+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5w1g | ||||||||||||||||||
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Title | CR1-07 unliganded Fab | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Fab / antibody / Machupo virus / Junin virus / arenavirus | ||||||||||||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Raymond, D.D. / Clark, L.E. / Abraham, J. | ||||||||||||||||||
Funding support | United States, 5items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2018 Title: Vaccine-elicited receptor-binding site antibodies neutralize two New World hemorrhagic fever arenaviruses. Authors: Clark, L.E. / Mahmutovic, S. / Raymond, D.D. / Dilanyan, T. / Koma, T. / Manning, J.T. / Shankar, S. / Levis, S.C. / Briggiler, A.M. / Enria, D.A. / Wucherpfennig, K.W. / Paessler, S. / Abraham, J. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5w1g.cif.gz | 256.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5w1g.ent.gz | 220.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5w1g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5w1g_validation.pdf.gz | 439.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5w1g_full_validation.pdf.gz | 442 KB | Display | |
Data in XML | 5w1g_validation.xml.gz | 19.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5w1g_validation.cif.gz | 27.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w1g | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24016.068 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pVRC8400 / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 24392.965 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: batch mode / pH: 6.5 Details: 19% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether 550, MES pH 6.5 and, 10 mM zinc sulfate heptahydrate. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 16, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→44.214 Å / Num. obs: 32753 / % possible obs: 96.3 % / Redundancy: 4.48 % / Biso Wilson estimate: 34.11 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 0.945 / Net I/σ(I): 9.57 / Num. measured all: 146726 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→44.214 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 35.85 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 197.21 Å2 / Biso mean: 53.0813 Å2 / Biso min: 18.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→44.214 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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