PDB-6q1e: Inferred precursor (UCA) of the human antibody lineage 652

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q1e

タイトル

Inferred precursor (UCA) of the human antibody lineage 652

要素

Fab heavy chain
Fab lambda chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

McCarthy, K.R. / Harrison, S.C.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI089618	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI117892	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Affinity maturation in a human humoral response to influenza hemagglutinin.
著者: McCarthy, K.R. / Raymond, D.D. / Do, K.T. / Schmidt, A.G. / Harrison, S.C.

履歴

登録	2019年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q1e.cif.gz	178.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q1e.ent.gz	141.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6q1e_validation.pdf.gz	431 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6q1e_full_validation.pdf.gz	433.6 KB	表示
XML形式データ	6q1e_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	6q1e_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6q0eC 6q0hC 6q0iC 6q0lC 6q0oC 6q18C 6q19C 6q1aC 6q1gC 6q1jC 6q1kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2g5b-3 3ggw-2 6mv5-d 3bky-d 3f58-d 4xcf-d 6fy0-1 1nlb-d 5mv4-6 3ijs-2 5w1g-d 6vl8-4 5u15-2 3o45-2 3ffd-d 4xmk-2 5mv4-3 5mub-3 3ifp-3 5mv4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab lambda chain

H: Fab heavy chain

48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.440, 69.670, 74.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Fab lambda chain 分子量: 22960.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 25935.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.16 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 5% (v/v) PEG 400, 1.4M sodium citrate pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→44.738 Å / Num. obs: 15923 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.1316 / Net I/σ(I): 10.85
反射シェル	解像度: 2.5→2.589 Å / R_merge(I) obs: 1.031 / Num. unique obs: 1576 / CC_1/2: 0.579

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→44.738 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2574	807	5.07 %
R_work	0.2227	-	-
obs	0.2245	15914	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.22 Å² / B_iso mean: 44.6372 Å² / B_iso min: 16.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→44.738 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3293	0	0	91	3384
B_iso mean	-	-	-	37.2	-
残基数	-	-	-	-	441

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.5001-2.6568	0.3786	127	0.3222	2505	99
2.6568-2.8619	0.3437	136	0.3071	2508	100
2.8619-3.1498	0.2985	138	0.2553	2476	100
3.1498-3.6054	0.2874	135	0.2369	2516	100
3.6054-4.5417	0.2224	131	0.1854	2534	100
4.5417-44.73	0.1997	140	0.1802	2568	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5425	0.1047	0.3372	0.0738	0.281	1.2292	-0.1735	0.1042	-0.0604	0.9502	0.0777	-0.0899	0.3365	0.2939	-0.025	0.6275	0.0057	-0.0419	0.2357	0.0077	0.3477	-16.2534	-30.6553	-3.1927
2	0.5133	0.1151	0.3232	0.6762	-0.1553	0.273	0.0596	0.0673	-0.3141	0.0302	0.0687	-0.0287	-0.1692	-0.0678	0.0118	0.4296	0.0166	0.0663	0.3521	0.0245	0.2873	-22.8531	-24.5704	-13.0589
3	0.8379	-0.4021	-0.1603	0.4195	0.0144	0.0717	0.1131	0.1332	-0.0537	0.4183	-0.0304	-0.0934	-0.2794	-0.2252	0.0967	0.4503	0.0076	0.0552	0.2599	0.0469	0.2958	-14.1734	-28.0981	-11.5924
4	0.5781	-0.6528	-0.1051	0.6962	0.0837	0.7079	0.2003	0.0559	0.5715	-0.003	0.1268	-0.082	-0.0557	0.0472	0.1359	0.1227	-0.0067	-0.0076	0.3142	-0.0057	0.3689	10.7545	-26.1954	-29.7464
5	0.2091	-0.1006	0.2505	0.6187	0.3698	0.7217	0.1553	-0.0311	0.1197	-0.1019	0.1796	-0.3728	0.0234	0.3007	0.2354	0.1764	0.0098	0.0139	0.3864	0.0079	0.3845	18.616	-29.8743	-35.0206
6	1.0302	-0.6582	0.0876	0.8304	0.2266	0.2131	0.049	0.1464	-0.2429	0.8635	-0.0191	0.1647	-0.1514	-0.0481	-0.0462	0.5607	-0.0584	-0.0426	0.4449	0.0429	0.2816	-9.7943	-3.3939	-19.2028
7	1.3322	0.3209	-0.3768	0.9987	-0.5741	0.3653	-0.0507	0.1461	-0.05	0.6171	0.0236	0.1146	-0.2777	-0.0767	-0.0401	0.6167	0.0412	0.0807	0.271	0.021	0.2767	-18.8778	-6.6359	-10.6957
8	0.3627	-0.1203	-0.3644	0.5242	-0.5849	1.361	-0.1668	-0.0027	-0.2012	-0.0719	-0.0967	0.0055	0.0443	0.2355	-0.7726	0.098	-0.0098	-0.0794	0.3108	0.0099	0.3009	2.9097	-17.2973	-33.2919
9	0.5173	0.2095	-0.1886	0.1737	-0.2289	0.5615	-0.2169	0.1372	-0.0433	-0.22	0.1053	-0.1168	-0.1688	-0.0502	-0.0186	0.1959	-0.0238	-0.0021	0.2541	-0.0266	0.3414	-0.3079	-16.6703	-42.3798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 3 through 28 )	H	3 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 29 through 60 )	H	29 - 60
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 61 through 121 )	H	61 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 122 through 183 )	H	122 - 183
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 184 through 212 )	H	184 - 212
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 1 through 17 )	L	1 - 17
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 18 through 126 )	L	18 - 126
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 127 through 194 )	L	127 - 194
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 195 through 231 )	L	195 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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