5.21024.55240.07990.08810.33430.05160.22280.1963-0.2319-0.2814-0.26240.16390.0099-0.03550.1878-0.01030.14921.497545.237813.6527
26.2421-1.76780.38276.21430.29481.1221-0.07911.1188-0.084-1.1639-0.1829-0.3205-0.26710.17650.20130.3443-0.0568-0.00520.3452-0.00720.17029.978843.9623-5.4764
35.30860.19541.48574.74740.61862.7556-0.0706-0.3763-0.25340.21340.0773-0.25510.3460.1847-0.08890.09080.01290.00470.13260.01230.131112.039837.293815.0989
42.04641.5702-2.74541.2083-2.13367.9991-0.4005-0.0019-0.1626-0.06870.2532-0.0520.391-0.15630.11890.17-0.0673-0.05650.1522-0.02260.15434.914135.6116.7378
50.72140.4064-1.39810.7797-0.71723.6194-0.06120.0118-0.055-0.1311-0.02850.08020.0186-0.03030.06360.0948-0.0104-0.02490.1116-0.00440.11676.281740.947717.643
62.89413.29352.80064.72062.35695.61140.3095-0.0023-0.33240.3158-0.0276-0.62740.33140.6586-0.27630.18110.0136-0.00570.20760.01070.191317.293538.183154.4001
71.53871.19151.55551.94581.70365.21220.0496-0.18690.13060.2595-0.08310.1318-0.2906-0.15370.07130.172-0.02260.03110.1237-0.01160.13346.359845.355247.8712
83.54370.93042.81951.5141.52426.606-0.008-0.11260.12750.17010.0687-0.042-0.12650.1444-0.04160.1267-0.00220.01210.06030.00220.11829.018842.438548.5122
98.52961.42446.92650.75451.80816.87130.3559-0.9372-0.18020.4339-0.18510.1770.3053-0.8707-0.24590.2499-0.12610.06120.3245-0.02710.19251.949239.429255.0118
102.43641.48711.15846.01664.16445.80960.3076-0.0416-0.27170.7535-0.0529-0.57940.50260.1136-0.260.11210.0074-0.05530.1730.00850.214732.061942.814623.3617
111.8830.23170.37691.85140.81813.4021-0.0120.1765-0.0491-0.20420.0793-0.27590.00320.265-0.05710.1185-0.02350.02940.1426-0.01250.146927.776143.295111.5743
121.6431.9725-1.34772.8034-1.95141.97960.0418-0.05630.04260.0992-0.0599-0.0624-0.08680.10530.00720.07910.004-0.02240.1079-0.00140.142119.486638.020341.6627
133.14294.0752-1.23178.5924-3.55351.6850.0182-0.2082-0.2520.1231-0.2901-0.5963-0.09250.22910.29840.1180.0329-0.04040.1694-0.01760.192425.059530.008943.7772
149.4137-2.6545-2.04665.11514.04214.09030.56261.2290.2874-0.9706-0.5434-0.0280.29850.3720.04210.3792-0.03540.06990.333-0.00940.116321.314544.4233-5.714
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 26 through 32 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 33 through 48 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 49 through 75 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 76 through 113 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 114 through 128 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 129 through 163 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 164 through 198 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 199 through 213 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 1 through 17 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 18 through 106 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 107 through 197 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 198 through 228 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'T' and (resid 310 through 318 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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