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万見
- PDB-5w1k: JUNV GP1 CR1-10 Fab CR1-28 Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w1k
タイトルJUNV GP1 CR1-10 Fab CR1-28 Fab complex
要素
  • CR1-10 Fab heavy chain
  • CR1-10 Fab light chain
  • CR1-28 Fab heavy chain
  • CR1-28 Fab light chain
  • Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Fab / antibody / Junin virus / arenavirus / viral protein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane ...immunoglobulin complex / host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa light chain / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / IGK@ protein / IgG H chain / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Junin mammarenavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.99 Å
データ登録者Raymond, D.D. / Clark, L.E. / Abraham, J.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorDP5OD023084 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI007061 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI109740 米国
Other privateBurroughs Wellcome Fund 米国
Other privateWilliam Randolph Hearst Foundation and Brigham and Womens Hospital 米国
Other privateHarvard Medical School DICP 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Vaccine-elicited receptor-binding site antibodies neutralize two New World hemorrhagic fever arenaviruses.
著者: Clark, L.E. / Mahmutovic, S. / Raymond, D.D. / Dilanyan, T. / Koma, T. / Manning, J.T. / Shankar, S. / Levis, S.C. / Briggiler, A.M. / Enria, D.A. / Wucherpfennig, K.W. / Paessler, S. / Abraham, J.
履歴
登録2017年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CR1-28 Fab light chain
B: CR1-28 Fab heavy chain
C: CR1-10 Fab light chain
D: CR1-10 Fab heavy chain
E: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
F: CR1-28 Fab light chain
G: CR1-28 Fab heavy chain
H: CR1-10 Fab light chain
I: CR1-10 Fab heavy chain
J: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
K: CR1-28 Fab light chain
L: CR1-28 Fab heavy chain
M: CR1-10 Fab light chain
N: CR1-10 Fab light chain
O: CR1-10 Fab heavy chain
P: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
Q: CR1-10 Fab heavy chain
R: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
S: CR1-28 Fab light chain
T: CR1-28 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)443,00925
ポリマ－440,60420
非ポリマー2,4055
水00
1
A: CR1-28 Fab light chain
B: CR1-28 Fab heavy chain
N: CR1-10 Fab light chain
O: CR1-10 Fab heavy chain
P: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,9597
ポリマ－110,1515
非ポリマー8082
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: CR1-10 Fab light chain
D: CR1-10 Fab heavy chain
E: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
F: CR1-28 Fab light chain
G: CR1-28 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,7386
ポリマ－110,1515
非ポリマー5871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
H: CR1-10 Fab light chain
I: CR1-10 Fab heavy chain
J: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
K: CR1-28 Fab light chain
L: CR1-28 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5756
ポリマ－110,1515
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
M: CR1-10 Fab light chain
Q: CR1-10 Fab heavy chain
R: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
S: CR1-28 Fab light chain
T: CR1-28 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,7386
ポリマ－110,1515
非ポリマー5871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.840, 132.230, 167.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 EJPR

#5: タンパク質
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / Pre-GP-C


分子量: 16425.861 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 87-228 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Junin mammarenavirus (ウイルス) / 遺伝子: GPC, GP-C / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26313

-
抗体 , 4種, 16分子 AFKSBGLTCHMNDIOQ

#1: 抗体
CR1-28 Fab light chain


分子量: 22621.170 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX7
#2: 抗体
CR1-28 Fab heavy chain


分子量: 24168.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6C4R2
#3: 抗体
CR1-10 Fab light chain


分子量: 23149.621 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PIL8
#4: 抗体
CR1-10 Fab heavy chain


分子量: 23785.506 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6B2B6

-
糖 , 3種, 5分子

#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.35 %
結晶化温度: 297 K / 手法: batch mode / pH: 7.7 / 詳細: 1.9 M AmSO4 pH 7.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.99→49.35 Å / Num. obs: 57195 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.401 % / Biso Wilson estimate: 22.23 Å2 / CC1/2: 0.796 / Rmerge(I) obs: 0.721 / Rrim(I) all: 0.857 / Χ2: 0.801 / Net I/σ(I): 2.34 / Num. measured all: 194531 / Scaling rejects: 78
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.99-4.233.4091.5861.0330534917789570.4651.88697.6
4.23-4.523.4211.0221.5729698870586800.6441.21699.7
4.52-4.883.4210.8131.8527660811480860.7390.96699.7
4.88-5.343.4130.7381.9725365745074320.770.87899.8
5.34-5.973.4070.8331.7823300686768380.7240.9999.6
5.97-6.873.3950.7961.8419914590258660.7320.94699.4
6.87-8.383.3550.4552.9117016511550720.9040.54199.2
8.38-11.683.370.1666.5513247397339310.9820.19898.9
11.68-49.353.3420.1347.537797240623330.9880.1697

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5EN2

5en2


解像度: 3.99→49.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.81 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.725 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.812
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 2860 5 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.239 57194 99.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 173 Å2 / Biso mean: 69 Å2 / Biso min: 22.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--26.8976 Å20 Å2-2.9791 Å2
2--19.3767 Å20 Å2
3---7.5209 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.78 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.99→49.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30971 0 159 0 31130
Biso mean--35.02 --
残基数----4045
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d10551SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5314HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it31962HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4234SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact33787SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d31962HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg43544HARMONIC21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.27
LS精密化 シェル解像度: 3.99→4.1 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2923 207 5.01 %
Rwork0.2366 3928 -
all0.2394 4135 -
obs--98.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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