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- PDB-6rps: X-ray crystal structure of carbonic anhydrase XII complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rps
タイトルX-ray crystal structure of carbonic anhydrase XII complexed with a theranostic monoclonal antibody fragment
要素
  • Carbonic anhydrase 12
  • Fab Heavy chain
  • Fab Light chain
キーワードLYASE / Anticancer drugs / Carbonic Anhydrase XII / complex / monoclonal antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride ion homeostasis / estrous cycle / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / zinc ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Carbonic anhydrase 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Alterio, V. / Esposito, D. / De Simone, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Biochemical and Structural Insights into Carbonic Anhydrase XII/Fab6A10 Complex.
著者: Alterio, V. / Kellner, M. / Esposito, D. / Liesche-Starnecker, F. / Bua, S. / Supuran, C.T. / Monti, S.M. / Zeidler, R. / De Simone, G.
履歴
登録2019年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 12
B: Carbonic anhydrase 12
M: Fab Light chain
N: Fab Heavy chain
L: Fab Light chain
H: Fab Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,60917
ポリマ－159,6836
非ポリマー92611
水41423
1
A: Carbonic anhydrase 12
L: Fab Light chain
H: Fab Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,43510
ポリマ－79,8423
非ポリマー5937
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area29760 Å2
手法PISA
2
B: Carbonic anhydrase 12
M: Fab Light chain
N: Fab Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1757
ポリマ－79,8423
非ポリマー3334
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6230 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area30010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.335, 222.165, 266.988
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 12 / Carbonate dehydratase XII / Carbonic anhydrase XII / CA-XII / Tumor antigen HOM-RCC-3.1.3


分子量: 31604.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O43570, carbonic anhydrase

-
抗体 , 2種, 4分子 MLNH

#2: 抗体 Fab Light chain


分子量: 23573.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Fab Heavy chain


分子量: 24663.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 6種, 34分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.5M AMMONIUM SULFATE 0.1M SODIUM ACETATE 0.02M CADMIUM CHLORIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 56400 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.984 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 272450
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.79-2.852.50.48925760.6630.3570.610.93691.8
2.85-2.92.60.42726500.7330.3050.5280.91593.1
2.9-2.962.70.38427240.8050.2710.4730.93595.5
2.96-3.022.80.34126890.8430.2390.4190.91395
3.02-3.082.80.29527770.8810.2030.360.90297.3
3.08-3.152.90.25827400.9010.1740.3130.91696.8
3.15-3.2330.22528120.9270.150.2720.87997.5
3.23-3.323.20.18627860.9510.1210.2230.91398.4
3.32-3.423.20.15127940.9670.0950.1790.89198.3
3.42-3.533.40.13328370.9780.0820.1570.90799
3.53-3.653.60.12128270.9820.0720.1420.90799.1
3.65-3.83.70.10528370.9870.0610.1220.96599.5
3.8-3.975.80.128670.9920.0440.1090.96599.7
3.97-4.187.10.08328600.9960.0330.090.97899.8
4.18-4.447.60.07128800.9980.0270.0760.986100
4.44-4.798.10.06428850.9980.0240.0681.036100
4.79-5.278.90.06729120.9980.0230.0711.05100
5.27-6.039.10.0829170.9970.0280.0851.055100
6.03-7.596.90.07829450.9960.0320.0841.077100
7.59-505.50.04430850.9980.0210.0490.92199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WW8, 3FO0

4ww8

3fo0


解像度: 2.79→49.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 11.902 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.645 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2308 1051 2 %RANDOM
Rwork0.2026 ---
obs0.2032 52250 92.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.98 Å2 / Biso mean: 36.415 Å2 / Biso min: 10.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.71 Å2-0 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.79→49.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10790 0 25 23 10838
Biso mean--33 18.68 -
残基数----1386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2983.5375538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7255.3046906
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1293.6875583
LS精密化 シェル解像度: 2.792→2.864 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 57 -
Rwork0.349 3181 -
all-3238 -
obs--76.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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